Для того чтобы такая совершенная система здравоохранения могла правильно работать, необходим орган, который руководил бы этой сложной работой. Вирхов горячо высказывался за необходимость создания имперского министерства общественного здравоохранения, ответственного за постановку всего медицинского дела в Германии. Вирхов, таким образом, высказал ту идею, которую осуществила в 1918 году советская власть созданием Народного комиссариата здравоохранения — первого во всей истории человечества учреждения, которое объединило и возглавило все медицинское дело в стране.
Характерно, что, ратуя за общегерманский медицинский орган, Вирхов в то же время высказывался против создания прусского министерства здравоохранения. Он боялся «бумажного царства, громадной армии тайных и нетайных, младших, старших и средних советников», которые в бюрократической трясине загубят живое дело: так напугали Вирхова с малых лет, еще с гимназической скамьи, прусские бюрократы. Вирхов мыслил, что верховный орган управления будет рассматривать все вопросы по двум линиям: по научной и по административной. Для разрешения научных вопросов он проектировал создание особой медицинской академии, полувыборной, состоящей из вполне компетентных научных работников различных специальностей. Административные и технические дела должны решаться в специальном Совете министерства здравоохранения.
Большое значение Вирхов придавал подготовке кадров. Он требовал со стороны государства самого активного участия и контроля в этом деле. Он не допускал возможности получения врачебного диплома без самой строгой проверки кандидата со стороны государства, опасаясь, что иначе образуется профессия «свободной торговли человеческим мясом». Доступ к медицинскому образованию должен быть широко открыт всем желающим. Медицинское образование должно быть общедоступным и бесплатным. Не для Brodstudium (хлебного ремесла) должно существовать медицинское образование, а для подготовки людей, выполняющих самые важные функции общественного здравоохранения. Если бы медицинские учреждения существовали для того, чтобы подготовлять людей, учащихся, «как больным облегчить карманы», тогда государству нечего поддерживать такие учреждения. Метод преподавания на медицинских факультетах должен покоиться на естественнонаучных основаниях, без всяких неоправданных предположений и умозрений. Анализ фактов и логический вывод из втих фактов — вот, что должно лечь в основу практической деятельности врача.
Ни в одной буржуазной, даже самой демократической стране мира указания демократа Вирхова по постановке медицинского образования не осуществлены. Нигде нет общедоступного и бесплатного медицинского образования. Нигде функции врача не рассматриваются как выполнение важнейшей государственной функции: частно практикующий врач в капиталистических странах — носитель Brodstudium и «облегчитель карманов больных». В одной только стране в мире указания гениального Вирхова осуществлены на деле — в СССР. И осуществлены в объемах, о которых даже не смел мечтать ученый демократ. После указаний т. Сталина о медицинском образовании на XVII съезде партии, наши медицинские школы — высшие и средние — так широко открыли свои двери и так поставили медицинское образование, что далеко оставили позади мечтания лучших медицинских умов и в том числе мечтания великого ученого — демократа Вирхова.
А правители тогдашней Германии, хоть и «революционной», не могли простить Вирхову ни его «Сообщений о тифе в Верхней Силезии», ни его «Медицинской реформы». Началась травля Вирхова со стороны сановников министерства просвещения. Чем популярнее было имя Вирхова среди демократических масс, тем яростней была эта травля. В октябре 1848 года при дополнительных выборах в Прусское учредительное собрание Вирхов был выбран членом его, хоть ему недоставало требуемого законом возраста; Вирхов поэтому отказался от этих полномочий.
Но после этого травля еще усилилась. Ему не раз намекали, что лучше самому подать в отставку, чем быть выгнанным. У Вирхова отняли квартиру, которую он всегда имел в Charité, за ним шпионили и, наконец, придрались к совершенно нелепому поводу, лишь бы расстаться с неспокойным прозектором.