Сразу после съезда по заданию В. И. Ленина Н. И. Подвойский с пополненным аппаратом ВВИ выехал на Западный и Южный фронты, где вновь в полной мере проявился его организаторский талант и поразительная работоспособность. Летом на Южном фронте, под Поворином, когда создалась угроза прорыва белоказачьих частей к Волге, ему снова пришлось выполнять функции командующего, а аппарату ВВИ — функции боевого штаба.
Николай Ильич проявлял себя не только как умелый и энергичный организатор, но и как аналитик. Работа с ВВИ в самой гуще событий давала ему обширный материал, в результате анализа которого он внес в ЦК, СНК и Наркомвоен много ценных предложений по совершенствованию военной организации Советского государства. Так, он был одним из инициаторов создания единого органа руководства оперативной деятельностью войск — Реввоенсовета республики; создания службы тыла и снабжения Красной Армии; организации глубокой политической и военной разведки в тылу противника; объединения многочисленных воинских частей, находившихся в подчинении разных ведомств, в ведении Народного комиссариата по военным делам и т. д.
Но комиссарский характер, комиссарская душа Н. И. Подвойского ярче всего проявились в налаживании в Красной Армии партийно-политической, воспитательной работы. Для него, бойца ленинской гвардии, было характерно сочетание, слияние качеств организатора и страстного агитатора, воспитателя масс.
Успешное решение вопросов строительства Красной Армии, считал В. И. Ленин, возможно лишь при условии руководства вооруженными силами Коммунистической партией. В непосредственную работу по созданию армейского партполитаппарата Н. И. Подвойский включился в январе 1918 года, когда в составе Всероссийской коллегии по формированию Красной Армии был образован организационно-агитационный отдел. Его принято считать первым политическим органом в Советских Вооруженных Силах. В Высшей Военной Инспекции Николай Ильич сформировал политическую секцию, в которой трудились известные работники Коммунистической партии В. Ф. Горин-Галкин, С. С. Данилов и другие. Секция не только инспектировала, но и организовывала партийно-политическую работу в частях и среди местного населения. В Рязани, Орле, Брянске, Курске, Тамбове и других городах, где побывала ВВИ, по приказу Н. И. Подвойского были созданы солдатские клубы и библиотеки. Были введены обязательные ежедневные политические занятия с солдатами. Отрывая время от своего короткого отдыха, Николай Ильич разработал программу политзанятий и написал учебник, получивший одобрение ВЦИК.
Николай Ильич на всех этапах гражданской войны делал все возможное для активизации армейских партийных организаций. Крестьянство, особенно бывшие солдаты, писал Н. И. Подвойский, влившись в Красную Армию, принесли «болезни» старой армии, в том числе «ненависть к командному составу, к дисциплине, к планомерной учебе». Вести наиболее эффективную борьбу с этими «болезнями», по мнению Н. И. Подвойского, могли только партийные организации, особенно ротные ячейки.
Неоценимой заслугой ВВИ и ее председателя является то, что во время борьбы с белочехами на Северо-Урало-Сибирском фронте был создан первый в Советских Вооруженных Силах Политотдел. Политотделы и до сегодняшнего дня являются руководящими органами КПСС в Советских Вооруженных Силах.
Николай Ильич с первых дней Советской власти по поручению В. И. Ленина и ЦК вместе с руководителями партии занимался подбором и расстановкой политических комиссаров. Он внес значительный вклад в налаживание агитационно-пропагандистской работы в Красной Армии. При этом он неизменно руководствовался указаниями В. И. Ленина, который требовал не считаться ни с какими затратами для пропаганды и агитации. Н. И. Подвойский приравнивал пропаганду и агитацию к оружию. Особенно настойчиво он организовывал ее на фронте. «Что надо знать солдату… когда он направляется на поле битвы? — писал Николай Ильич. — Прежде всего ему необходимо знать, что делается во всем мире и, во-вторых, из-за чего происходит настоящая война, в-третьих, что будет в результате этой войны». Летом 1918 года, приехав на Южный фронт и ознакомившись с положением дел, он прежде всего запросил 400 агитаторов у ЦК и 300 коммунистов у петроградской партийной организации.
Н. И. Подвойский широко применял разнообразные формы работы: собрания, листовки, торжественно-траурные митинги при похоронах павших бойцов, посещение раненых в госпиталях и другие. Николай Ильич был чрезвычайно находчив в применении форм агитации. В 1919 году в Киеве под влиянием левых эсеров взбунтовался красноармейский полк, заявивший, что руководители Советской власти морят их голодом, а сами питаются, как буржуи. Николай Ильич тут же взял девятилетнего сына Льва и приехал в полк. Он поднялся на возвышение и молча встал перед взбудораженной толпой — высокий, до чрезвычайности худой, с изможденным лицом. Рядом поставил бледненького, худенького босоногого сына. Появление безоружного и без охраны наркома сразу ошарашило толпу.