Между тем 3 января 1918 года Коллонтай обратилась в правительство: "Народный комиссариат государственного призрения, сильно нуждаясь в подходящих помещениях как для престарелых, так равно и для прочих призреваемых, находит необходимым реквизицию Александро-Невской лавры: как помещений, так инвентаря и капиталов". На следующий день это предложение было одобрено.
Наркомату госпризрения потребовалось найти помещение для Дома инвалидов войны. 13–21 января 1918 года Коллонтай, недолго думая, с помощью отряда матросов предприняла попытку реквизировать Александре-Невскую лавру в Петрограде, что спровоцировало массовое сопротивление верующих. Ее встретил колокольный звон, созвавший сотни прихожан, попытавшихся отстоять Лавру. По набату собралась толпа верующих, и реквизицию лавры пришлось отложить. После неудачного захвата лавры в Петрограде состоялся большой крестный ход. Реквизицию лавры пришлось отложить. Наркомату государственного призрения поручили объяснить населению, что Александре- Невская лавра передается Союзу увечных воинов. Убийство протоиерея Петра Скипетрова и другие насилия, совершенные красногвардейцами, стали непосредственной причиной издания патриархом Тихоном 19 января "Воззвания", анафематствовавшего "безумцев". 22 января работавший тогда в Москве Священный собор Православной Российской Церкви одобрил патриаршее воззвание. А в Пскове за эту акцию Александра Михайловна была предана местной анафеме (проклятию). Впрочем, убежденную атеистку Коллонтай это нисколько не взволновало.
Большевики были напуганы массовым протестом верующих. Вопрос о необходимости законодательного урегулирования церковно-государственных отношений стал первоочередным. Александра Коллонтай вспоминала, как Ленин, ругая ее за самоуправство, приговаривал, что пора принимать закон об отделении церкви от государства. Ленинский декрет об отделении церкви от государства был опубликован 21 января (3 февраля) 1918 года и назывался довольно либерально: "Декрет о свободе совести, церковных и религиозных обществах".
Реакция на декрет была острой и бурной, тем более что наступление на церковь велось на фоне продолжавшего работать Поместного собора. Одни справедливо увидели в нем юридическое обоснование гонений на церковь, которая лишалась права юридического лица. Другие наивно надеялись, что принятие закона, пусть и несовершенного, позволит вести цивилизованную полемику с большевиками, не понимая, что последние никакой полемики вести не собирались. Наконец, многие представители либеральной части религиозной общины радовались самому факту отделения церкви от государства, полагая, что она получит возможности для свободного развития, а священники превратятся из чиновников в проповедников, что увеличит доверие народа к церкви.
В листовке, которая появилась на московских улицах вскоре после публикации декрета об отделении церкви от государства, говорилось:
"Народ русский!
Большевики проливают братскую кровь, отдают немцам русскую землю, разоряют города и деревни, уничтожают промышленность и торговлю; разогнали Учредительное собрание, уничтожили суд.
Но всего этого им мало. В октябре и ноябре они разрушили святыни Кремля, а теперь окончательно решили разрушить в России церковь.
Воздайте кесарево — кесарю, а Божье — Богу; сказал Спаситель. А большевики отобрали себе все кесарево и отбирают все Божье. Они решили отобрать церкви, церковное имущество, даже священные предметы.
По их новому декрету церкви не принадлежат более ни крест, ни чаша со Святыми Дарами, ни иконы, ни мощи Святых угодников. Все это принадлежит комиссарам-большевикам, которые сами никакой религии не исповедуют, никаких таинств не признают.
Кесарево — кесарю, поэтому большевистский комиссар г-жа Коллонтай может сколько ей угодно венчаться без церкви, гражданским браком, с матросами, но Божье — Богу, и потому г-жа Коллонтай не имеет никакого права чинить надругательства и захватывать Александро-Невскую лавру, как она это сделала.
Кесарево — кесарю, поэтому Ленин-Ульянов и Троцкий-Бронштейн, возомнив себя кесарями, могут грабить банки, но Божье — Богу, и поэтому они не смеют грабить твоей святыни, русский народ! Не смеют превращать храм в места митингов и кинематографов, не смеют запрещать тебе учить детей в школах Закону Божию. Не Ленину и не Троцкому-Бронштейну хозяйничать в алтаре храма.
Поруганы церкви. Реквизирована лавра. Убит протоиерей. Совершались обыски у самого патриарха, и верующие люди уже просили его назначить себе преемника на случай возможной мученической кончины своей.
Ругаются надо всем святым. Неужели и это позволишь ты сделать? Неужели и тут не заступишься ты, русский народ?!"