Для исполнения этого приказа Комитет созвал в помещении старой еврейской народной школы на улице Даукшо собрание всех общественных деятелей и представителей общественных группировок, поскольку таковых можно было в те дни найти. Были выставлены различные кандидаты, но все отказались. Среди других была выдвинута кандидатура д-ра Эльхонона Элькеса, очень популярного в Ковно врача и знатока еврейской письменности и философии, но не в качестве общественного деятеля. Послали за ним. Он также отказался. Но так как лучшего кандидата не было и боялись назначения в качестве «Обер-Юде» кого-нибудь из антиобщественных элементов, Элькеса стали усиленно просить принять избрание. Люди, принявшие участие в этом собрании, передают драматический момент, когда раввин Шмуклер обратился к Элькесу с призывом, в котором умолял принести себя в жертву ради общества. Его речь носила характер прощальной речи над гробом и закончилась рыданием. Со слезами на глазах Элькес ответил, что в его возрасте его долгом является принести себя в жертву и принять смерть, и дал свое согласие.
Уже спустя несколько дней (7 августа) произошла первая «акция» (хотя это было уже после того, как вопрос о переселении в гетто был решен и немцы обещали прекращение убийств). Литовские партизаны стали хватать на улицах евреев-мужчин. До 1000 человек было схвачено и в тот же день расстреляно.
15 августа создание гетто было закончено, причем в последний день произошла характерная еврейская «малая трагедия». В Ковно находилось немало немецко-еврейских беженцев, многие из Мемеля. Один мелкий чиновник немецкой комендатуры пустил в оборот «толкование», что так как в Германии евреи не переселялись в гетто, то распоряжение о гетто в Ковно на мемельских беженцев не распространяется. Записки такого содержания он выдавал немецким евреям и на этом основании многие из немецких и мемельских евреев оставались в городе, считая себя привилегированными. В последний момент, однако, выяснилось, что эти толкования ни на чем не основаны. Немецкие евреи побежали в гетто, а опоздавшие на час-другой заплатили своей жизнью за свою мнимую привилегию.
18 августа имела место т. н. «акция по интеллигенции». За несколько дней до этого старейшине было предъявлено требование представить на работы 500 интеллигентных молодых людей. Явилось 534 молодых человека... и никто из них назад не вернулся. Как после узнали, их в тот же день расстреляли на форту вместе с другими евреями из провинции.
Вскоре начались во всем гетто обыски в квартирах. Немецкая полиция шла из дома в дом и отбирала у евреев вещи. У домов стояли грузовики, куда евреи должны были сами сносить свой домашний скарб. Во многих домах евреев расстреливали, многие были жестоко избиты. Недели две спустя было отдано распоряжение, что евреи должны, под угрозой смертной казни, отдать золотые вещи, деньги, серебро, шубы, материи и др. предметы. Оставлять у себя можно было только 10 марок.
4 октября была проведена вторая акция, так назыв. акция «малого гетто». «Малое гетто» представляло собой район, отделенный от гетто общей («арийской») проезжей дорогой. Этот район был окружен немецко-литовской полицией, и всё население было выгнано из домов. Те, которые имели свидетельства ремесленников с аэродрома или других мест работы, были направлены в гетто. Остальные были отправлены на форт и там расстреляны. В «малом гетто» находился еврейский гетто-госпиталь. Под предлогом, что там появилась проказа, облили госпиталь бензином и сожгли вместе с больными, сестрами и дежурными врачами. Расстреляли также евреев, которых заставили участвовать в поджоге госпиталя. При акции «малого гетто» погибло до 2.000 евреев.
А потом наступило 28 октября — день «большой акции» ...
27 октября появилось извещение от Совета Старейшин, что по приказу немцев, всё население должно явиться на площать Демократу. Все должны выстроиться по месту работы главы семьи. На площадь должны явиться также дети и больные. Кого немцы обнаружат в домах — тех расстреляют. Страх был настолько велик, что все явились... Только тяжело больные остались в домах. Большую часть больных принесли на площадь на носилках.
На площади находился гестаповец Раука и пальцем указывал кого — налево, кого — направо. Одна сторона означала жизнь, другая — смерть. На смерть обрекались большие семьи и старые люди. Отбор продолжался весь день. Когда Раука хотелось поесть, он брал в одну руку бутерброд, а другой указывал — кто назначен на смерть, кто на жизнь.
От 9 до 10 тысяч людей были посланы налево. Немецкая телеграмма, которую кто-то видел, называла цифру убитых — 9.200.
Приговоренных отправили в опустошенные дома.
29 октября люди были направлены пешком колоннами на 9-й форт. Д-р Элькес пытался извлечь из колонны кое-кого и был ранен в голову литовским полицейским. Одна мать по дороге сбросила с горы своего ребенка. Его нашел какой-то крестьянин и привел в гетто.
Немецких, австрийских, чешских евреев, большей частью из Берлина, Франкфурта, Вены и Праги, отправили на 9-й форт и там убили...