Как и предполагал Николай Ильич, в первые месяцы своей деятельности Высшая Военная Инспекция стала не столько органом инспектирования, сколько органом строительства Красной Армии. Ни в одном городе, где побывала ВВИ, декреты о создании военкоматов и переформировании местных отрядов Красной Армии в штатные батальоны и полки не выполнялись в должной мере. Всюду еще действовали военные отряды Советов. Разношерстные, одетые и вооруженные кое-как отряды, гордо именовавшие себя, например, «Курская Красная Армия», не признавали военных специалистов, командиров, а подчас и не подчинялись никому, даже сформировавшей их местной власти. Поэтому с самого начала Н. И. Подвойский твердо установил, что главная задача ВВИ — не фиксирование недостатков, а их устранение с помощью работников инспекции. ВВИ уезжала из города только тогда, когда работа в нем приводилась в соответствии с требованиями апрельских декретов ВЦИК и СНК, когда все назначения и перемещения должностных лиц были произведены.
Обычно порядок работы ВВИ был такой. Приезжая в тот или иной город, работники инспекции в течение двух-трех часов знакомились с постановкой военной работы, состоянием отрядов и частей. Опытным военным специалистам было вполне достаточно этого времени, чтобы наметанным глазом определить реальное положение дел. Они тут же составляли Н. И. Подвойскому предварительный доклад. Сам он в это время изучал работу губкома и губсовета. Ознакомившись с докладом инспекторов, он проводил совместное совещание ВВИ и местных ответственных работников и на самых свежих, неопровержимых фактах показывал состояние военной работы, ставил задачи по ее налаживанию. Затем сутки, двое, трое, без сна и отдыха шла не просто напряженная, а лихорадочная совместная работа по преодолению имевшихся неполадок. Николай Ильич шел в казармы, штабы, на заводы, участвовал в работе губпартконференций, пленумов, если таковые случались или созывались по его требованию. Он с присущей ему страстью разносил местничество, консерватизм, медлительность, разъяснял политику партии в области советского и военного строительства, добивался принятия местными органами соответствующих резолюций и помогал организовывать их выполнение. Почти везде в Советах ему противодействовали эсеры и меньшевики. В Рязани, например, ему пришлось «скрестить шпаги» с одним из лидеров партии левых эсеров Спиридоновой, приехавшей на губернский съезд Советов. Но и здесь Николай Ильич добился принятия большевистских резолюций.
Выполнив всю необходимую работу, инспекция покидала город. Работники инспекции отсыпались и штопали потертые гимнастерки только во время переезда из одного города в другой. Почти не давали себе отдыха лишь комендант поезда балтийский матрос И. Приходько, отвечавший за его охрану, да председатель ВВП. Николай Ильич анализировал и обобщал ход военного строительства, писал статьи, составлял доклады В. И. Ленину, ЦК, ВЦИК, Совнаркому. Подвойский обрисовал в них все как есть, без прикрас, предлагал, настаивал, требовал принять те или другие меры.
В конце мая, когда ВВИ работала в районе Саратова — Сызрани, вспыхнул мятеж белочехов, к которому примкнула внутренняя контрреволюция. Н. И. Подвойский со всем составом ВВИ сразу же выехал в район мятежа. С разрешения Советского правительства Николай Ильич взял на себя функции командующего фронтом, штабом которого стал аппарат ВВИ. Около месяца, до конца июня, спешно формируемые красноармейские части под руководством Подвойского сдерживали врага в районе Челябинска — Златоуста — Уфы.
13 июня 1918 года В. И. Ленин подписал приказ об образовании РВС Восточного фронта, взявшего на себя управление войсками, ведущими борьбу против белочехов. Н. И. Подвойский с ВВИ был отозван в Москву, где V Всероссийский съезд Советов должен был рассмотреть принципиальные вопросы дальнейшего военного строительства.
Прибыв из Уфы в Москву, Н. И. Подвойский попал, как говорится, из огня да в полымя. Во время работы V Всероссийского съезда Советов, 6 июля, в столице вспыхнул мятеж левых эсеров, рассчитывавших одним ударом обезглавить Советскую власть. Им удалось арестовать Ф. Э. Дзержинского, захватить Центральный телеграф.
Общее руководство борьбой с мятежниками сразу же взяли в свои руки В. И. Ленин и Я. М. Свердлов. Организация военного подавления мятежа была поручена Н. И. Подвойскому. Действия Н. И. Подвойского и помогавшего ему командира латышской дивизии Н. И. Вацетиса были решительными и четкими. Ночью логово мятежников было окружено, а утром 7 июля взято штурмом.
Съезд продолжил работу. Он принял важные решения по строительству централизованной дисциплинированной армии. В них, по сути, была одобрена многогранная и многотрудная деятельность ВВИ и ее председателя. «Период случайных формирований, произвольных отрядов… должен быть оставлен позади», — говорилось в резолюции съезда о Красной Армии.