21 июля голландские войска с занимаемых ими баз на Яве (Джакарта, Сурабая, Бандунг) и Суматре (Медан, Паданг, Палембанг) при поддержке авиации, развернули мощное наступление на позиции индонезийцев. Одновременно голландские власти в Джакарте совершили насильственные действия в отношении республиканской делегации, присутствовавшей на переговорах: «все ее члены, включая главу делегации А. К. Гани, были арестованы. Вместе с ними голландцы арестовали еще 200 ведущих индонезийских лидеров в Джакарте»
В первый же день боевых действий голландская авиация нанесла бомбовые удары по индонезийским аэродромам в городах Мадиуне, Маланге, Магуво, Тасикмалайе, где вывела из строя 20 самолетов. Жестокой бомбардировке подверглось также мирное население ряда городов.
Основные удары голландских войск были направлены на долину Краванг в 70 км от Джакарты и районы Восточной Явы, являвшимися главными производителями риса в стране. Это делалось для того, чтобы подорвать Республику экономически. Наступление голландских войск развивалось вдоль шоссейных и железных дорог, что облегчало им захват важных административных центров, районов крупных плантаций и предприятий. Кроме того, высадкой морских десантов голландцы попытались овладеть всеми пригодными для эксплуатации портами в Центральной и Восточной Яве.
На пятый день после начала войны, выступивший по радио ван Моок, подвел первые итоги боевых действий: «После того как мы прошли сотни миль и бесчисленное количество оборонительных сооружений, наши потери не достигли еще и трех человек. Не намного выше и потери распавшейся республиканской армии»
Отчасти в своем выступлении ван Моок сказал правду. Уже через две недели хорошо подготовленная, вооруженная и высоко механизированная голландская армия захватила многие крупные города, порты и коммуникации. На Яве голландцам удалось установить контроль над побережьем и занять все важнейшие городские центры острова, а на Суматре — оккупировать ключевые пункты восточного побережья, где располагались крупнейшие плантации и нефтеразработки. Бои приближались к Джокьякарте — резиденции правительства Республики Индонезия.
Тем не менее, успешное наступление стоило голландской армии значительных усилий и больших потерь, намного превышающих то число, которое приводил в своем выступлении ван Моок. В отдельных районах Национальная армия Индонезии оказывала противнику ожесточенное сопротивление.
Так, например, когда на Центральной Яве голландские части начали наступление в западном направлении, на город Каливунгу, им потребовалось восемь дней непрерывных боев, чтобы продвинуться всего лишь на 21 км; целую неделю голландцы штурмовали город Гарут, с которого они начали войну на Западной Яве.
Однако самое главное в ходе боевых действий заключалось в ином. «Хотя за короткое время голландцы смогли достичь многих своих географических целей, — как справедливо отмечает историк Дж. Кейн, — они были не в состоянии решить своей другой главной задачи — разрушить основной костяк вооруженных сил республики. За исключением нескольких случаев, легковооруженные республиканские войска избегали вступать в непосредственный бой с тяжеловооруженными голландскими силами. Вместо этого они в соответствии с планом ушли из равнинных танкоопасных областей и основных коммуникационных артерий в горы, которые защищали их. В таких зонах, порой весьма населенных и включавших в себя много городов, они начали вести затяжную партизанскую воину»
На борьбу с голландскими захватчиками поднялась вся страна. 30 июля 1947 года был создан Национальный фронт обороны Западной Суматры, объединивший 56 политических, общественных и военных организаций. В августе на Северной Суматре начал свою деятельность Совет по координации деятельности партий. Главными задачами Совета, в который вошли представители влиятельных и авторитетных индонезийских партий, были:
«а) на основе единства и целостности всех сил защищать суверенитет и полную независимость Республики Индонезии как внутри страны, так и на мировой арене; б) способствовать проведению всеобщей мобилизации; в) привести политическую, экономическую и социальную жизнь в соответствии с интересами обороны страны»
Совет объявил всеобщую мобилизацию и призвал все население страны к длительной партизанской войне. «На территории, оставленной нами, — указывалось в обращении Совета, — уничтожайте все, что может потребоваться врагу»
Со 2 августа 1947 года, в районах оккупированных захватчиками развернулось широкое движение «несотрудничества», выражавшиеся в массовом саботировании всех мероприятий голландских властей. Так, из 6800 рабочих железнодорожников в Джакарте лишь 100 человек изъявили желание работать на оккупантов. Из трех тысяч работников городского муниципалитета столицы, только 10 человек продолжали выполнять свои служебные обязанности, а из 800 служащих управления электроснабжения Джакарты голландские указания выполняли — 7 человек