В середине сентября в Джакарту прибыла союзная военная миссия во главе с заместителем командующего английскими войсками в Юго-Восточной Азии адмирала Л. Маунтбеттена контр-адмиралом Р. Паттерсоном. Вместе с военными в столицу Индонезии прибыли ван дер Плас и другие представители правительства Нидерландской Индии. Прибывшие смогли сразу же убедиться в том, что существование Республики Индонезии — свершившийся факт. Джакарта была украшена национальными флагами, из уличных динамиков звучали национальные гимны, улицы патрулировались народной милицией, вооруженной японским оружием. По словам очевидцев, контрадмирал сэр Паттерсон был неприятно поражен увиденным. «Ван Моок будет недоволен тем, что тут творится», — заметил он представителям правительства Нидерландской Индии. «Ван Моок сумеет приструнить распоясавшихся дикарей», — ответил контр-адмиралу член правительства ван дер Плас.
29 сентября 1945 года в порту Джакарты Танджунг Приок высадилась первая группа английских войск во главе с командующим силами союзников в Нидерландской Индии генералом Ф. Кристисоном. Официально целью высадки англичан объявлялось выполнение союзнических договоренностей по разоружению и эвакуации японской оккупационной армии, а также освобождение интернированных японцами европейцев. А. Сукарно со своей стороны заявил, что если союзники преследуют только такие цели, то индонезийцы не станут препятствовать им.
30 сентября генерал Кристисон признал де-факто правительство независимой республики. В свою очередь адмирал Маунтбеттен также подчеркнул, что англичане прибыли в Индонезию только для разоружения японцев.
Однако уже 1 октября 1945 года контр-адмирал Паттерсон откровенно объявил, что английские войска будут находиться в Индонезии до тех пор, пока не начнет функционировать законное правительство Нидерландской Индии, и что Англия не намерена признать правительство Сукарно
4 октября в Танджунгт Приоке вместе с новым десантом английских войск, прибыли первые голландские военные подразделения и голландские колониальные чиновники во главе с ван Мооком. Над дворцом бывшего генерал-губернатора, ставшим его резиденцией, был поднят голландский флаг.
Корреспондент агентства Антара оставил описание возвращения голландских войск в столицу своей бывшей колонии:
«4 октября 1945 г. в джакартский порт Танджунг Приок прибыло семь голландских военных кораблей. Находясь в открытом море, они шли под английским флагом. Суда беспрепятственно вошли в порт. После этого английские флаги на них были заменены на голландские. Суда доставили большое количество военной техники и снаряжения, а среди их "пассажиров" было много голландских солдат. Часть автомобилей, которыми они пользовались для беспрепятственного передвижения в порту и в городе, выдавались за машины, принадлежащие якобы Международному Красному Кресту. Голландские солдаты начали немедленно устанавливать свои порядки в порту, они срывали красно-белые флаги республики и водружали на их место голландские флаги. 6 октября голландские солдаты въехали в город. В столице начались беспорядки и грабежи»
В ответ на провокации голландских солдат, забастовку объявили 7 тыс. рабочих столичного порта. Отряды народной безопасности вступили в первые стычки с колонизаторами, которые вскоре переросли в ожесточенные, кровопролитные бои.