Основной базой для создания регулярных вооруженных сил Индонезии явились ПЕТА и (в меньшей степени) голландская колониальная армия (КНИЛ), рядовой состав, которой состоял из индонезийцев. Стоит заметить, что из рядов КНИЛ вышли некоторые видные военачальники: генералы У. Сумохарджо, Насутион, Хидайят. Однако основной командный состав республиканской армии комплектовался за счет ПЕТА, в которой насчитывалось около 900 офицеров-индонезийцев
В первые недели после провозглашения независимости в Индонезии сложилось странное двоевластие: рядом с японской администрацией существовали республиканские национальные комитеты, рядом с японскими войсками находились вооруженные индонезийские отряды.
Первоочередной задачей республиканцев в сложившейся ситуации стало разоружение японских частей. Разоружение бывших оккупантов происходило в основном без инцидентов, хотя иногда и случались вооруженные столкновения. К концу сентября значительная часть 280-тысячной японской армии была разоружена и изолирована в своих казармах индонезийцами.
Тем временем незадолго до капитуляции Японии английским и американским командованием было принято решение о том, что территория Индонезии станет сферой действий английских войск. Такое решение было вызвано особой заинтересованностью Англии в Индонезии, расположенной поблизости от британских колониальных владений и баз в Юго-Восточной Азии. США подобное разделение сфер влияния полностью устраивало, поскольку это давало им возможность установить свой контроль над Китаем и Японией без каких-либо помех с английской стороны.
Кроме того, образование независимой Республики Индонезии серьезно угрожало Англии потерей важных экономических позиций (британские инвестиции в этой стране по своим размерам уступали только голландским) и могло явиться опасным революционизирующим примером для других британских колоний в Юго-Восточной Азии. Поэтому английские правящие круги имели свой интерес в восстановлении утраченного голландского контроля над Индонезией. Тем более что сами голландцы предполагали в той или иной степени вернуть свои довоенные позиции в этом регионе мира, и в этом они серьезно рассчитывали на помощь своих союзников-англичан
Еще в период Второй Мировой войны эмигрантское правительство Нидерландов в Лондоне, возглавлявшееся П. Гербранди, усиленно готовилось к восстановлению своего контроля над Индонезией. Впрочем, не располагавшему реальными военными силами и к тому же находившемуся в эмиграции правительству Гербранди необходимо было дать какие-то обещания индонезийцам, чтобы привлечь их на свою сторону. В декабре 1942 года королева Нидерландов Вильгельмина в речи по лондонскому радио «обещала провести после войны конференцию с участием представителей Нидерландов, Нидерландской Индии, Суринама и Кюрасао с целью преобразовать Нидерландское королевство в Союз из четырех частей, пользующихся внутренней автономией. Индонезии были обещаны создание парламента, признание равноправия индонезийского языка с голландским и другие уступки. Однако в речи королевы ни слова не говорилось о независимости и, наоборот, делался упор на ответственности Нидерландов за развитие Индонезии и на необходимости тесного союза между ними»
В декабре 1943 года в Лондоне было воссоздано правительство Нидерландской Индии, которое вскоре перебазировалось поближе к Индонезии — в город Брисбен (Австралия). Правительство возглавил исполняющий обязанности генерал-губернатора Нидерландской Индии X. ван Моок. По отзывам современников, это был косный человек, придерживающийся крайне консервативных взглядов, считавший, что без помощи европейцев дальнейшее развитие Индонезии пойдет тупиковым путем и уверенный в том, что Голландия до сих пор является великой морской державой.
24 августа 1945 года было подписано англо-голландское соглашение. В соответствии с ним гражданское управление освобожденными от японцев районами Индонезии должна была осуществлять голландская Гражданская администрация Нидерландской Индии (НИКА), а в дальнейшем — правительство Нидерландской Индии.