Некоторые историки допускали, что если Троя действительно существовала, то она находилась вблизи того места, где теперь выросла небольшая турецкая деревня Бурнабаши и возвышался невысокий холм. При этом они ссылались на 22-ю песню «Илиады», в которой Гомер упоминает, что недалеко от города Приама било два источника, теплый и холодный, т. е. такие же, как в Бурнабаши.
Шлиман решил лично проверить эти предположения. Он нашел проводника-грека и верхом отправился в Бурнабаши. Но уже по дороге его охватили сомнения. Деревня находилась от моря в трех часах езды верхом, между тем греческие герои. если верить Гомеру, ходили от берега моря до стен троянской крепости по три раза в день, что в данной ситуации занимало бы у них по крайней мере 18 часов. Таким образом, либо ошибался Гомер, либо в Бурнабаши нет руин Трои.
Приехав на место, Шлиман внимательнейшим образом осмотрел небольшой холм, который якобы таил в себе развалины крепости. Его сомнения еще более усилились: холм был слишком мал, чтобы скрывать огромный дворец царя Приама с его 62 покоями и залами, а также крепостные стены с мощными Скейскими воротами. Шлиман сошел с коня и поднялся на вершину холма. На пробу он выкопал в разных местах глубокие колодцы, но везде нашел лишь песок и землю. Ему не встретилось ни одного камня, ни одного черепка посуды или обломка кирпича, словом, ничто не указывало на то, что здесь когда-то возвышалось огромное сооружение. Шлиман пришел к выводу, что холм не имеет ничего общего с руинами разрушенного города, что он является попросту творением природы, а не человеческих рук.
Но Генрих во всем любил точность, поэтому считал своим долгом выяснить вопрос о двух источниках, о которых с такой уверенностью говорили историки. И здесь его ожидал забавный сюрприз: оказалось, что в окрестностях Бурнабаши било не два, а целых 40 ключей. Отсюда и происходило название этой местности: Kirkgios, что значит «Сорок очей». Шлиман, чтобы окончательно удостовериться в неправильности старой гипотезы, ходил от одного ключа к другому и измерял температуру воды. Она везде оказалась почти одинаковой - среди источников не было ни одного теплого.
С тех пор холм около Бурнабаши перестал его интересовать. Но где же в таком случае искать руины древней Трои? Помочь археологу не мог никто, поэтому он решил вдоль и поперек изъездить геллеспонскую равнину, наощупь отыскивая следы исчезнувшего города. Неожиданно он обратил внимание на турецкое название большого холма, лежавшего севернее Бурнабаши, километрах в пяти от моря - Гиссарлык, что значит дворец. Шлиман хорошо понимал, что в названиях местностей, точно так же, как и в народных преданиях, часто слышны отзвуки событий далекого прошлого. Так люди из поколения в поколение передают свою историю, свою мудрость и свой опыт. С течением времени первоначальный смысл этих названий стирается, как рисунок на потертом ковре, остаются только слова, на первый взгляд, необъяснимые, но являющиеся следами, которые могут указать источник истины. Так почему же Гиссарлык не мог скрывать в своем чреве какие-то руины, названные людьми уже давным-давно дворцом? Ведь трудно предположить, чтобы без всякого на то основания так именовали естественную гору, даже контурами не напоминающую какое-нибудь сооружение, не говоря уже о дворце.
Предварительные исследования подтверждали догадки Шли-мана. Гора имела приблизительно четырехугольную форму и плоскую вершину, что указывало на ее искусственное происхождение. И действительно, уже после первого удара кирки на поверхности оказалось множество обломков кирпича, камня и глиняных черепков. Это красноречиво свидетельствовало о том, что в глубине холма кроются мощные руины города. Шлиман затрепетал от волнения и счастья, он уже был уверен, что находится на месте «священного Илиона».
Древние историки писали, что здесь некогда высился сначала греческий, а затем римский город Novum Ilium, который, по преданию, стоял на руинах Трои. Геродот сообщает, что персидский властелин Ксеркс останавливался на этом месте, чтобы взглянуть на развалины града Приама и принести в жертву Минерве Илионской 1000 голов скота. По утверждению Ксенофонта, с этой же целью посетил Новый Илион лакедемонскии вождь Миндар, а греческий историк II в. н. э. Арриан пишет, что Александр Македонский, принеся жертву, откопал здесь древний меч и приказал своим телохранителям постоянно его носить с собой, убежденный, что меч принесет ему счастье в походе против персов. Цезарь окружал город особой заботой и поддерживал его деньгами, считая себя непосредственным потомком троянцев. Только одно беспокоило Шлимана: нигде вблизи холма Гис-сарлык ему не удалось обнаружить двух источников, которые упоминал Гомер. Но вскоре и это сомнение рассеялось. От жителей окрестных деревень он узнал, что время от времени там начинают бить горячие ключи, но вскоре высыхают, чтобы появиться снова в другом месте. Однако за все время, пока Шлиман вел раскопки на холме Гиссарлык, ни один из ключей не забил.