И все же несмотря на это, к лету 1918 года положение Баку осложнилось. Враги с двух сторон подступили к городу. Пользуясь продовольственными трудностями, контрреволюционеры усилили свою враждебную деятельность. Ведя антисоветскую пропаганду, мусаватисты, эсеры, дашнаки стремились к тому, чтобы интервенты быстрее вошли в Баку. На расширенном заседании Бакинского Совета 16 июля 1918 года контрреволюционный блок попытался протолкнуть резолюцию о приглашении англичан, якобы для защиты города от наступавших турок. М. Азизбеков, С. Шаумян, А. Джапаридзе и другие большевики отвергли это предложение как противоречащее интересам революции.
26 июля 1918 года организация «Гуммет» во многих местах города, в том числе в поселках Балаханы, Бюльбюля, Биби-Эйбат, Бинагады, Шубаны, провела митинги. Выступая на этих митингах, Мешади Азизбеков, Буниат Сардаров и другие большевики призывали рабочих к стойкости. Перед рабочими Балаханы с докладом выступил М. Азизбеков. В резолюции, принятой по его докладу, говорилось: «Считая Бакинский район неотъемлемой частью Российской Федеративной Республики и принимая во внимание связанность нашей судьбы с судьбою российского пролетариата, мы, рабочие, отвергаем любое коалиционное правительство, желающее прервать нашу связь с Россией, и готовы защищать Бакинский Совет».
Но, несмотря на все меры большевиков, в результате давления германо-турецких и английских интервентов и предательской деятельности мусаватистов, эсеров, меньшевиков, дашнаков 31 июля 1918 года Бакинская коммуна пала, власть перешла в руки контрреволюционной «Диктатуры Центрокаспия» — организации, являющейся прямым агентом английского империализма.
Видные деятели Бакинского Совета Народных Комиссаров: С. Шаумян, М. Азизбеков, Я. Зевпн, Г. Корганов, И. Фиолетов и другие — до самой последней минуты оставались верными знамени большевистской партии, категорически отказывались от всякого рода соглашений с врагами революции. В те опасные дни М. Азизбекову, а также другим комиссарам товарищи по партии предложили покинуть город. На что Мешади-бек ответил: «Рабочие мне вручили власть, и я не могу покинуть свой пост». О том, как М. Азизбеков мужественно вел себя, свидетельствуют записи ветерана партии Г. Мусабекова:
«Я помню, после падения Советской власти в Баку некоторые товарищи собрались у Алеши Джапаридзе. Здесь были Гамид Султанов, Дадаш Буниатзаде, Баба Алиев и другие товарищи.
Это было на пятый день после падения Советской власти. Во взглядах товарища Джапаридзе прочитал немой вопрос: «Как быть? Что делать?» И ответил:
— Я не могу уйти, оставить город. Вы уходите. Настанет время, вы все будете нужны.
Когда Азизбеков услышал эти слова, он ответил гневно, со слезами на глазах:
— Я преданный солдат революции! Я должен остаться здесь!»
Но все же положение было таково, что комиссарам пришлось оставить Баку. Вместе с женами и детьми они погрузились на пароход «Иван Колесников» и двинулись в Астрахань. Только успели дойти до острова Жилого, как военные корабли «Диктатуры Центрокаспия» настигли их и открыли огонь. Снаряды, попав в машинное отделение, пробили подводную часть парохода. Теперь он уже не мог дойти до Астрахани и потому вынужден был повернуть обратно. И как только пароход пришвартовался в Баку, «Диктатура Центрокаспия» арестовала 35 советских работников, в том числе М. Азизбекова, А. Джапаридзе, И. Фиолетова, Г. Корганова, И. Малыгина, М. Везирова и других руководителей Бакинского Совета Народных Комиссаров. Заключенных разместили в тюрьмах на Баилове и на Шемахинке.
Стремясь обезглавить бакинский пролетариат, «Диктатура Центрокаспия» стала вести подготовку убийства комиссаров. И сентября было объявлено официальное решение о предании их и арестованных с ними большевиков военно-полевому суду. Однако вторжение турецких интервентов в Баку 15 сентября помешало предателям из «Центрокаспия» устроить этот суд. Арестованные были освобождены..
На пароходе «Туркмен» комиссары вышли в море. Поначалу решили идти на Астрахань. Однако эсеро-дашнакские агенты добились изменения курса на Красноводск, находившийся в руках английских оккупантов и эсеров.
16 сентября пароход бросил якорь в Красноводском порту. Получив известие о его прибытии, эсеровское «правительство» Закасппя тотчас отдало приказ об аресте М. Азизбекова, С. Шаумяна, А. Джапаридзе, И. Фиолетова и других комиссаров. Бросив большевиков в красноводскую тюрьму, эсеры стали готовиться к зверской расправе с ними. Им активно помогал генерал Малессон — глава британской делегации в Средней Азии. Он говорил: «Правда, комиссары были безоружными, потому что у них было отобрано огнестрельное оружие. Но они обладали еще более внушительным оружием, чем огнестрельное, — опытной пропагандистской силой… Они обладали силой, которая могла рождать новые большевистские восстания. В условиях пребывания на местах, где население колебалось и в политическом отношении было нестойким, вполне было возможным, что они заново большевизируют, страну… Тогда какой же была бы судьба наших планов?»