«Эстонские отряды самообороны, сформировавшиеся со вступлением частей Вермахта, сразу начали арестовывать евреев. Никаких стихийных антиеврейских выступлений не было, так как население не было надлежащим образом инструктировано. Мы поэтому издали следующее распоряжение: 1) все мужчины-евреи с 16-летнего возраста подлежат аресту, 2) работоспособные еврейские женщины в возрасте от 1б-ти до 60 лет тоже должны быть арестованы и посланы на работу на торфяные болота, 3) женское население Тарту и окрестностей следует вселить в местную синагогу и прилегающий к ней блок домов; 4) аресту подлежат все работоспособные евреи обоего пола в Пярну и окрестностях; 5) должна быть произведена регистрация евреев по возрасту, роду занятий и степени работоспособности, с целью отправки их в организующийся для них концлагерь.
Эстонские дружины самообороны, под руководством Айнзац-команды, перебили всех евреев — мужчин старше 16-ти лет, за исключением врачей и членов Юденрата. Что касается Таллина и окрестностей, эта акция еще не закончена, пока не будут обнаружены места, где евреи прячутся. До сих пор в Эстонии расстреляно 440 евреев. По окончании всех намеченных мероприятий в живых останется до 500-600 еврейских женщин и детей.
Для евреев из Таллина и окрестностей организуется лагерь в Харку, в таллинском округе. После того., как в лагерь переведут таллинских евреев, туда будут также отправлены уцелевшие евреи из всей страны. Все работоспособные еврейские женщины работают в сельском хозяйстве или на торфяных работах, принадлежащих местной тюрьме. Этим разрешен вопрос об их питании и содержании. Отданы следующие срочные распоряжения: 1) все евреи, начиная от 6 лет, должны носить желтую нашивку размером не менее десяти сантиметров на левой стороне груди и на спине; 2) евреям запрещается заниматься торговлей; 3) запрещается ходить по тротуарам, пользоваться общественными средствами транспорта, посещать театры, кинематографы, рестораны; 4) имущество, принадлежащее евреям, подлежит конфискации; 5) запрещается посещение школ».
Большая часть эстонских евреев погибла в последние месяцы 1941 г. По данным Айнзац-групп об истреблении евреев в Прибалтийских странах, в Эстонии к декабрю 1941 г. погибло 963 человека. Так и эта страна была «очищена от евреев».
Концентрационные лагеря для депортированных из заграницы. В эстонских «кацетах» и рабочих лагерях находилось немало евреев, депортированных из других стран. В августе и сентябре 1943 г., после ликвидации виленского гетто, в Эстонию прибыли три больших транспорта депортированных евреев..В конце октября 1943 г. сюда было депортировано около трех тысяч из ковенского гетто. Высылались сюда евреи из других стран. Ковенских и Виленских евреев разместили в лагерях Вайвера, Нарва и Клога. Евреи из Чехословакии сосредоточены были в лагере Айгало. В лагере Вайвара, состоящем из нескольких отделений, были среди узников и неевреи, депортированные из Голландии и других стран.
Летом 1944 г., когда продвигавшиеся советские войска приблизились к Эстонии, немцы приступили к ликвидации лагерей. Начались массовые истребления. Из находившихся в ту пору в лагерях около десяти тысяч узников были перебиты шесть тысяч.
Во второй половине сентября 1944 г. в лагере Клога было истреблено 1600 евреев. Трупы расстрелянных были большей частью сожжены на кострах, но немцам не удалось сжечь все трупы, так как Советы уже занимали эти места и немцам пришлось бежать. На кострах были обнаружены горы трупов, которых немцы не успели сжечь.
Корреспондент «Юнайтед Пресс» М. Гендлер, посетивший эти места, передает следующие подробности:
«В лесу, находящемся на расстоянии 25 миль от Таллина, я видел нечто кошмарное: куски костей и клочья мяса — то, что осталось от тел 2.800 мужчин, женщин и детей, которых отступающие нацисты расстреляли, а потом тела предали огню... Американские и английские корреспонденты, приглашенные советскими властями, единодушно свидетельствуют, что нельзя себе представить, чтобы люди были способны совершать такого рода злодеяния... Нам показали останки 2.800 трупов и еще семьдесят, которых немцы не имели времени сжечь. Мы видели также тех, кто спасся от истреблений.
В одном месте в лагере Клоги лежали сотни испепеленных тел. В другом мы видели три громадных костра, на которых немцы сжигали тела. Вблизи лагеря у главного здания мы видели два длинных ряда трупов. Их было около пятидесяти, между ними труп маленького ребенка. В самом здании возле дверей валялось тоже много трупов; возможно, что здесь расстреливали при попытке к бегству. В помещениях стояли ряды нар, где мертвые мужчины и женщины лежали в застывших лужах крови».
Свидетель Ратнер сообщает: «в феврале 1944 г. в лагере Клога родилось двое детей. Их сожгли живыми...».
В советском сообщении о совершенных в Эстонии зверствах говорится, что в концлагере Нарва погибло до тридцати тысяч граждан и военнопленных. В лагерях района Вирумы были истреблены восемь тысяч человек.