Ярким творческим начинанием Н. И. Подвойского в 20-е годы являлась его работа по развертыванию массового физкультурного движения в стране. Он в полной мере осознавал политическое и оборонное значение приобщения освобожденных рабоче-крестьянских масс к физической культуре, влияние массовых спортивно-оздоровительных мероприятий на экономику страны, а также их значение для укрепления здоровья населения. По предложению И. И. Подвойского, активно поддержанному В. И. Лениным, в 1920 году при Всевобуче был создан Высший совет физической культуры (ВСФК). Его председателем стал Николай Ильич. Вскоре советы физической культуры были созданы при окружных управлениях Всевобуча. В них стараниями Николая Ильича были переведены из Красной Армии квалифицированные спортсмены. В Москве, Петрограде и других городах были созданы школы инструкторов спорта. В короткий срок при активной поддержке ЦК РКСМ, при широком участии комсомольцев и молодежи были построены тысячи спортивных площадок и стадионов, созданы сотни спортивных кружков и десятки клубов. В Москве по инициативе Николая Ильича началась расчистка площадки и подготовка к строительству Красного стадиона на Воробьевых горах.
При содействии III конгресса Коминтерна, работавшего в Москве летом 1921 года, Н. И. Подвойский добился учреждения Красного Спортивного Интернационала (Спортинтерна) и, конечно, как инициатор, стал его председателем. Спортинтерн объединил спортивные организации нашей страны, а также рабочие спортивные общества Германии, Франции, Италии, Чехословакии и других стран. Он внес определенный вклад в укрепление интернациональных связей пролетариата, в усиление борьбы с фашистской опасностью.
Развивая физкультурное движение в стране, Николай Ильич придавал первостепенное значение военно-прикладным видам спорта, а также «массовым действам» — групповым гимнастическим упражнениям. Николай Ильич называл массовое физкультурное движение «смычкой с солнцем». У Воробьевых гор, которые по предложению Н. И. Подвойского стали называться Ленинскими горами, уже обозначились контуры будущего стадиона. На его расчищенной площадке проводились спортивные состязания и массовые гуляния молодежи.
В те же годы Н. И. Подвойский возглавлял отдел Красной Армии Истпарта. Там он разработал проект крупнейшего издания из 5 выпусков общим объемом в 3 тысячи страниц под названием «Красная Армия и Красный Флот в гражданской и революционной войнах Советской России. 1917–1920 гг.». Авторами должны были выступить все известные военные работники партии и полководцы гражданской войны. Николай Ильич делал все возможное для того, чтобы эти народные герои, пока их память сохраняет еще события, пока они живы, написали подробные мемуары. Благодаря его настойчивости многие из предполагаемых авторов опубликовали свои воспоминания. Но целиком осуществить этот грандиозный замысел Н. И. Подвойскому не удалось.
Двадцать лет работы без отпусков и выходных, подполье и тюрьмы не прошли бесследно. Николая Ильича свалил сильнейший приступ грудной жабы, как тогда называли инфаркт.
Прямая работа Н. И. Подвойского в Красной Армии закончилась. В дни празднования пятилетия РККА за заслуги в строительстве Красной Армии Николай Ильич был награжден орденом Красного Знамени. До конца дней он высоко ценил этот единственный свой орден.
В январе 1924 года партию, весь советский народ постигло огромное горе — умер Владимир Ильич Ленин. Для Николая Ильича это было и личное горе — так глубоко и трогательно любил он В. И. Ленина. Потрясенный, шел он в группе старых большевиков, сопровождавших гроб с телом В. И. Ленина от Горок до станции и в траурном поезде — до Москвы. Не удержал слез закаленный боец, когда в Колонном зале хор швейников тихо запел прощальную песню «Не плачьте».
Тема В. И. Ленина стала главной и первой в его пропагандистской работе и литературном творчестве. А Нина Августовна решением ЦК была направлена работать в Институт В. И. Ленина. Почти тридцать лет, всю оставшуюся часть своей жизни она отдала расшифровке ленинских рукописей, подготовке произведений В. И. Ленина к печати.
На XIII, XIV, XV съездах партии Н. И. Подвойский избирался членом Центральной Контрольной Комиссии (ЦКК). Работая в ее аппарате, он вел активную борьбу с троцкистскими, зиновьевскими, бухаринскими и другими оппозиционными группировками, отстаивал линию партии, направленную на строительство социализма в СССР, участвовал в перерегистрации коммунистов, в чистке партии. Он вполне соответствовал тем требованиям, которые В. И. Ленин в свое время предъявлял к членам ЦКК и РКП. Эти работники, подчеркивал Владимир Ильич, должны быть особо надежны, особо проверены по части добросовестности, чтобы за них можно было ручаться, они ни слова не возьмут на веру, ни слова не скажут против совести, не побоятся никакой борьбы для достижения цели, невзирая на лица и ни на какой авторитет, добьются строжайшей правильности дел.
В 1926 году из-за грудной жабы Николай Ильич вновь оказался на больничной койке.