Шмерке Качергинский, который был более лоялен к новому режиму, сменил Суцкевера на посту куратора музея. Вскоре Качергинский тоже почувствовал опасность, когда в музей зачастили сотрудники КГБ. Сначала они запретили выдавать из библиотеки любые книги, не получившие предварительного одобрения цензоров. К несчастью, в библиотеку не вернулась ни одна из тех книг, которые Качергинский отправил на оценку.
Качергинский узнал, что тридцать тонн обнаруженных книг и архивных материалов грузят в поезд, отправляющийся на бумажную фабрику. Он бросился на вокзал и сумел спасти из открытых вагонов несколько книг из ИВО и Библиотеки Страшуна. Однако, когда он связался с властями и попытался уговорить их остановить состав, его не послушали: поезд ушел на фабрику, где весь груз был уничтожен.
«В тот момент мы, музейные архивисты, неожиданно поняли — нам снова необходимо спасать свои сокровища и увозить их отсюда. Иначе они пропадут. В лучшем случае они выживут, но никогда не увидят света дня в еврейском мире», — написал Качергинский.
Суцкевер и еврейские активисты стали втайне выносить самые ценные фрагменты коллекции, в то время как Качергинский поддерживал образ лояльного режиму советского человека и планировал будущее музея. Один за другим активисты бежали на Запад, тайком увозя с собой столько материалов, сколько могли унести. К середине 1946 года и Суцкевер, и Ка-чергинский покинули Вильнюс, забрав с собой полные чемоданы документов. К их великому сожалению, большую часть коллекции пришлось оставить в городе, где она снова попала в руки тоталитарного режима. Вскоре после их побега сотрудники КГБ совершили облаву на музей, который в итоге оказался конфискован. Коллекцию погрузили на грузовики и отвезли в старую городскую церковь, где материалы сбросили в подвал.
Шмерке Качергинский и Авром Суцкевер добрались до Парижа и оттуда отправили все, что им удалось спасти, в Нью-Йорк. Затем друзья, которые вместе пережили нацистскую оккупацию, партизанскую войну в лесах и советский режим, расстались. Качергинский эмигрировал в Аргентину, а Суцкевер уехал в Палестину. Прежде чем покинуть Европу, Суцкевер дал знаменитые показания против тех, кто уничтожил его культуру навсегда. Двадцать седьмого февраля 1946 года он выступил свидетелем на Нюрнбергском процессе. Он хотел дать показания на родном языке — на идише, — но ему снова и снова отказывали в этом с самого начала процесса. В итоге его заставили говорить по-русски. Протестуя против этого решения, подобно другим свидетелям, он отказался садиться, хотя ему не раз велели сесть. Он предпочел остаться на ногах, словно читая свой текст со священных писаний. «Две ночи до дачи показаний я не мог сомкнуть глаз. Я видел, как моя мать, обнаженная, бежала по заснеженному полю; теплая кровь, которая сочилась из ее израненного тела, начинала капать со стен моей комнаты и постепенно поглощала меня. Очень сложно сравнивать чувства. Что сильнее — страдания или жажда мести?» — писал он.
В своих показаниях Суцкевер описал уничтожение евреев в Вильнюсе и рассказал, как он жил в гетто с первых до последних дней. Он рассказал о своей матери. Он сказал, что однажды она исчезла. Он описал, как искал ее в квартире, но обнаружил на столе лишь открытый молитвенник да недопитую чашку чая.
Позже он узнал, что с ней случилось, когда в декабре 1941 года нацисты подарили евреям «подарок». В гетто привезли тележки со старой обувью. Вскоре после этого Суцкевер написал стихотворение «Телега башмаков»: