Ночью 29 октября, в самое напряженное время организации обороны, в Петрограде вспыхнул мятеж юнкеров. Руководимые контрреволюционным «Комитетом спасения родины и революции», юнкера захватили телефонную станцию, телеграф, банк и другие учреждения. В. И. Ленин, Ф. Э. Дзержинский, Я. М. Свердлов, Н. И. Подвойский и другие работники ЦК, ВРК и Военной организации предприняли энергичные меры, чтобы за несколько ночных и утренних часов сформировать и вооружить отряды рабочих. Эти отряды под командованием активистов «Военки» к середине дня подавили мятеж, разоружили юнкеров, взяли под контроль все военные училища.
На следующий день красновцы нанесли удар по центру фронта — Пулковским высотам, но взять их не смогли. Фронт замер. Н. И. Подвойский, Н. В. Крыленко, К. А. Мехоношин пришли к выводу, что силы красновцев иссякли, и решили бросить резерв — шесть столичных полков.
31 октября пришла весть о начале контрнаступления революционных войск, о взятии ими Царского Села. Получив ее, Н. И. Подвойский без сил опустился на стул. Делегат 2-го Всероссийского съезда Советов Я. Р. Елькович, видевший Николая Ильича в те дни, писал: «Достаточно поглядеть на его посеревшее от безумной усталости лицо, на его покрасневшие от многих бессонных ночей глаза, чтобы понять: обычный предел человеческих сил, самой высокой человеческой выносливости уже пройден. Кажется, стоит только ему на минуту прислониться к стене, и он мгновенно уснет. Но нет, Великий Октябрь уже в процессе подготовки вооруженного восстания перечеркнул все обычные человеческие пределы».
С началом наступления напряженность работы Н. И. Подвойского по разгрому войск Керенского — Краснова несколько спала, и он взялся за упорядочение работы ВРК, ставшего после съезда Советов исполнительным органом ВЦИК и СНК. Он понимал, что, пока народные комиссариаты сформируются, преодолеют саботаж чиновников и наберут силы, Военно революционному комитету придется выполнять многие их функции. По просьбе Н. И. Подвойского ВЦИК пополнил ВРК опытными партийными работниками, такими, как В. А. Аванесов, Ф. И. Голощекин, Я. X. Петерс и другие. Секретариат ВРК возглавил видный деятель партии С. И. Гусев. Большую помощь ему оказывала Нина Августовна, чьей рукой записаны многие протоколы. В самом ВРК были сформированы штаб и восемь специализированных отделов.
1 ноября революционные части взяли Гатчину. Распропагандированные большевистскими агитаторами и деморализованные неудачами казаки арестовали своего командующего генерала Краснова.
Потерпев поражение в открытой вооруженной схватке, буржуазия применила новые формы борьбы. Н. И. Подвойский, выполняя задания В. И. Ленина, ЦК, СНК, направил усилия Военно-революционного комитета на борьбу с инспирированными буржуазией в Петрограде голодом, пьяными погромами, спекуляцией и злостным саботажем чиновников. Но главной для Николая Ильича оставалась военная работа.
23 ноября СНК образовал коллегию Народного комиссариата по военным делам, поставив ее председателем Н. И. Подвойского. С этого дня он возглавил наркомат. Предстояло быстро осуществить слом старой и создание новой армии.
Задана слома старой армии в условиях России 1917 года оказалась весьма сложной. Страна находилась в состоянии войны с Германией и ее союзниками. Ликвидация старой армии немедленно открыла бы фронт. В. И. Ленин, военные работники партии выработали план, который позволил в процессе слома временно использовать старую армию для прикрытия фронта. План заключался в быстрой и решительной демократизации армии, разрушении контрреволюционных органов военного управления, постепенной демобилизации и окончательном роспуске старой армии.
Демократизация армии была начата сразу после Февральской революции, но широко развернулась после победы Октябрьского вооруженного восстания. 2-й Всероссийский съезд Советов постановил образовать в армии революционные комитеты и подчинить им командиров всех степеней. Военно-революционный комитет призвал революционных солдат бдительно следить за поведением командного состава, арестовывать тех, кто открыто не присоединился к Советской власти.
17 декабря за подписью В. И. Ленина, Н. И. Подвойского, Н. В. Крыленко были опубликованы декреты СНК: «Об уравнении всех военнослужащих в правах», «О выборном начале и об организации власти в армии». Декретами упразднялись воинские чины, все военнослужащие уравнивались в правах, вводилась выборность командного состава до главкома включительно.
Главком Н. В. Крыленко, опираясь на военные организации большевиков, насчитывавшие около 60 тысяч человек, возглавил работу по решительной и быстрой демократизации частей и соединений действующей армии и тыла.
К концу года демократизация старой армии была завершена. «…Старая армия, — говорил В. И. Ленин, — армия казарменной муштровки… отошла в прошлое… Полная демократизация армии произведена».
Одновременно с этим пришлось еще до заключения мира решать вопрос о демобилизации. Солдаты рвались в деревню, где решался вековой вопрос о земле. Нависла угроза бегства армии.