Назначивши блюстителем патриаршего престола ученого малороссиянина, Петр поручил ему поднять Московскую академию. Стефан Яворский, назвавшись протектором
Академии, оправдал доверенность Петра, восстановил Академию, но при нем она явилась уже с другим характером относительно преподавания. В первое время по ее основании, при Лихудах, в ней господствовал греческий элемент; Стефан Яворский, воспитанник Киевской академии и окончивший свое образование за границею, ввел в нее элемент латинский, который стал надолго господствующим. При Лихудах руководства, ими составленные, были на греческом языке; теперь преподаватели являются преимущественно из Киева, и, по обычаю тамошней Академии, преподают на латинском языке, сочинения пишутся на нем же, и Московская академия получает название латинских или славяно-латинских школ. Чувствовали потребность и в греческом языке, но чувствовали отвращение от греков, отвращение, которое не могло уменьшиться после знакомства с Лихудами. Нам уже известно поведение сына Иоанникия Лихуда, Николая; этот Николай дурно кончил в описываемое время: 20 апреля 1705 года великий государь указал: князь Николаю Лихудьеву, учиня ему наказанье бить плетьми, сослать в ссылку в сибирские в дальние города в службу, в какую годится, за то, что он в Преображенский приказ привел с ложным изветом грека игумена Венедикта на грека Ивана Бочю. Матвеев рекомендовал Головину греческого священника Серафима и по письму боярина отправил его в Москву. Любопытно письмо Матвеева Головину по этому случаю (февраль 1704 года): «Гречанина священника Серафима по вашему письму, дав ему на проезд денег, на вешних кораблях отправлю к Москве, потому что он, здесь и в Англии многовременно жив, в изрядных порядках означился, и в Англии многих своими трудами к греческому святому благочестию привел, и довольные книги на греческом языке выдал, также философии и богословии сильное искусство имеет. Греческого, турецкого, латинского, французского и английского языков совершенно сводом. Может такой человек надобный не только для дел турецких впредь, и для свободных наук учения в государстве великого государя всегда употребительным быть, а нрав и поведение его от природы бездельной греческой гораздо разнится, мню, больше для того, что он уже долголетно в сих краях европейских жил». Но и Серафим не получил места ни в Академии, ни в школе, основанной Глюком. За преобразование Академии сильно рассердился на Стефана иерусалимский патриарх Досифей. Напрасно Яворский писал ему, уверяя в своем православии; Досифей отвечал: «Несправедливо пишешь, что ты поборник восточной церкви, потому что, прохлаждаясь на одном обеде, где были и некоторые греки, ты опорочил восточную церковь насчет совершения таинства Евхаристии. И ныне, находясь в Москве, ты стер вконец еллинское училище и только о латинских школах заботишься. По нашему мнению, не может быть московский патриарх из греков, потому что лучшие греки хотят разделять страдания своего народа, а те, которые волочатся туда и сюда, особенно по России, хотя, быть может, и честные люди, но по образованию своему настоящие мужики. Не может быть патриарх из малороссиян или белорусов, потому что они, имея сношения с латинами, принимают многие нравы их и догматы. За примерами не нужно далеко ходить, довольно тебя, который, отправившись в латинские земли для снискания мудрости, принес хульные списания в дар воспитавшей и почтившей тебя восточной церкви. Зачем ты опасаешься обличать тех, которые приносят смущение в царствующий град (т.е. иностранцев)? Св. патриарх Иоаким, видя смущение церкви, с велим тщанием искоренял их, а ты молчишь!»В Москве не хотели выдавать Яворского патриарху и отмалчивались; Досифей сердился. Переводчик Спафарий писал Головину в 1704 году: «Святейший ныне зело гневен на меня за то, будто мы умаляем его честь и бережем рязанского, а его письма небрежем. Я природу его ведаю из молодых лет: запальчивый таков, что и в алтаре никому не спустит. Отпиши к нему, потому что он вашей милости в письме пеняет, что ни малой отповеди от вельможности вашей не получил; он любит частую корреспонденцию и еще мнит и то, что не все переводим, о чем он пишет: как греки-воры его информовали ложно, а он верит, в том легкий, кто что скажет, и верит. И того ради на всякую статейку учини ему отповедь, и так утолится гнев его: он ярливый, но скоро уходливый по природе».