Японская оккупационная политика вызывала растущее недовольство индонезийского народа. Однако движение Сопротивления не имело единого центра, и было разрозненным. Одна из первых подпольных организаций под руководством Амира Шарифуддина, многие члены которой являлись коммунистами, начала активно действовать в начале оккупации. В 1943 году при непосредственном участии нелегальной Коммунистической партии Индонезии (КПИ) была создана подпольная организация Геракан Индонесиа Мердека-Гериндом (Движение свободной Индонезии). Из других антияпонских организаций следует назвать группировку левого националиста К. Сукарни, группу С. Шарира и организацию Персатуан Махасисва (Союз студентов).
Тем не менее, работа подпольных организаций, при всей своей малочисленности и разобщенности, вносила огромный вклад в борьбу против японских захватчиков. На железнодорожном транспорте, при непосредственном участии членов КПИ, были развернуты широкие мероприятия по саботажу: срывались графики движения поездов, выводился из строя подвижной состав, расточительно расходовались запчасти, уголь, смазочные материалы и т.д. В начале 1944 года вспыхнули крестьянские волнения на Яве в районах Индрамаю и Тасикмалайе. К середине того же года выступления охватили и другие районы острова — округа Лохбенер, Синданг, Бантене, Мадуине. Но эти выступления носили стихийный характер и не увенчались успехом.
Антияпонские выступления не ограничивались пределами Явы. На Суматре одним из районов наиболее активного сопротивления оккупантам был крайний север острова — область Аче. Здесь борьба против японцев началась еще в 1942 году. Руководители сопротивления пытались придать борьбе религиозную окраску и выдвигали лозунг «перанг сабил» («священной войны»). Наиболее известным руководителем антияпонского сопротивления в области Аче был молодой мусульманский проповедник А. Джамиль.
Активная борьба против оккупантов велась и на Молуккских островах, в ряде районов Сулавеси. К концу японской оккупации на острове Хальмахера действовал партизанский отряд во главе с Саленду, бывшим сержантом голландской армии.
В феврале 1945 года в городе Блитаре (Восточная Ява) восстал батальона ПЕТА. Инициаторами восстания оказались младшие офицеры Муради, Суприйяди, Супарьоно и командир отделения Сунанто. Восставшие перебили японских полицейских, военных и гражданских лиц взяв город под свой полный контроль. Однако другие части ПЕТА их не поддержали. В результате восстание было подавлено превосходящими силами противника.
В мае 1945 года восстали даякские племена во внутренних труднодоступных районах Калимантана. Японские захватчики были вынуждены отступить из внутренних районов в прибрежные укрепленные пункты. Затем волнения против японцев начались среди папуасских племен Западного Ириана.
Стоит заметить, что даже эти малоуспешные, разрозненные выступления (зачастую повстанцы были вооружены лишь бамбуковыми копьями и устаревшими голландскими винтовками) способствовали росту духа сопротивления по всей Индонезии.
По мере изменения обстановки на фронтах Второй Мировой войны в пользу антигитлеровской коалиции и роста сопротивления в Индонезии японские оккупанты были вынуждены идти на уступки требованиям индонезийского народа. 29 апреля 1945 года японское военное командование на Яве объявило о создании Исследовательского комитета для изучения возможностей по подготовке независимости Индонезии. Работой комитета, в составе 62 человек, руководил д-р В. Раджиман. В их обязанности входило «изучение и исследование всех вопросов, связанных с политикой, экономикой, государственным строем, правом, обороной, транспортом и т.п., — всего, что необходимо для образования индонезийского государства»
1 июня 1945 года в Исследовательском комитете с речью выступил ветеран национального движения Ахмед Сукарно. На основе его речи, получившей впоследствии название «Рождение Панча сила», была сформирована платформа для объединения всех национальных сил в борьбе за создание независимого индонезийского государства. Сукарно выдвинул пять следующих принципов: «1) индонезийский национализм, т.е. создание единого национального государства, охватывающего всю территорию Индонезии; 2) интернационализм или гуманизм, т.е. отказ от всякого шовинизма и стремление суверенной Индонезии к дружбе со всеми народами, к равноправному международному сотрудничеству; 3) муфакат
22 июня 1945 года в Джакарте на нелегальной встрече ведущих деятелей национально-освободительного движения была подписана Джакартская хартия, определившая в качестве главной задачи, создание суверенного государства — Республики Индонезии. В хартии особо оговаривалось, что суверенность индонезийской нации должна быть закреплена конституцией, основу которой составят принципы «Панча сила».