По инициативе Александры Михайловны Мише с женой разрешили приехать в Стокгольм. Он стал представителем "Станкоимпорта" и "Машиноимпорта" в Швеции и получил должность инженера торгпредства. В октябре 1940 года резидентом внешней разведки НКВД в Швеции в должности советника был назначен полковник Иван Андреевич Чичаев. Они с Коллонтай друг друга невзлюбили. Александра Михайловна считала Ивана Андреевича (вряд ли справедливо) неучем, бездарью и выскочкой. Коллонтай раздражало то, что Чичаев, формально подчиненный ей, фактически ни в чем ей не подчиняется.
В марте 1941 года Коллонтай со ссылкой на только что вернувшегося из Берлина шведского дипломата Гуннара Хэгглофа сообщила в Москву, что Гитлер собирается напасть на Советский Союз в начале лета. 19 июня 1941 года на Коллонтай поступил донос, два главных пункта которого сводились к следующему: "1)…окружила себя шведской обслугой, не считая советских граждан достойными угождать ее прихотям, убеждена, что советский технический персонал работает хуже, чем шведский, и 2)…поселила в здании миссии сына с невесткой". Молотов наложил резолюцию: "Надо о товарище Коллонтай подумать. Кстати, почему ее сын с семьей находится там?" Начавшаяся через три дня спустя война сняла этот вопрос.
После начала Великой Отечественной войны с Германией Коллонтай записала в дневнике: "Тяжесть на душе большая. От всего, вместе взятого. От той тяжелой, ответственной работы, которая пала на меня здесь. А за последнее время и от тех "инцидентов", какие имели место в связи с дилетантизмом моих сотрудников в серьезнейшей отрасли нашей работы. И от того несозвучия, более — той враждебности, какая установилась между мной и одним из сотрудников. Это нервирует, это отвлекает, это подрывает мои силы и сердит, так как тормозит мою работу вовне, большую, ответственную сейчас и очень тонкую.
Я бы лучше справлялась, больше делала, если бы меня не отвлекали, не брали мое время и силы эти ненормальные отношения и интриги за моей спиной.
<…> Мне сейчас неимоверно трудно. Но "вовне" справляюсь вполне удовлетворительно. Расту и учусь на крайне сложной задаче: борьба с немцами за то, чтобы Швеция не была втянута в войну".
Вскоре после начала войны Чичаев был отозван. В качестве советника ему на смену прибыл Владимир Семенов, который, в отличие от предшественника, не был резидентом НКВД. Его Коллонтай не знала. В качестве резидента НКВД и второго секретаря полпредства прибыл хорошо знакомый Александре Михайловне "Ярцев" (Борис Рыбкин) вместе с супругой Зоей Ивановной Рыбкиной, представителем Интуриста. Впоследствии она стала известной писательницей Зоей Воскресенской. Коллонтай предложила ей сменить свою нелепую должность на пресс-секретаря посольства. Иначе бы шведские газеты вдоволь над ней поиздевались. Ведь ни советских туристов в Швеции, ни шведских в СССР в условиях войны не было вообще и до конца войны не предвиделось.
Коллонтай знакомила нового пресс-атташе со своими приятелями из шведского высшего общества. Прибыл и новый шифровальщик Владимир Петров (Афанасий Шорохов), занимавшийся также нелегальной работой, а через два года после смерти Коллонтай, уже в Австралии, ставший знаменитым перебежчиком.
Коллонтай писала в дневнике: "Война — неимоверная. Жуткая. Кровавая. Какой еще не бывало. И это лишь преддверие — впереди перерастание этой войны стран и держав в войну гражданскую. <…> Моя любимая, горячо любимая Норвегия! Как ее топчут нацисты! И как норвежцы упорны в своем сопротивлении! <…> Но это вступление в новую эпоху человечества. Это подготовка социальной революции. Где, как будет переход? По существу, <…> восстание против системы капитализма с ее высшим политическим выражением — нацизмом — уже началось. <…> Буржуазия во всех странах еще не ухватила, что происходит. Она боится "большевизма", и две самые могущественные страны — Америка и Англия — вынуждены помогать Советскому Союзу. Вынуждены укреплять тот строй, то мировоззрение, которое таит в себе их гибель.
Война — ужасна. Чудовищна. И все же… Я вижу ее превращение — неизбежное — в социалистическую революцию. Через это надо пройти человечеству.
Интеллигенты здесь часто вопрошают меня: "Как, чем окончится война?" Они мыслят себе "мирную конференцию", может быть, даже в Стокгольме. Ничего подобного! <…> И в Германии, и в Англии, и повсюду уже идет брожение. <…> Начавшееся народно-национальное движение перерастает неизбежно в классовое.
Рабочие, крестьянская беднота, малоимущие классы, передовая интеллигенция не удовлетворятся борьбой с завоевателем, с немцами. Они захотят "сами" решать свою судьбу. Не оставлять ее в руках Штрассеров, Рузвельтов, Бенешей и Черчиллей. Новые люди возглавят движение. Как у нас в 17-м году.