Вскоре действительно последовал ответ. Кох в полуироническом тоне начал с того, что ему удалось приобрести у агента Пастера небольшое количество так называемой вакцины сибиреязвенной болезни. Пастер говорил, что его вакцина убивает мышей, но не морских свинок; Кох испробовал ее, оказалось, что она бессильна убить даже мышонка, а некоторые образцы, наоборот, легко убивали овцу. Пастер говорил, что его вторая вакцина убивает морских свинок, но не кроликов; оказалось, что она убивает не только кроликов, а иногда и овцу, которую Пастер пытался спасти этой вакциной от смерти. Ясно, что его вакцины, кроме сибиреязвенных, содержат и другие бактерии. Кох иронически заметил, что он «подверг тщательному анализу эту вакцину и обнаружил, что она представляет собой настоящий зверинец из самых разнообразных кокков, бацилл и других микробов». «Если Пастер так стремится к истине, — вопрошал Кох, — то почему он ничего не сообщает о массе печальных результатов применения им вакцин? Такой образ действий может быть годится для рекламирующей себя торговой фирме, — закончил Кох свою статью, — но наука должна отнестись к нему с самым суровым осуждением».
Уязвленный Пастер разразился гневным ответом. К сожалению, он не опровергал (и, вероятно, не мог опровергнуть) фактических указаний Коха. В страстной полемике он пытался унизить Коха: «Еще в 1856 году, — писал Пастер, — за двадцать лет до научной зрелости Коха, я занимался изоляцией и выращиванием микробов в чистом виде; и я считаю просто смешным придавать какое-либо значение инсинуации Коха о том, что я не умею приготовлять чистые культуры».
Полемика между Кохом и Пастером превратилась скоро в полемику между Францией и Германией. Спор между учеными двух стран буржуазия этих стран попыталась использовать для разжигания патриотического угара и для натравливания одной страны на другую, сея вражду между народами. Пастер был спешно избран во Французскую академию. В день появления Пастера в Академии, он был встречен приветствием известного в то время французского философа и историка Эрнеста Ренана. Ренан назвал Пастера гением, сравнил его с величайшими людьми истории и в заключение обратился к седовласому, уже парализованному, но пылкому Пастеру с мягким увещеванием: «Истина, сударь, — это одна из величайших кокеток, — сказал он. — Никогда не следует слишком страстно ее домогаться, ибо она чаще и охотнее отвечает на холодное равнодушие. Она часто ускользает, будучи почти уже пойманной, и в то же время приходит сама, чтобы отдаться терпеливому ожиданию. Она нежданно возвращается после прощальных слов разлуки, но остается жестокой и неумолимой к своему вечному пылкому обожателю».
Так разгорелась эта полемика. Как увидим ниже, Кох все же к концу своей жизни должен был согласиться с взглядами Пастера на прививки.
Осенью 1883 года разразилась эпидемия холеры. Она охватила Египет и грозила перекинуться в Европу. Все империалистические правительства, имевшие колонии в Азии и Африке, снаряжали научные экспедиции для изучения холеры и для борьбы с нею. Снарядило экспедицию и французское правительство.
Пастер, который всецело занят был тогда борьбой с бешенством, командировал в Египет своего блестящего преданного помощника, впоследствии мирового ученого и директора Пастеровского института, Эмиля Ру, и скромного молодого врача Тюилье. Германское правительство отправило в Африку экспедицию во главе с Кохом. Эпидемия в Египте начала уже стихать, как вдруг Коху принесли известие, что «доктор Тюилье скончался от холеры».
Несмотря на обостренные отношения между Кохом и Пастером, в то время вылившиеся во вражду между французскими и немецкими учеными, Кох тотчас же отправился к осиротевшему Ру, выразил ему свое соболезнование; вместе с другими Кох нес на плечах на кладбище тело умершего товарища. Перед опусканием тела в могилу Кох возложил на гроб венок и сказал: «Этот венок скромен, но он сделан из лавров, которыми венчают храбрость».
После похорон Тюилье Кох спешно вернулся в Берлин, взяв с собой несколько ящиков с окрашенными препаратами. Он тотчас же подал рапорт министру здравоохранения, в котором писал: «Я нашел микроба, встречающегося во всех случаях холеры. Но и еще не доказал, что именно он является возбудителем болезни. Прошу командировать меня в Индию, где холера не прекращается, чтобы я мог закончить свой изыскания по этому вопросу».