Вступив в должность 30 ноября 1940 года, генерал Мориниго заявил, что либеральная система является «основной причиной политической анархии, экономической нищеты и материального упадка нации» и провозгласил «новое националистическое революционное государство» корпоративного типа, основными принципами существования которого должны были стать «порядок, дисциплина и иерархия»
Правление Мориниго сопровождалось многочисленными беспорядками, забастовками и студенческими волнениями. В феврале-апреле 1944 года произошел ряд рабочих забастовок в столице Парагвая — Асунсьоне. В феврале 1945 года состоялась всеобщая забастовка, «направленная против декрета Мориниго о строгом контроле правительства над профсоюзами и об отчислении 3% от заработной платы рабочих в государственный фонд социального обеспечения»
В 1946 году президент Мориниго был вынужден пойти на некоторые уступки. Была разрешена легальная деятельность запрещенных партий — Либеральной и Фебреристской. Под давлением оппозиционных партий и Движения молодых офицеров, возникшего в том же году в армии и ставившего своей целью восстановление демократических свобод, в стране было создано коалиционное правительство из представителей армии, лидеров «Колорадо» и Фебреристской партии (Либеральная партия не была допущена к руководству страной).
Однако к концу 1946 года Мориниго нарушил данные им обязательства. Фебреристы были изгнаны из правительства, в отношении противников режима возобновились репрессии и террор.
В начале 1947 года в стране было введено осадное положение и запрещены все оппозиционные партии. Это привело к взрыву возмущения, массовым вооруженным выступлениям, переросшим затем в гражданскую войну.
8 марта 1947 года в городах Консепсьон и Чако восстали 1-я «Camacho» (состоящая из двух полков) и 2-я «Concepcion» (состоящая из двух полков) пехотные дивизии, которых поддержали части ВМС, ВВС и союз Либеральной, Фебреристской и Коммунистической партий. Власть в Консепсьоне перешла в руки восставших. Было образовано Временное революционное правительство во главе с полковником С. Вильагра. Восставшие выдвинули требования о «демократизации страны и проведения свободных выборов в Учредительное собрание»
Правительство Мориниго бросило на подавление восстания Первый армейский корпус в составе 1-й кавалерийской дивизии (состоящей из трех полков), 14-го пехотного полка «Gerro Cora», 1-го артиллерийского полка «General Bruguez», 1-го полка Z. «General Aquino» и полка связи. В зону боевых действий были также направлены 3-я пехотная и 2-я кавалерийская дивизии двухполкового состава, 6-й кавалерийский полк «General Caballero», 1-й и 4-й батальоны Z. «General Aquino» и «Aquidaban» (в дальнейшем был сформирован Второй армейский корпус и 3-я кавалерийская дивизия состоящая из трех бригад). Кроме того, на стороне правительства активно сражались отряды «Гион Рохо», пополненные наиболее забитой и отсталой частью крестьянства.
Гражданская война в Парагвае продолжалась чуть больше пяти месяцев. Восставшим удалось нанести правительственным войскам ряд поражений и даже осадить Асунсьон, но в начале августа 1947 года они были разгромлены. Основной причиной подавления восстания оказались разногласия между его руководителями и их соперничество в борьбе за захват ключевых позиций. Существенную роль в разгроме восставших сыграла также помощь правительству Мориниго деньгами, оружием и боеприпасами со стороны Аргентины и США. Более того, американский военный атташе в Парагвае лично руководил карательными операциями правительственных войск. Позднее в одном из своих документов ПКП подчеркнула, что «главным врагом парагвайского народа остается империализм США, который постоянно вмешивается во внутренние дела страны»