Конечно, обвинения против Дыбенко были липовыми. Но думал ли он в тот момент, что столь же нелепыми были обвинения против маршала Тухачевского и других военачальников? А ведь Дыбенко вел себя на том процессе очень активно, яростно обличал недавних сослуживцев, нисколько не сомневаясь, что подсудимые — враги и немецкие шпионы. Теперь в роли обвиняемого оказался он сам и столкнулся с тем, что никто не желал верить в его невиновность.
Пытаясь спастись и надеясь оправдаться, Дыбенко написал вождю:
«Дорогой тов. Сталин!
Решением Политбюро и Правительства я как бы являюсь врагом нашей родины и партии. Я живой, изолированный в политическом отношении, труп. Но почему, за что?
Разве я знал, что эти американцы, прибывшие в Среднюю Азию с официальным правительственным заданием, с официальными представителями НКИД и ОГПУ, являются специальными разведчиками. На пути до Самарканда я не был ни одной секунды наедине с американцами. Ведь я американским языком не владею.
О провокаторском заявлении Керенского и помещенной в белогвардейской прессе заметке о том, что я якобы являюсь немецким агентом. Так неужели через двадцать лет честной, преданной Родине и партии работы белогвардеец Керенский своим провокаторством мог отомстить мне? Это же ведь просто чудовищно.
Две записки, имеющиеся у тов. Ежова, написанные служащими гостиницы «Националь», содержат известную долю правды, которая заключается в том, что я иногда, когда приходили знакомые ко мне в гостиницу, позволял вместе с ними выпить.
Но никаких пьянок не было.
Я якобы выбирал номера рядом с представителями посольств? Это одна и та же плеяда чудовищных провокаций…
У меня были кулацкие настроения в отношении колхозного строительства. Это чушь…
Я понимаю, что я не буду возвращен в армию, но я прошу, и я на это имею право, дать мне возможность остаток моей жизни отдать целиком и полностью делу строительства социализма в нашей стране, быть до конца преданным солдатом ленинско-сталинской партии и нашей Родины.
Тов. Сталин, я умоляю Вас дорасследовать целый ряд фактов дополнительно и снять с меня позорное пятно, которое я не заслуживаю».
Вождь равнодушно переправил письмо наркому Ворошилову. Участь Дыбенко уже была решена.
Девятнадцатого февраля 1938 года Павла Ефимовича вызвали в Москву.
Его вдова, Зинаида Викторовна, рассказывала много лет спустя, что, когда Дыбенко собирался на вокзал, ему машину не дали и никто из недавних подчиненных или знакомых не пришел его провожать. Они приехали на вокзал вдвоем. Он поставил чемоданчик в купе. С женой вышли в тамбур — постоять последние минуты. Поезд тронулся, она спрыгнула уже на ходу и еще шла по перрону, провожая. Думала, что они больше не увидятся.
Но он вернулся, рассказал, что ему предъявлены серьезные обвинения — в потере революционной бдительности, разглашении военной и государственной тайны, что его уволили из рядов вооруженных сил, но назначили заместителем наркома лесной промышленности СССР. Он немного воспрянул духом, надеясь, что худшее позади, поехал в командировку на Урал. Из Свердловска прислал жене телеграмму: «Доехал благополучно. Подробно напишу письмом».
В Перми его арестовали и этапировали назад, в Москву. Назначение в Наркомат лесной промышленности и командировка были все тем же испытанным способом оторвать командарма 2-го ранга от боевых товарищей — на всякий случай. Следствие шло пять месяцев. Бывшего наркома избивали. Заставили подписать показания о том, что он еще в 1915 году стал агентом царской охранки и выдавал революционных матросов.
В обвинительном заключении говорилось:
«В 1918 году Дыбенко, будучи послан ЦК КП(б)У на подпольную работу в Крым, при аресте его белогвардейцами выдал подпольный большевистский комитет и затем был завербован германскими оккупантами для шпионской работы. С 1918 года и до момента ареста в 1938 году Дыбенко проводил шпионскую, а затем и пораженческую деятельность по заданию германской разведки…
С 1926 года Дыбенко устанавливает связь с правыми в лице Егорова А. И., бывшего тогда командующим Белорусским военным округом, Левандовским — командующим Кавказской армией и другими и, начиная с 1929 года, входит в руководство организации правых в РККА, связанной с Рыковым, Бубновым, Томским и другими руководителями правых…»
Поскольку Дыбенко ездил в Германию на маневры рейхсвера, последовало стандартное обвинение: «По заданию германской разведки и руководства военной организации правых Дыбенко проводил подрывную вредительскую деятельность в боевой подготовке, военном строительстве, укрепрайонах и т. д. Наряду с этим он передавал систематически германской разведке шпионские материалы о Средне-Азиатском, Приволжском и Ленинградском округах, которыми он командовал…»
Военная коллегия Верховного суда рассматривала его дело 29 июня 1939 года. Председательствовал армвоенюрист (высшее звание для военного юриста) Василий Васильевич Ульрих. Дыбенко задали вопрос, признает ли он себя виновным. В протоколе суда записано, что он признал свою вину…