Действия голландских оккупантов вызвали бурные протесты мировой прогрессивной общественности. Советский представитель в ООН потребовал не только прекращения военных действий, но и отвода голландских сил на исходные позиции.
Однако западные державы отклонили эти предложения, приняв лишь решение о прекращении огня и создания так называемой Комиссии добрых услуг из представителей США, Австралии и Бельгии.
Упорное сопротивление индонезийского народа и позиция международных сил заставило голландцев временно отказаться от планов ликвидации Республики и возобновить с ней переговоры.
8 декабря 1947 года состоялась встреча сторон. Она проходила на «нейтральной территории» — транспортном судне американского военного флота «Ренвил», стоявшем на якоре в порту Джакарты. Индонезийскую делегацию возглавлял премьерминистр А. Шарифуддин, а делегацию Нидерландов — чиновник-индонезиец Р. Виджойатмоджо. Представители Комиссии добрых услуг также активно участвовали в переговорном процессе.
В результате переговоров 17 января 1948 года было подписано Ренвильское соглашение, предусматривающее прекращение огня и принятия линии ван Моока в качестве временной линии разграничения, оставляющей под голландской оккупацией большую часть Явы и основные нефтяные и плантационные районы Суматры. Территория Республики сильно урезывалась. Теперь на ней проживало 19,2 млн человек, тогда как на оккупированной территории — 30,6 млн индонезийцев
Подписание Ренвильского соглашения спровоцировало обострение борьбы между национальными силами Индонезии. Правые партии обвинили Шарифуддина в «уступчивости» и добились падения его кабинета. К власти пришел кабинет вицепрезидента М. Хатты, в котором преобладали правые силы. Со своей стороны, левые партии, прежде всего Коммунистическая партия Индонезии, в феврале 1948 года создали оппозиционный Народно-демократический фронт (НДФ) во главе с Шарифуддином.
Итогом внутриполитической борьбы стала «малая гражданская война». В сентябре 1948 года правые силы спровоцировали в районе города Мадиуна вооруженные столкновения, в ходе которых погибло около 600 коммунистов, в том числе А. Шарифуддин. Было арестовано 35 тыс. коммунистов и сочувствующих им, а КПИ был нанесен удар, от которого она оправилась лишь через несколько лет
Мадиунские события раскололи единый фронт борьбы против оккупантов, и серьезно ослабили Республику.
Этим незамедлительно воспользовалась голландская сторона. 11 декабря 1948 года голландцы направили в Комитет добрых услуг заявление, в котором обвиняли индонезийское правительство в том, что оно «не в состоянии контролировать свои вооруженные силы» и поэтому «нельзя ожидать, что республика сможет эффективно содействовать в борьбе с нарушениями соглашения о перемирии»
Индонезийская сторона попыталась найти выход из назревавшего кризиса путем переговоров, обратившись за содействием в Комитет добрых услуг.
17 декабря, попытка индонезийцев избежать нового вооруженного столкновения, была пресечена ответом голландцев, в котором говорилось, что обращение индонезийского правительства в Комитет добрых услуг «не может заставить правительство Нидерландов пересмотреть выводы, изложенные в ноте 11 декабря», и возобновить переговоры
Рано утром 19 декабря 1948 года 150-тысячная голландская армия одновременно в нескольких местах пересекла разграничительную линию и развернула наступление на позиции республиканцев. На этот раз голландское командование предприняло попытку одним ударом покончить с Республикой. Временная индонезийская столица Джокьякарта была избрана главной целью удара. После ожесточенной бомбардировки центра столицы и аэродрома Магуво (в 6 км от Джокьякарты), в которой участвовало до 75 боевых самолетов, голландцы выбросили крупный парашютный десант под командованием полковника ван Лагена. Следом за парашютистами сюда же по воздуху была спешно переброшена бригада морской пехоты. В течение нескольких часов десант овладел Джокьякартой, арестовав президента, премьер-министра и многих членов кабинета (избежать ареста удалось главнокомандующему ТНИ генералу Судирману и некоторым другим высшим офицерам). Современники оставили свидетельства о том, как происходил арест президента А. Сукарно: