Одновременно французские войска и вооруженные отряды переселенцев приступили к подавлению восстания. По всему Мадагаскару началась жестокая расправа с восставшими и теми, кто им сочувствовал. В округе Амбатундразака «активисты ДДВМ и вся интеллигенция — врачи, учителя и т.д. — были арестованы вооруженными колонистами, а их дома сожжены или взорваны динамитом. Многие были казнены без суда и следствия. Остальных загнали в три вагона для скота, а двери опечатали. В течение трех дней люди находились в вагонах без пищи и воды. Наконец, они прибыли в Мурамангу. Майор Жубер выдвинул на огневые позиции свои самоходные орудия и расстреливал вагоны до тех пор, пока никого не осталось в живых»
По всему острову совершались сотни подобных расправ. В городах, в том числе и Тананариве, происходил грабеж магазинов и домов мальгашей. Арестованных направляли в тюрьмы и концлагеря, без какого бы ни было контроля и учета. Позднее представитель Верховного судебного совета генеральный адвокат М. Роллан писал по поводу численности заключенных:
«Вопрос о тюрьмах приобрел на Мадагаскаре серьезный характер: имеется 20 тыс. заключенных, из них 5 тыс. за участие в вооруженном восстании. Я уже сказал, что эти данные ориентировочные, так как нельзя верить цифрам, приводимым тюремным ведомством Мадагаскара, которые никем не проверяются и не поддаются учету. На острове имеется 98 тюрем. По секрету мне сообщили, что арестованных приводят, уводят, переводят без всякого контроля»
В конце апреля 1947 года восстание переросло в настоящую партизанскую войну. Жители из-за расправ и арестов укрывались в лесах, где спешно создавались укрепленные базы и вооруженные отряды. «Если мальгаши хотят войны, они ее получат», — заявил на это генерал-губернатор де Коппе
Однако быстро справиться с партизанским движением французским властям не удалось. «Копьеносцы» установили контроль над территорией, простиравшийся от лесной зоны до восточного побережья Мадагаскара, составляющей 20% площади острова с населением более 600 тыс. человек. Округи Таматаве, Манакара и Манандзари были изолированы от остальной части острова. Снабжение полиции и войск, расположенных в этих округах, осуществлялось только по воздуху. Для этих целей французскими властями был создан специальный авиационный отряд, состоящий из военного самолета «Делиньи» и двух транспортных самолетов «Ю-52», на которых были установлены пулеметы. Авиаотряд активно участвовал и в военных действиях, пулеметным огнем поддерживая обороняющиеся гарнизоны. В мае-июле 1947 года «копьеносцы» провели несколько нападений на населенные пункты. Отрядом в количестве 400 человек был атакован вокзал в Мураманге. 200 «копьеносцев» осуществили нападение на тюрьму в Фианаранцуа. Обе атаки были отбиты. 3 июля многочисленные отряды партизан предприняли попытку захвата Тананариве. В ходе боя «копьеносцы» потерпели жестокое поражение, только пленными они потеряли свыше 3 тыс. бойцов
К осени 1947 года активность «копьеносцев» заметно снизилась. Во многом это было связано с большими потерями, которые партизаны несли из-за собственного суеверия. Местные жрецы убедили многих бойцов в том, что в борьбе за свободу они будут неуязвимы. Эти «копьеносцы» обвешанные амулетами с холодным оружием бросались на винтовки и пулеметы в полной уверенности, что «пули французов принесут им не больше вреда, чем капли воды»
В свою очередь французские власти получили значительные подкрепления. Для борьбы с партизанским движением на Мадагаскар были направлены части Иностранного легиона, парашютисты, алжирские и сенегальские стрелки, общей численностью до 15 тыс. человек. Командующий французскими войсками генерал Гарбе применил против партизан тактику «масляного пятна», впервые успешно опробованную при подавлении восстания на Мадагаскаре в 1896—1897 годах. В районах действия партизан прокладывались новые дороги, создавалась плотная сеть укрепленных постов, которые постепенно переносились в глубь района, лишая «копьеносцев» возможности маневрирования, затрудняя связи с населением и т.д.
К началу 1948 года под контролем партизан оставалось лишь два небольших района к западу от Ватуманди и Фианаранцуа.