В Вюрцбурге Вирхов ушел в научную и личную жизнь: в общественной жизни он мало принимал участия.
Незадолго до приезда Вирхова в Вюрцбург здесь образовалось научное физико-медицинское общество; оно ставило перед собой задачи «изучения естествознания и медицины, а также производство местных санитарных исследований». Вирхов вскоре вступил в члены этого общества, быстро занял место секретаря, а временами исполнял обязанности председателя.
Баварское правительство командировало в феврале 1852 года молодого профессора в голодающие местности (в Спессарт) для изучения санитарного состояния населения. Картина, которую наблюдал там Вирхов, напоминала то, что он видел в свое время в Верхней Силезии: голодовки объяснялись чрезвычайно тяжелым экономическим положением населения и низким его культурным уровнем. Свои впечатления от командировки Вирхов изложил в обстоятельном докладе, который он сделал на двух заседаниях физико-медицинского общества 6 и 19 марта. Хотя этот доклад вскрывал социально-экономические и политические корни голодовок, хотя Вирхов закончил свой доклад словами: «образование, благосостояние и свобода — единственные гарантии длительного здоровья народа», — все же этот доклад далек был от революционного пафоса, которым дышал его доклад о верхнесилезском голоде. «Картина была написана не такими густыми красками», — говорит один из биографов Вирхова.
Биограф Ю. Г. Малис рассказывает интересные подробности о дружеских отношениях, которые установились у Вирхова в Вюрцбурге с революционером Готфридом Эйзенманном. Эйзенманн был старым революционером. С 1832 по 1847 год он переходил из одной тюрьмы в другую. Но Эйзенманн не унывал: он утверждал, что в тюрьме «времени достаточно для научных занятий», и вел научную работу с неугасаемой энергией в духе идей его учителя, профессора Шенлейна. И, к чести старого Шенлейна, надо упомянуть, что, находясь в сане лейб-медика при дворе Фридриха-Вильгельма, он часто посещал заключенного и заботился о его судьбе.
Вирхов вместе с Эйзенманном, находившимся тогда в тюрьме, редактировал одно библиографическое медицинское издание.
Личная жизнь все больше засасывала Вирхова. Незадолго до переезда в Вюрцбург он женился на дочери известного берлинского гинеколога Карла Майера. Фрау Розе больше была склонна к «drei К», чем к революции. Притом она интенсивно начала дарить Вирхову детей: в 1851 году у него родился сын Карл (впоследствии химик), в 1852 — Ганс (впоследствии анатом), в 1855 — дочь Адель, в 1856 — сын Эрнст и т. д. Биограф-немец К. Познер в умилении описывает следующую картину семейного счастья Вирхова в Вюрцбурге: фрау Розе «обеспечивала ему тихое семейное счастье, воспитание и благо детей; и всякий, кому выпало на долю наблюдать Вирхова в его доме и в кругу своих, видел в нем доброго хозяина в немецком смысле (!!!), и посетитель забывал, что он видит перед собой величайшего мыслителя нашего времени».
Эйзенманн считал, что в тюрьме удобнее заниматься наукой. Вирхов, очевидно, чувствовал себя так же после шумного Берлина в маленьком провинциальном Вюрцбурге. И он усиленно стал заниматься наукой.
Вюрцбургское семилетнее «сидение» Вирхова ознаменовано важнейшими его исследованиями в области медицины. Здесь он занимается инфекционными болезнями — тифом, холерой, туберкулезом; здесь же он проводит интереснейшие исследования о раке, скрофулезе, о рахите, о сущности амилоидного (воскового) перерождения тканей и т. д. и т. п. И каждый раз он разрушал «гуморальную» патологию и обосновывал сущность болезненного процесса естественно-историческими причинами. Все его открытия были до такой степени новыми, что не находилось даже выражений, обозначающих то или другое обследованное им болезненное явление; и многие с тех пор употребляющиеся в медицине названия и обозначения («тромбоз», «лейкемия», «амилоидное перерождение», «эмболия» и т. д.) впервые были введены Вирховым.
Как учитель Вирхов обладал исключительными способностями. Он учил студентов строго анализировать факты, делать из фактов строго проверенные, лишенные всякой произвольности выводы. И, что особенно важно, он сам мастерски владел микроскопом и учил студентов «учиться видеть микроскопически». «Необходимо, — писал он в «Архиве», — чтобы наши воззрения настолько же двинулись вперед, насколько расширилась наша зрительная способность с помощью микроскопа; вся медицина должна в 300 раз ближе подойти к занимающим ее естественным процессам».
Слава Вирхова как ученого и как педагога росла. Слушателями его были не только студенты, но и врачи. Массами тянулись они к Вирхову не только из разных концов Германии, но и из других стран: «Вирхов населял аудиторию Вюрцбургского университета слушателями из всех стран», — вспоминает один из учеников его Клебс.