Конфликт принял настолько серьезный характер, что в Сурабаю немедленно вылетел президент Сукарно и вице-президент Хатта. 30 октября в результате их переговоров с представителем войск союзников на Яве генерал-майором Хавсорном и командующим английскими войсками в Сурабае бригадным генералом А. Маллаби, была подписана договоренность о прекращении боевых действий.
Однако перемирия не получилось. В тот же день в городе в районе банка «Интернасио» вспыхнула сильная перестрелка. Бригадный генерал Маллаби выехал на место инцидента. Возле здания банка кортеж генерала попал под интенсивный ружейно-минометный обстрел. Одна из мин попала в генеральскую машину. А. Маллаби и все пассажиры, находящиеся вмести с ним, были убиты. Уличные бои вспыхнули с новой силой.
9 ноября командующий английскими войсками в Сурабае генерал-майор Е. Мэнсерг, назначенный вместо погибшего Маллаби, предъявил индонезийцам ультиматум, в котором обвинил их в нападении на английские войска и убийстве своего предшественника. Далее в ультиматуме содержалось требование к руководителям местных властей о подписании безоговорочной капитуляции и сдачи оружия населением города: «Все индонезийцы обязаны, явится для сдачи оружия, построенные в колонну по одному и с белыми флагами в руках»
Вечером 9 ноября, в ответ на требование англичан, губернатор Восточной Явы Пак Сурьо по радио обратился к населению Сурабаи с речью, в которой, в частности, заявил: «Все наши усилия урегулировать конфликт путем переговоров не дали результатов. Мы должны смело противостоять любым опасностям для укрепления и защиты нашей страны. Лучше умереть, чем снова стать рабами»
Утром 10 ноября англо-голландские войска, получив подкрепления (5-ю индийскую дивизию), перешли к активным действиям. Сурабая была подвергнута интенсивному обстрелу стоящими на рейде английскими военными кораблями. После по городу нанесли бомбовый удар 6 английских самолетов. Затем в бой были введены пехотные части, поддержанные танками и полевой артиллерией.
«Сурабая и ее пригороды, — сообщало агентство Антара, — превращены в руины в результате шквального артиллерийского обстрела и нападения с воздуха, моря и суши. Город непрерывно подвергается бомбежке. Улицы полны убитыми солдатами и горожанами»
Несмотря на многократный перевес противника в живой силе и технике, части Армии народной безопасности, молодежные отряды под командованием Сутомо и отряд сурабайских рабочих ожесточенно сражались на городских улицах, сдерживая наступление англо-голландских войск. В первый же день боев индонезийцам удалось сбить три английских самолета и подбить несколько танков.
Только 25 ноября, после двух недель кровопролитного сражения, англо-голландским войскам удалось одержать победу над индонезийцами.
Но даже несмотря на падение города, значение героической обороны Сурабая было очень велико. Она пробудила дух сопротивления по всей Индонезии, способствовала сплочению ее народа в борьбе за независимость, показала всему миру, что индонезийцы намерены всерьез защищать свою республику. Недаром вплоть до наших дней 10 ноября ежегодно отмечается в Индонезии как «День героя»
Вслед за Сурабаей ожесточенные бои против англо-голландских войск произошли в Джакарте, Богоре, Бандунге и некоторых других городах.
Не менее упорными, чем на Восточной и Западной Яве, были сражения на Центральной Яве. 18 ноября англо-голландские войска перешли в наступление на важный стратегический пункт — город Джокьякарту. Оборону на этом направлении держала 5-я дивизия ТКР и молодежные отряды. В отличие от других индонезийских частей, подразделения, оборонявшие Джокьякарту, были хорошо вооружены, поскольку еще до начала вражеского наступления, они произвели несколько нападений на японские оружейные склады, где ценой больших потерь (свыше 2 тыс. человек убитыми) захватили большое количество стрелкового и артиллерийского вооружения. В боях на этом направлении части ТКР под командованием генерала Судирмана добились своих первых серьезных успехов. Дважды — 21 ноября и 15 декабря индонезийцы успешно контратаковали войска противника и выбивали их из городов Амбараву и Магеланг — важных опорных пунктов на дороге к Джокьякарте. Эти операции имели особое значение, поскольку вскоре правительство Индонезийской Республики перебралось в Джокьякарту из оккупированной Джакарты.
«Что такое Республика Индонезия 1945 года? Национальное знамя, гимн "Великая Индонезия" да огонь борьбы за независимость, который горел в наших сердцах…», — писал А. Сукарно о начальном периоде освободительной войны индонезийского народа