Когда Абдулла-хан с войском остановился в Даргаме, к нему явилась посланная Джаванмард-Али-султаном группа высокопоставленных лиц Самарканда во главе с шейх ул-исламом города эмиром Али-Асгаром с просьбой о мире. Абдулла-хан отверг предложение о мире.
3-го числа месяца сафара 986/11 апреля 1578 г. войска Абдулла-хана расположились на подступах к Самарканду. После битв за город, длившихся в течение двух месяцев, Джаванмард-Али-султан снова обратился к Абдулла-хану с просьбой заключить мир. И мир был заключен 6 раби' II 986/13 июня 1578 г. На этот раз Абдулла-хан согласился на установление мира, ибо знал, что огромное войско во главе с Баба-султаном идет на помощь к Джаванмард-Али-султану и уже переправилось через Сырдарью. А Джаванмард-Али-султан узнал об этом от посланца Баба-султана лишь после того, как был заключен мир. В нарушение договора он решил выступить против Абдулла-хана сразу же по прибытии Баба-султана. Об этом он сообщил под строгим секретом своему сыну Музаффар-султану. Несогласный с этим Музаффар-султан раскрыл тайну своему брату Абу-л-Хайр-султану. Братья вступили в сговор с Абдулла-ханом против отца и захватили Самарканд. Джаванмард-Али-султан бежал, но попал в плен к воинам Абдулла-хана. Последний сослал пленника с одним сыном и со всеми женами в крепость Наука, принадлежавшую тогда Абу-л-Хайр-султану. Управление Самаркандом Абдулла-хан передал Абу-л-Хайр-султану.
Абдулла-хан выступил с войском против Баба-султана, находившегося в Замине. Он взял с собой и братьев Абу-л-Хайр-султана и Музаффар-султана. В Дизаке присоединился к хану и Узбек-султан с войском. Здесь в течение трех дней (начиная с 26 джумада I 986/2 августа 1578 г.) производился подсчет войска, участвовавшего в борьбе на стороне Абдулла-хана. Оказалось, что одно личное войско хана составляло 30 тысяч человек, не считая воинов при султанах.
С такой военной силой Абдулла-хан прибыл к реке Замин, на берегу которой были расположены войска Баба-султана, державшие в своих руках переправы. Вместе с Баба-султаном находились Дин-Мухаммад-султан и хисарские султаны Мухаммад-Шариф-султан, Факир-султан и Мухаммад-Касим-султан. Общая численность этого войска не указана. Однако, судя по тому, что после построения правого и левого флангов в резерв были определены 10 тысяч человек, можно себе представить, как велико было данное войско.
После ожесточенных сражений между противоборствующими сторонами Баба-султан отступил и направился в Ташкент. Хисарские султаны, участвовавшие в походе на стороне Баба-султана, оказались в плену, и многие из них были убиты; Дин-Мухаммад-султан, также попавший в плен, был сослан в Чарджуй и посажен в тюрьму для пожизненно заключенных.
Войску Абдулла-хана досталось большое количество военной добычи.
Преследуя Баба-султана, Абдулла-хан двинулся на Ташкент. После того как он переправился через Сырдарью, его встретили жители Ташкента, надо полагать, знать города, и преподнесли ему ключи от городских ворот. Не все жители Ташкентского вилайета были довольны установлением власти Абдулла-хана. И хан жестоко расправлялся с теми, кто проявлял непокорность. По словам Хафиз-и Таныша, таких непокорных истребляли вместе с семьями, а имущество их конфисковалось.
С населения Ташкента была взята большая сумма денег, по-видимому, пошлина по случаю приема хана.
Правителем Ташкентского вилайета Абдулла-хан назначил Дарвиш-хана. Последний был доставлен из Туркестана, где он четыре года тому назад был заключен в темницу Баба-султаном за то, что выражал покорность Абдулла-хану.
После этого Абдулла-хан объявил поход для завоевания Туркестана. В этом походе участвовал и Дарвиш-хан. Города Сайрам, Отрар, Сыгнак и Туркестан сдались хану без боя, так как Баба-султан не останавливался ни в одном из этих городов, чтобы оказать сопротивление ханским войскам, а правители этих городов не имели сил, чтобы отстоять свои города. Из Туркестана Баба-султан бежал к мангытам.
Абдулла-хан назначил своих людей правителями многих городов, оказавшихся под его властью в результате последнего похода. Сайрам он оставил прежнему правителю, Сыгнак пожаловал сторонникам Абу-л-Хайр-султана по просьбе последнего.
Абдулла-хан, очевидно, боялся усиления власти Абу-л-Хайр-султана. Он устроил совет, на котором предъявил ряд серьезных обвинений Абу-л-Хайр-султану и вынес приговор об убийстве его. Султан был убит 9 ша'бана 986/12 октября 1578 г. Вскоре после этого был убит и Джаванмард-Али-хан вместе с двумя сыновьями. Так Абдулла-хан сначала рукой сына отстранил от власти над Самаркандом Джаванмард-Али-хана, а затем убил его сыновей и самого хана. Правителем Самарканда Абдулла-хан назначил своего брата Ибадулла-султана.
10 шавваля 986/20 ноября 1578 г. к Абдулла-хану прибыл посланец от Баба-султана с выражением покорности. В ответ на заявление посла Абдулла-хан сказал, что он жалует Баба-султану Туркестан с условием, чтобы он подчинился своему старшему брату Дарвиш-хану, правителю Ташкента.