Убедившись, что эта находка не случайность, Кох позвал своих учеников. Все столпились вокруг его микроскопа и в один голос радостно закричали: «Учитель, ведь вы же сделали величайшее открытие! Загадка туберкулеза разгадана». Кох ласково улыбнулся и сказал: «Нет, это только начало работы». По учению Коха, для того чтобы доказать, что данный микроорганизм является возбудителем данной болезни, нужны три условия (знаменитая «триада» Коха): этот микроорганизм должен обязательно, во всех случаях, находиться при данной болезни; прививка животным данного микроорганизма должна обязательно вызвать данное заболевание, и, наконец, данный микроорганизм должен объяснить самый процесс развития болезни в организме.
Кох начал выполнять второе свое условие: он пытался заражать опытных животных туберкулезными бациллами. Сперва опыты эти у него не удавались. Но так как туберкулез поражает прежде всего и чаще всего дыхательные органы, так как зараза прежде всего проникает в них, то Кох придумал следующий способ: он сажал в ящик, как в Ноев ковчег, самых разнообразных животных: мышей, морских свинок, кур и т. д. Через специальные отверстия в ящике он нагнетал туда воздух, в котором в громадном количестве были разбрызганы туберкулезные бациллы. Животные вдыхали этот зараженный воздух. Кох добился своего: громадное большинство его опытных животных таким путем заражалось туберкулезом, а многие погибали от него. Таким образом и второе условие Коха было выполнено.
Третье требование — объяснение патологического процесса — было выполнено еще Конгеймом в его учение о бугорках. Так было твердо установлено, что палочка, открытая Кохом (впоследствии названная «палочкой Коха»), действительно является возбудителем туберкулеза.
24 марта 1882 года Кох делает в Берлинском физиологическом обществе обессмертивший его доклад — «Об этиологии туберкулеза». Пожалуй, трудно найти в истории медицины другое сообщение, которое так потрясло бы весь медицинский мир не только в Германии, но и во всех других странах, как этот доклад. Даже старик Вирхов, присутствовавший на докладе, на которого были устремлены взоры всего собрания, не нашел ничего возразить. С обычной своей обстоятельностью и точностью Кох не только описал открытую им туберкулезную палочку, он разъяснил ее специфические особенности, ее способность и неспособность окрашиваться различными красками, ее неподвижность, патологические процессы, при которых находят эту палочку; описал препараты с десятков опытных животных, которых он заражал туберкулезом, начиная с петуха и свиньи и кончая обезьяной; показывал чистые культуры туберкулезных бацилл. Таким образом исключалась возможность деятельности других бактерий и устанавливалась специфичность туберкулезной палочки. Тогда же Кох указал на значение его открытия для раннего распознавания туберкулеза (исследование мокроты под микроскопом) и для профилактики туберкулеза через дезинфекцию.
Тогда-то «заметили» Коха, и он получил повышение по службе — «обер штабс-врача первого класса». Имя Коха гремело на весь мир.
К 1883 году относится интересный инцидент — столкновение двух величайших ученых того времени — Коха и Пастера. Кох давно уже относился скептически к учению Пастера о предохранительных прививках: «Как можно прививать против бешенства, когда неизвестен даже возбудитель бешенства?» думал Кох. В этом сомнении Коха была правильная и неправильная стороны. Правильная сторона состояла в том, что Пастер, отличавшийся темпераментом страстного бойца, иногда применял прививки без достаточной осмотрительности. Известны случаи, когда он своими прививками губил не только животных, но даже и людей. Но из-за того, что прививки тогда не были еще достаточно точно методически проработаны, нельзя было отрицать самую возможность пользоваться прививками: нельзя было вместе с мутной водой выплескивать здорового ребенка. И вот, в 1883 году в Женеве, в присутствии виднейших представителей международной медицины, Пастер сделал блестящий доклад на тему: «Как предохранять живые существа от заразных болезней путем введения в них ослабленной культуры микробов». В своем докладе он старался доказать, что «основные принципы уже найдены и никто не может отрицать, что будущее богато самыми радужными надеждами. «Мы все воодушевлены высокими стремлениями, — закончил с пафосом Пастер, — стремлениями к прогрессу и истине».
Среди слушателей Пастер увидел Роберта Коха, глаза которого за золотыми очками скептически улыбались. Заметив эту улыбку, Пастер, чтобы предотвратить атаку, сделал попытку втянуть Коха в публичную дискуссию, зная, что Кох более силен в бактериологической технике, чем в словесной дискуссии. Кох встал, откашлялся и сказал: «Я предпочту ответить г. Пастеру на его доводы письменным докладом в самом ближайшем будущем» — и сел на место.