На X съезде партии в марте 1921 года Коллонтай страстно убеждала делегатов: "Партия потеряла свое подлинно пролетарское лицо, вырождается в касту бюрократов и карьеристов. Засилие партийного чиновничества видит каждый. Бюрократизм проникает и во все звенья государственного, советского аппарата. Три года назад насчитывалось 231 тысяча чиновников, теперь, после объявленного сокращения, — их 243 тысячи. Что выиграл от революции пролетариат, в интересах которого она и совершалась? Не случайно рабочие массами выходят из партии. Они вступали в СВОЮ партию, теперь они видят, что это не их партия, а партия чиновников и бюрократов… ЦК отсылает инакомыслящих в отдаленные края, чтобы не путались под ногами, чтобы голос их никем не был услышан. Почему ЦК так боится инакомыслия?"
А в исполком Коминтерна она писала: "Рабочие и работницы жестоко разочарованы, потому что все результаты их усилий и жертв оказались напрасными, они стали лишь достоянием оформившегося в касту всемогущего партийного аппарата".
Дыбенко назначили комендантом поверженного Кронштадта. Он радостно писал жене: "Партия снова мне доверяет". Его отпустили сдавать экзамены в академии. "Скупой на письма, — записала Коллонтай в дневнике, — Павел привез их целый пакет. Все ко мне и все не отправлены. В них отражение и его мук. Значит, еще любит? Значит, чувство еще живо? <…> И все-таки мы душевно не слитны, и все-таки, Павел, большой мой ребенок, ты не видишь, не слышишь, не умеешь угадать всей той мучительной работы, что проделала моя душа за эти недели. О, если бы понял! Если б услышал! Как бы тогда стало легко, как полно бы стало наше чувство, как совершенна близость! Но этого нет".
В марте 1921 года во время дискуссии о профсоюзах, развернувшейся после выступления Троцкого, заявившего о необходимости расширения прав профсоюзов, Коллонтай вместе со своим бывшим любовником А.Г. Шляпниковым возглавила "рабочую оппозицию", которая предлагала передать управление всем народным хозяйством всероссийскому съезду производителей, объединенных в профсоюзы, которые она считала высшей формой организации рабочего класса. Программа "рабочей оппозиции" была представлена в выпущенной к X съезду РКП(б) брошюре Коллонтай "Рабочая оппозиция", осужденной в ленинской резолюции "О синдикалистском и анархистском уклоне в нашей партии". Лишь 45 делегатов X съезда партии поддержали "рабочую оппозицию", и почти никто из них не уцелел в огне сталинских чисток.
Несмотря на постановление X съезда партии о единстве партии, Александра Михайловна продолжала защищать идеи "рабочей оппозиции". После последнего предупреждения, вынесенного ей на XI съезде РКП(б) в 1922 году, и окончательной ликвидации "рабочей оппозиции" Коллонтай была вынуждена отказаться от своих взглядов на роль профсоюзов. Резкое ухудшение отношений с Лениным явилось тяжелым ударом для Коллонтай. Но она утверждала, что оппозиция полезна прежде всего потому, что она будит "спячку мысли".
"Рабочие не хотят быть при бюрократах, — записала Коллонтай в дневнике. — За это В.И. обозвал их синдикалистами. И дал указание отправлять строптивых на самые трудные участки, чтобы все недовольство масс обрушилось на них".
Впервые Коминтерн обсуждал разногласия в РКП(б) на своем III конгрессе в июне — июле 1921 года. Она выступила в прениях по докладу Ленина о тактике РКП(б). Александра Михайловна не согласилась с докладчиком, что укрепление диктатуры пролетариата надо вести через союз рабочего класса с крестьянством, а также за счет свободы торговли и оживления капиталистических элементов. Она считала, что укреплять власть Советов нужно прежде всего путем раскрытия еще не полностью исчерпанных возможностей рабочего класса. Коллонтай назвала наметившиеся в русской Компартии тенденции архибюрократическими, представляющими "смертельную опасность для революции, которая теряет свою главную опору — рабочих". Она призывала указать русским товарищам "от имени коммунистов всех стран" на их "ошибки" и "возродить в партии дух свободных и открытых дискуссий, допускающих полную свободу выражения мнений и право на инакомыслие".