Против Абдулла-хана выступил из Самарканда тогдашний правитель города Са'ид-султан с огромным войском. Между сторонами произошло ожесточенное сражение, в результате чего самаркандские султаны были разбиты, взяты в плен и убиты почетные эмиры Са'ид-султана, а также брат последнего Худайберди-султан вместе с сыном Бахадур-султаном. После этого Абдулла-хан подступил к городу и завязал битву. Несмотря на то, что хан встретил упорное сопротивление со стороны Са'ид-султана и жителей города, метавших стрелы и камни в его воинов, он овладел городом. Са'ид-султан спасся бегством. Воины Абдулла-хана учинили повальный грабеж, захватили много провизии и драгоценных вещей. Абдулла-хан оставил город прежнему правителю Са'ид-султану, назначить новое лицо, послушное хану, он, вероятно, в то время еще не решался: слишком сильным противником был Са'ид-султан, которого поддерживали его брат Джаванмард-Али-султан вместе со своими сыновьями и султаны Ташкента, Туркестана и Ходжента. Показателем того, как в то время Абдулла-хан считался со своими противниками, является следующий факт. Хан уступил Шахрисябз прибывшему на помощь Са'ид-султану Баба-султану даже после того, как последний потерпел поражение от ханских войск под крепостью Дабусия.
Однако Абдулла-хан не отказался от намерения подчинить своей власти Самарканд при удобном случае. Таким удобным случаем он счел предложение правителя Ташкента Дарвиш-хана (брата Баба-султана) идти походом на Самарканд объединенными силами. Дарвиш-хан обещал присоединиться к Абдулла-хану с войском Ташкента и Ходжента.
В месяце раджабе 977/декабрь 1569 г. эти два хана повели войска на Самарканд. Они окружили город. После сорокадневной осады, не добившись успеха, они отступили.
Вскоре после этого Баба-султан с войском Туркестана и подвластных этому городу земель прибыл в Самарканд и договорился с Са'ид-султаном идти походом на Бухару. Войска Абдулла-хана дали бой противнику сначала у крепости Дабусия, затем в Гидждуванском тумане и нанесли ему сильный урон.
После такого отпора султанам Ташкента и Самарканда Абдулла-хан счел возможным отправиться в поход в Балхскую область против Дин-Мухаммад-султана, сына Пир-Мухаммад-султана.
В 978/1570-71 г. Абдулла-хан выступил в поход вместе с Узбек-султаном. Первым объектом их нападения был город Андхой, который в то время был передан Дин-Мухаммад-султаном своему младшему брату Шах-Мухаммад-султану в виде икта. Фактическим же правителем города и области был аталык Шах-Мухаммад-султана, влиятельный эмир из племени найман Джан-Даулат-бий. Он руководил обороной крепости. Несмотря на то, что крепость была прочной и сильно укрепленной, она не смогла устоять против огнестрельных орудий устада Рухи — главного пушкаря Абдулла-хана. Крепость сдалась, ключи от нее были переданы Узбек-султану.
Абдулла-хан пожелал войти в Андхой якобы для поздравления Узбек-султана с успехом. Однако султан, закрывшись в крепости, отказался принять хана, вероятно опасаясь, как бы хан не отнял у него этот город, как он сделал это с Шахрисябзом.
Затем Абдулла-хан двинулся к Шибиргану. Узбек-султан не участвовал в этом походе. Шибирганским вилайетом в то время управлял брат Дин-Мухаммад-султана, Падишах-Мухаммад-султан, который получал доходы от вилайета в виде улуфа. Бои за Шибирган продолжались лишь несколько дней, после чего эмиры города взяли в свои руки инициативу заключения мира с Абдулла-ханом. Мир был установлен.
После этого Абдулла-хан повел войска по направлению к Балху. Еще до того, как войска подошли к городу, Дин-Мухаммад-султан запросил мира.
По возвращении из Балхской области Абдулла-хан занялся делами, касающимися управления страной. Он сместил мирзу Валиджан джалаира, долгое время ведавшего делами ханского двора. Мирза Валиджан джалаир, видимо, обладал той же властью, что и лицо, занимавшее эту должность при дворе Тимуридов, т. е. “был начальником над другими придворными чинами”. Абдулла-хан назначил на эту должность более подходящего по своим качествам высокообразованного Нур ад-дина Мухаммада. Данное лицо получило широкие полномочия. Помимо того что ему была предоставлена вся полнота власти в ханском дворе и должность казия в Бухарском вилайете, в его ведении должны были находиться все важные дела, касающиеся не только Бухарского вилайета, но и всех земель, находящихся под властью Абдулла-хана.
Таким образом, 978 год хиджры ознаменовался для Абдулла-хана победой над самаркандскими и туркестанскими султанами и над большей частью Балхской области. Кроме того, хан провел мероприятия по улучшению управления страной.
В “Тарих-и Ракими” 978 год рассматривается как год восшествия на престол Абдулла-хана. Вполне возможно, что именно в этом году Абдулла-хан был признан верховным правителем Шейбанидов (каковым он был фактически), а Хафиз-и Таныш мог умолчать об этом факте, чтобы не выставлять хана в невыгодном свете, как лишившего власти здравствующего отца.