На крейсере, один за другим, возникали пожары, успешно ликвидируемые под руководством мичмана Черниловского-Сокола, на котором осколками был изорван мундир. Особенно серьезным оказался крупный пожар, охвативший деревянный настил палубы и вельбот вблизи снарядов, но и его удалось своевременно потушить. Были приведены в негодность 6" орудия №№ 8 и 9, 75 м/м орудия №№ 21, 22, 28 и при этом убиты комендоры Даниил Кочубей, Степан Капралов, Мартемион Островский, Андрей Трофимов, Петр Муханов, матросы Карл Спруге, Федор Хохлов, Кирилл Иванов. Многие были ранены.
На верхней палубе «Варяга» царил ад, как потом вспоминали участники боя. Люди скользили в потоках крови, заливавших палубу и стекавших в шпигаты. Нельзя было в ужасающем грохоте услышать человеческий голос. Все оглохли от взрывов снарядов и стрельбы своей артиллерии. Но никто не проявлял ни тени растерянности, никто не молил о помощи. Все сурово, сосредоточенно, спокойно выполняли свой воинский долг.
Отказ от медицинской помощи продолжавших свое дело раненых наиболее ярко характеризует экипаж «Варяга». В лазарет уносили уже совершенно обессилевших или находившихся без сознания. Матросы делали перевязки друг другу.
Взаимная помощь и выручка облегчали участь моряков в бою. Уроки Руднева, всегда говорившего о силе товарищества, не пропали даром.
Матросы заменяли выбывших из строя, проявляли инициативу, не ожидая распоряжений. Экипаж действовал подобно хорошо выверенному механизму. И здесь также сказались организаторские способности Руднева, умевшего пробудить таящиеся в глубине души лучшие качества людей.
И в эти тяжелые минуты были радостные мгновения! Вот сильный взрыв под кормовым мостиком крейсера «Асама», вызвавший большой пожар, заставил замолчать его орудийную башню. Убит командир вражеского крейсера. И гордость японской эскадры «Асама» выходит из боя. Огонь «Варяга» переносится на другие вражеские корабли. «Такачихо», «Нанива» и «Чиода» также получают значительные повреждения. На них то и дело вспыхивают пожары. «Такачихо», дав значительный крен, весь окутанный дымом, тоже покидает строй…
Поединок русского корабля с вражеской эскадрой продолжался с неослабевающим упорством. Многие орудия на «Варяге» уже молчали. Артиллеристы на верхней палубе собственной кровью и жизнью расплачивались за крупные конструктивные недостатки артиллерийских установок. Орудийная прислуга получала тяжелые ранения в затылок и спину, так как не была защищена сзади.
Один из снарядов почти снес боевой грот-марс и уничтожил дальномерный пост № 2. Это лишило корабль возможности вести определение расстояний, и комендоры стали самостоятельно брать прицел по объектам.
Подбито еще несколько орудий. Около них убиты матросы Михаил Авраменко, Кирилл Зрелов, Дмитрий Артасов и другие. Возникает пожар в рундуках броневой палубы, быстро потушенный усилиями экипажа. Участившиеся попадания вражеских снарядов заставляют Руднева спуститься в проход боевой рубки, чтобы быть ближе к управлению кораблем. Командирский мостик, ходовая рубка превращены в бесформенную груду металла.
Руднев, стоя за боевой рубкой, отдавал приказания находившимся в ней офицерам. Разорвавшийся снаряд перебил трубопровод с рулевым приводом. Пришлось перейти на ручное управление. Почти одновременно разорвался снаряд у фок-мачты на полубаке. Осколками засыпало проход с кормовой стороны боевой рубки, где находился Руднев. Рубка была сравнительно неплохо защищена от осколков, но ее задняя сторона вместо броневой двери прикрывалась лишь броневым козырьком-щитом, образуя проход между рубкой и щитом. Поэтому осколки свободно проникли от этого разорвавшегося снаряда не только в проход, но и в рубку.
Рядом с Рудневым стояли штаб-горнист Николай Нагль и барабанщик Донат Кореев. Их убило наповал. Рулевого старшину Снегирева ранило в спину, но он никому об этом не сказал и оставался до конца боя на посту. Находившийся здесь же, в проходе, ординарец командира квартирмейстер Тихон Прокофьевич Чибисов оказался раненым в обе руки. Руднев велел ему немедленно отправляться на перевязку, но тот, зажимая раны платком, чтобы остановить кровь, отказался.
— Пока жив, не покину командира! — проговорил Чибисов, прямо глядя в лицо Руднева. Это был первый и единственный случай невыполнения его приказания.
Сам Руднев был ранен и контужен в голову.
Этот же снаряд разбил орудие № 35 и убил комендора Дмитрия Шарапова, матросов Михаила Кабанова и Федора Эдравица. Выяснилось также, что один из снарядов, взорвавшись внутри корабля, разрушил паропровод к рулевой машине. Полный выход из строя рулевого управления (в 12 часов 15 минут) оказался наиболее тяжелым для «Варяга». В это время крейсер подвергался особенно интенсивному обстрелу.