Вскоре после этого от посланца Дарвиш-хана Абдулла-хан узнал, что Баба-султан направился к Ташкенту с целью завоевать этот город.
Как и во всех важных вопросах, Абдулла-хан просил совета у Калан-ходжи, как поступить в данном случае. Ходжа предложил объявить поход против Баба-султана. Для сбора войска хан отправил таваджиев в Балх, Шибирган и Меймене. Но еще до прибытия к хану войска стало известно, что Баба-султан вступил в Ташкент. Там он сначала убил некоторых лиц, оставленных Абдулла-ханом при Дарвиш-хане, затем и самого Дарвиш-хана. В это же время к Абдулла-хану явился посланец от правителя Андижана Абд ас-Самад-бия с просьбой о помощи против султанов Ташкента (Тахир-султана, Абд ал-Гаффар-султана, Абд ас-Саттар-султана, Хашим-султана), окруживших Андижан. Абдулла-хан направил в Ташкент имеющиеся при нем войска Балха, Самарканда и Шахрисябза, а сам в конце месяца зу-л-хиджжа 986/февраль 1579 г. отправился в Несеф, к месту сбора войска. В Несеф прибыли эмир Таныш-бий джалаир из Термеза с тремя тысячами воинов, Али-Мардан бахадур из Меймене и Гарджистана с несколькими тысячами человек, эмир Джан-Даулат-бий из Шибиргана с 1 тысячей воинов, Джултай-бий из Андхоя, имея при себе две тысячи воинов. Во главе этого войска Абдулла-хан выступил из Несефа в месяце мухарраме 987/в середине марта 1579 г. Когда он приблизился к Замину, к нему присоединился еще Дустим-султан с войском Мианкаля. В Замине Абдулла-хан созвал совет, чтобы решить, двинуть ли войска в Ташкент или в Андижан. Было решено сначала направиться к Ташкенту. Войска Абдулла-хана перешли Сыр-дарью у переправы Хас.
Крупное сражение между войсками Абдулла-хана и Баба-султана произошло на берегу реки Чирчик. Преодолевая сопротивление противника, ханские воины переправились через реку. Вначале они терпели поражение. Первыми обратились в бегство участвовавшие в походе кочевники тюрки и арабы, которые не имели воинских доспехов. Однако затем Абдулла-хан все же одержал победу над противником и двинулся к Ташкенту. Жители этого города оказали сильное сопротивление воинам хана. Они снарядили пехоту численностью в 10 тысяч человек и выступили сами, вооружившись дубинами. Это ополчение нанесло существенный урон ханскому войску, именно оно наиболее ощутимо потрепало воинов Абдулла-хана. Абдулла-хан не предпринял каких-либо мер ни против тех, кто в начале битвы, после переправы через Чирчик, обратился в бегство, ни против жителей Ташкента за ущерб, нанесенный ими его войску. Хафиз-и Таныш объясняет это исключительной милостью хана. В действительности это может быть объяснено нежеланием хана вызвать еще большее недовольство как у жителей Ташкента, так и у войска, понесшего большие потери при взятии города.
За рассматриваемый 12-летний период Абдулла-хан подчинил своей власти большую часть Балхской области, завоевал такие крупные города, как Самарканд, Ташкент, Термез, Хисар.
Успехи Абдулла-хана объясняются тем, что он имел много преимуществ перед своими противниками. Хан располагал такими “мощными” для того времени орудиями, как манджаник (осадная машина) и диг (артиллерийское орудие типа мортиры), каких не было ни у кого из его врагов. Эти орудия использовались главным образом для разрушения крепостных стен и башен. Отмечен один случай, когда из дига обстреливали войска противника.
Абдулла-хан умело использовал тактические приемы. Одним из них было быстрое отражение нападения противника. Когда хан узнавал о движении крупных сил врагов, он посылал таваджиев в подвластные ему области для сбора войска, но, не дожидаясь прибытия войск, с имеющимися при себе воинами выступал против неприятеля. В то время хан был уже прославленным многими победами государем, и одно лишь известие о его выступлении нередко заставляло врагов отступать или отказываться от встречи с ним на поле битвы. Кроме того, хан, как правило, не вступал в бой с противником, не имея технического, численного или иного превосходства, при отсутствии таких преимуществ предпочитал отступать или заключать мир.
Абдулла-хан ловко использовал вражду между своими противниками. Так, например, он оказывал военную помощь самаркандским правителям в их борьбе против Баба-султана, правителя Туркестана. Он поддерживал Абу-л-Хайр-султана в его стремлении вырвать власть у отца, Джаванмард-Али-хана, правившего в Самарканде, и с его помощью сам захватил этот город. В своей борьбе с Дин-Мухаммад-султаном он опирался на вождей племени найман, враждующих с султаном. Более того, Абдулла-хан стремился сеять рознь между своими врагами, чтобы ослабить их и тем самым создать благоприятные условия для захвата их владений. Так, он требовал от Хашим-султана, правившего Хисаром, совершать нападения на земли правителя Бадахшана, захват которых входил в планы хана.
Абдулла-хан в проведении своей политики опирался на представителей высшего духовенства. Особо важную роль в этом сыграл знаменитый Калан-ходжа Джуйбари.