За назначением Яворского блюстителем патриаршего престола немедленно последовали преобразования. В январе 1701 года указано ведать дом св. патриарха, домы архиерейские и монастырские дела боярину Ив. Алекс. Мусину-Пушкину; сидеть на патриарше дворе в палатах, где был Патриарший разряд, и писать
В том же 1701 году приступили и к хозяйственным переменам. В архиерейских и монастырских вотчинах веено дать новый торг на все оброчные статьи, которые отданы были на оброк до урочных лет, и если новые откупщики станут давать больше старых, то им и отдавать статьи, не дожидаясь истечения урочных лет для прежних откупщиков. Посольские старцы в вотчинах отставлены; вместо них определены приказчики из мирян. Грекам, армянам, индейцам запрещено было останавливаться в монастырях как в гостиницах. Наконец, в декабре 1701 года был издан знаменитый указ: в монастыри монахам и монахиням давать определенное число денег и хлеба в общежительство их, а вотчинами им и никакими угодьями не владеть, не ради разорения монастырей, но лучшего ради исполнения монашеского обещания, потому что древние монахи сами себе трудолюбными своими руками пищу промышляли и общежительно жили и многих нищих от своих рук питали; нынешние же монахи не только нищих не питают от трудов своих, но сами чужие труды поедают, а начальные монахи во многие роскоши впали и подначальных монахов в скудную пищу ввели; кроме того, от вотчин ссоры и убийства и обиды многие. По этим причинам великий государь указал давать поровну как начальным, так и подначальным монахам, по 10 рублей денег, по 10 четвертей хлеба и дров, сколько им надобно, а собирать с вотчин их всякие доходы в Монастырский приказ. Слуг и служебников в монастырях оставить самое малое число, без которых обойтись нельзя. Что остается хлеба и денег от раздачи монахам, из этого остатка давать на пропитание нищих в богадельни и в бедные монастыри, у которых нет вотчин.
Белое духовенство получило новую обязанность: доставлять в Монастырский приказ ведомости о числе родившихся и умерших: за 1703 год была подана первая ведомость в Москве священниками всех шести сороков приходских церквей. Оказалось, что число смертных случаев с лишком двумя тысячами превышает число рождений.