В июне 1949 года на состоявшихся выборах большинство депутатских мест получили представители Либеральной партии. По предложению либералов конгресс согласился на проведение досрочных президентских выборов, утвердив новую дату их проведения — 27 ноября 1949 года, вместо 5 июня 1950 года. Но президент Перес отменил решение конгресса. В свою очередь, Верховный суд страны, где большинство также принадлежало либералам, отменил решение президента. В начале сентября 1949 года новое рассмотрение этого вопроса в конгрессе завершилось перестрелкой, в результате которой один депутат-либерал был убит.
В сельских районах страны началось партизанское движение, ставшее стихийным ответом масс на продолжавшийся террор банд помещиков-латифундистов. Осенью 1949 года первые партизанские отряды появились в восточных районах Колумбии, где труднопроходимая местность позволяла им успешно действовать против отрядов наемников, полиции и армейских частей
Обострение политической обстановки заставило Переса согласится на проведение досрочных президентских выборов в ноябре 1949 года. Кандидатом от Консервативной партии стал Л. Гомес, кандидатом от Либеральной партии — Д. Эчандиа.
Однако вынужденное согласие властей на проведение выборов не повлияло на ситуацию. В стране продолжался террор и вооруженные столкновения, в результате которых только в сентябре-ноябре 1949 года было убито около 2 тыс. человек
К моменту его вступления на пост, партизанское движение значительно активизировалось в провинциях Толима, Антиокия, Кундинамарка, Бояка, Сантандер-дель-Сур, Уила, Каука, Кальдас, Магдалена и в районах Льянос Ориенталес. Общая численность партизанских отрядов доходила до 30 тыс. бойцов (в конце 1951 года на сторону партизан перешли сотни солдат, которых готовили для отправки на войну в Корее)
Левые либералы и коммунисты приняли активное участие в партизанском движении, рассматривая его как «выражение героического сопротивления народа террористическим репрессиям диктатуры и насилию со стороны реакционных банд»
Правительственные войска под командованием военного министра У. Арбелаеса провели против партизан крупную карательную операцию. В основные районы партизанского движения были брошены отборные части, в частности батальон спецназначения «Варгас», обученный американскими специалистами по борьбе с партизанами в Юго-Восточной Азии. Войска действовали при поддержке артиллерии, танков и авиации. С целью лишить партизан поддержки местных жителей, солдаты получили приказ расстреливать любого человека заподозренного в связях с партизанами. Особенными зверствами в отношении мирного населения отличался батальон «Варгас» под командованием полковника Вильямисара.
В результате проведенной операции правительственные войска добились определенного успеха. Партизанские силы оказались рассеянными в разных районах страны, связь между ними была нарушена. Одна часть партизан ушла в труднодоступные горы, другая часть организовалась в бандитские шайки либо бежала в Венесуэлу. Положение партизан осложнялось произошедшими в провинции Толиме вооруженными столкновениями между отрядами, находившимися под влиянием коммунистов и либералов. Эти столкновения, спровоцированные агентами Гомеса, привели к расколу в партизанском движении.