Самой важной задачей военного времени была собственно грабительская операция, которая снабжала институты огромным количеством материалов для будущих исследований. Эти материалы отправлялись в том числе в Институт биологии и расовых исследований в Штутгарте, Институт индоевропейской интеллектуальной истории в Мюнхене и Институт идеологических колониальных исследований в Гамбурге. Еще один институт готовился к открытию в 1944 году, после вывоза огромного количества книг и архивов Коммунистической партии Советского Союза, это был Институт изучения большевизма.
Но в итоге во время войны начал функционировать лишь один институт высшей школы — Институт изучения еврейского вопроса. В то время как изучение германских народов, кельтов и религии могло подождать до конца войны, еврейский вопрос был слишком важен, чтобы откладывать его изучение. Институт не случайно открылся в то самое время, когда нацисты вот-вот намеревались приступить к осуществлению спланированного холокоста.
Хотя сбор материалов стоял в приоритете, ряд исследований все же проводился и во время ВОИНЫ. После эвакуации 1943 года исследовательское подразделение института переехало в средневековый замок в Хунгене, который напоминал нечто среднее между охотничьим домиком и сказочным замком с деталями из красного кирпича и изящными башенками. Организация позволила хозяевам замка, семейству Зольмс-Браунфель, остаться в качестве прикрытия операции В период войны институт внимательно следил за политическими изменениями в отношении евреев и антисемитским законодательством на оккупированных немцами территориях, а также регулярно получал тайные донесения из Министерства иностранных дел и его консульств. Институтские «эксперты по евреям» также делились своим знанием различных еврейских культур, с которыми вступали в контакт немцы.
С самого начала франкфуртский институт также занимался выпуском монографий, статей и книг на основе богатого материала, украденного в различных уголках Европы. Формируя лучшую в Европе, а возможно, и в мире еврейскую коллекцию, исследователи института задавали тон будущим еврейским исследованиям. Перспективы этих исследований предельно четко были обозначены в статье об институте, опубликованной в партийной газете Volkischer Beobachter в 1942 году: «Впервые в истории: еврейская наука без евреев».
Важнейшей площадкой для этих исследований был собственный журнал института Der Weltkampf («Битва за мир»). Это был «ежемесячный журнал о мировой политике, народной культуре и еврейском вопросе во всех странах». Тираж первого выпуска составил шесть тысяч экземпляров. Большинство подписчиков составили преподаватели и ученые. Журнал также составлял тематические номера. Номер 2 за 1943 год посвящен еврейскому вопросу во Франции, причем некоторые статьи были написаны французскими антисемитами. Этот номер был также опубликован на французском. Специальный выпуск появился не случайно — он стал следствием получения институтом огромного объема материалов из Франции.
Среди других статей в этот номер вошел «анализ» письма, которое немецко-еврейский поэт XIX века Генрих Гейне отправил барону Джеймсу де Ротшильду в Париж, чтобы попросить немного денег. В другой статье анализировались письма, в которых Альберт Эйнштейн критиковал основанный в 1925 году Еврейский университет в Иерусалиме. Эйнштейн сам входил в ректорат университета. Обе статьи при этом ссылались на материалы, которые ЭРР обнаружил в Париже. Хотя документы вряд ли разоблачали серьезный заговор, их использовали, чтобы намекнуть на существование тайных экономических, политических и социальных еврейских сетей. Никаких доказательств заговора никогда не приводилось, но в них и не было необходимости. Это было исследование, которое одни сторонники гипотезы проводили на радость другим. Любая связь считалась ниточкой к мировому заговору. Исследование характеризовалось тем же философским подходом, который Геббельс применял к «Протоколам сионских мудрецов»: важнее были не факты, а подразумеваемые истины.
Также в институтском журнале публиковались статьи, основанные на недавно обнаруженных материалах и «исследовательских визитах» ученых. Руководить сбора еврейской коллекции Йоханнес Поль Написал о своих находках в Вильнюсе в статье «Идиш-ская литература Советского Союза». Поль также публиковал короткие исследовательские статьи о еврейской культуре Греции и Украины. Другие сотрудники института осветили еврейско-болыневистский заговор и еврейские ритуальные убийства.