Коллонтай заступалась за Марию Спиридонову — легендарного вождя левых эсеров. Ходила к Дзержинскому и Каменеву. Записала в дневнике: "На днях ездила хлопотать о Марии Спиридоновой. Была у Дзержинского, Якова Михайловича (Свердлова) и Каменева. Каменев признал, что ее держали в ужасных условиях (в караульном помещении, в холоде. Уборная общая с солдатами). Дзержинский сказал, что ее перевели в Кремль. В больницу… Победа!… Да все ли сознательные враги? Ведь еще много, что можно "отсеять" и включить в наш же, большевистский улов!.. И об зсеровках, которых арестовали, а их дети — малыши — одни остались в квартире. И все боятся к ним пойти — думают, засада…"
По дороге в Царицын Дыбенко заскочил в Москву. Они с Коллонтай получили новую квартиру в три комнаты. В одной жили Шура и Павел, в другой Миша, работавший на строительстве электростанции в подмосковной Шатуре, в третьей Мария Ипатьевна, ставшая секретаршей Коллонтай.
В сентябре 1919 года ЦК образовал по всей стране женотделы — подразделения партийных комитетов по работе среди работниц и крестьянок (вместо комиссий но пропаганде и агитации среди женщин). Коллонтай была инициатором создания и заведующей с 1920 года женотделом ЦК РКП(б) (до этого она работала заместителем Инессы Арманд). Целью этого учреждения была борьба за уравнение в правах женщин и мужчин, борьба с неграмотностью среди женского населения, информирование о новых условиях труда и организации семьи. Женотдел просуществовал до 1930 года. Одновременно с руководством женотдела Коллонтай читала лекции в Свердловском университете и работала в секциях Коминтерна, где была заместителем руководителя женской секции. Чуть ли не ежедневно Александра Михайловна читала лекции о вреде проституции. Рассказывала о свободной любви, не стесненной ни узами брака, ни оковами постылой буржуазной морали.
"У Ленина глаза были карие, в них всегда скользила мысль, — вспоминала Александра Михайловна. — Часто играл лукавонасмешливый огонек. Казалось, что он читает твою мысль, что от него ничего не скроешь. Но "ласковыми" глаза Ленина я не видела, даже когда он смеялся".
Чувствуется, что у не не было безоглядного восторга перед вождем, как у многих других коммунистов.
Осенью 1919 года в Петрограде, к которому подходила белая Северо-Западная армия генерала Н.Н. Юденича, в качестве заложника был арестова Саткевич. Это известие убило Александру. "Хожу с камнем на сердце, ни о чем другом не в состоянии думать", — призналась она и дневнике. Она обратилась к Ленину, и тот пошел ей навстречу, приказав освободить генерала.
После конференции женщин-работниц Коллонтай свалилась с тяжелым воспалением почек. Александра Михайловна писала скульптору Марии Николаевне Кисляковой, с которой познакомилась в Швейцарии в 1909 году: "В сентябре обосновалась в Москве. Но с ноября я расхворалась, и очень серьезно. Лежу уже три месяца. У меня воспаление почек (уремия) и воспаление легкого. Сейчас дело идет на поправку…" Организм победил болезнь, но хронический нефрит у нее остался на всю жизнь и еще спровоцировал гипертоническую болезнь,
Превозмогая боль, Коллонтай читала и писала. Она отмечала в дневнике: "Попалась старая книга о мадам де Сталь и Наполеоне. Она его считала узурпаторов, но он не был узурпатором, а внешнее соотношение сил и победоносная буржуазия сделали из него фетиш и превратили в тирана. Meста для Бебефа и Геберов не осталось, или их время еще не пришло. Мысли Вольтера и Руссо, все их идеалы о свободе и равенстве уложили в четко сформулированный кодекс Наполеона".
Пока она болела, Дыбенко писал ей; "Шура, Голуб милый нежный любимый несколько слов нишу под звуки боя в 8 верстах от Царицына. Я разгромил царицинский фронт противника, взят в плен гренадерский полк целиком. Я потерял в бою почти весь командный состав. Жажду видеть моего мальчугашку и сжат его в своих объятиях". И сразу же вслед: "<…> Невообразимая тоска обхватила меня. Кипит работа, но все это тоска, кроме моего мальчугашки. <…> Ты единственное достойное существо, тобою наполнены все мои фибры. <…> Многим женщинам хотелось бы занят твое место, но нет на них времени, даже на письма его нет <…>. Она с горечью отшутилась в ответном письме, посоветовав все же найти время: не на письма — на женщин. Последовал телеграфный отклик: "Вечно твой Павел жаждет отдохнуть на Кавказе под крылышком Голубя и в объятиях мальчугашки".
В мае 1920 года Дыбенко и Коллонтай получили короткий отпуск и встретились в правительственном санатории Кисловодска. Павел воевал поблизости, командуя Кавказской кавалерийской дивизией. Но вскоре ему пришлось прервать отпуск и отправиться воевать против вырвавшегося из Крыма Врангеля.