Женитьба принесла мало радости Коху. Наоборот, еще более обострилась его нужда в деньгах и его погоня за частной практикой. К тому же материальное положение его родителей значительно изменилось к худшему. Отец потерял выгодное место, начал слабеть и прихварывать. В письмах к родным за это время Кох проявляет себя как удивительно внимательный и любящий сын. Не имея возможности помочь ни одним талером, он горячо убеждает мать приехать к ним жить: «Для мамы жизнь здесь будет настоящим эльдорадо; здесь нет никакого детского крика, не нужно штопать чулок; наоборот, здесь будет полный покой и приятные прогулки. Кошечки и собачки здесь нежно играют друг с другом, простокваша в достаточном количестве и тысячи других прелестей будут к ее услугам».
Однако судьба решила иначе. Уже 26 мая 1868 года, то есть ровно через полгода, он пишет своему отцу тревожное письмо о том, что филантропическое общество ради экономии решило поставить нового директора-врача и сократить жалование Коху. «Я теряю, таким образом, не только содержание от учреждения, но и приобретаю конкурента в частной практике. Конечно, я на это не согласился».
25 июня он оставляет службу и вместе со своей женой отправляется на родину в Клаусталь. Он надеялся здесь на ту же спасительную практику, однако ее не было, ибо всей практикой в этом городке завладели более старые врачи, давно жившие в этом месте. Опять начинаются странствования; он осматривает одно место за другим и все их расценивает опять с точки зрения интересов злополучной частной практики. Так по поводу одного места он пишет: «В этом маленьком городке хорошо было бы пожить, но есть большая разница, живут ли крестьяне или образованные люди», намекая на то, что с крестьян в частной практике взятки гладки. Он поселяется в городке Нимег и пишет родителям: «Я безусловно останусь здесь и написал уже, чтобы наши вещи прислали сюда из Лангенгагена. Вначале дело с практикой шло туго, и я даже сомневался в том, что останусь здесь, однако теперь дело пошло лучше. Во всяком случае здесь я меньше бегаю по больным, чем в Лангенгагене».
К великому огорчению, и здесь Кох не мог долго оставаться. Вся врачебная практика в этом местечке была сосредоточена в руках старых врачей, против которых Кох был бессилен. Между тем, к Коху переехала жена, которая, вероятно, немало упрекала бедного ученого в отсутствии практики. По крайней мере в письме к своему сановному отцу весной 1869 года она жалуется: «Дела у нас идут невероятно скверно. Мы вынуждены ужасно ограничивать себя и все время думать о том, как бы прожить. Я уговариваю Роберта уехать отсюда, ибо можно получить лучшие места, но Роберт потерял всякую веру и опять думает о том, чтобы уехать заграницу. Прежде, чем Роберт примет окончательное решение, он обязательно должен поговорить с тобой».
В июле 1869 года супруги перекочевали в Раквиц — небольшое местечко в провинции Познани. Сюда же они перевезли вскоре и свою маленькую дочку Гертруду, которая родилась в 1868 году.
Мать Коха писала тогда своему старшему сыну: «В Раквице многие говорят по-польски, там много евреев, там говорят «милостивый государь» и с низким поклоном целуют руку. Эмми (жене Коха) все это очень нравится». Характерно, что и сам Кох научился оценивать население с точки зрения возможности извлечения из него прибыли путем частной практики. Поселившись в Раквице, он писал родителям: «Почти все дома здесь одноэтажные, низкие, покрыты черепицей. Однако население не так бедно и может вполне содержать одного врача». В другом месте он пишет: «Мое нынешнее место мне очень нравится: я уже с самого начала получил недурную практику. В среднем я зарабатываю здесь 3 талера в день. Раквиц имеет 2½ тыс. жителей, да, кроме того, приходят больные из окружающих городков, население их обращается к врачу в Раквице».
Однако эта практика не дешево давалась Коху. Его супруга пишет своему отцу: «У Коха кислое настроение, весь день и даже ночью он занят. Вчера мы думали с ним вечером свободно провести время, предполагали покататься на санках, но не удалось: едва мы собрались, как появилась повозка, чтобы везти его к больному. Только в 10 часов вечера он, вернулся домой, но уж его ждала другая повозка и он вернулся лишь в 3 часа ночи. На другой день в 7 часов утра его вновь повезли, и он еще до сих пор не возвращался. Между тем, у больницы его уже ждет новая повозка».