Нужны были безотлагательные и решительные меры. На Балтийском и Финляндском вокзалах Андрей Сергеевич установил красногвардейскую охрану, отстранил саботажников-телеграфистов и назначил вместо них специалистов-солдат, заявив, что арестует любого, кто будет бойкотировать распоряжения новой власти. На Варшавском, где обстановка была спокойней, он избрал иную тактику. Собрав служащих, рассказал им о политике Советского правительства, об опасности со стороны Краснова и контрреволюционности лидеров Викжеля. Железнодорожники согласились сотрудничать с Советской властью и отказались от намерения начать забастовку. За попытки склонить железнодорожников к саботажу и забастовке А. С. Бубнов взял под стражу членов исполкома Викжеля Николаевской дороги, наложил домашний арест на бывшего товарища (заместителя) министра путей сообщения Тахтамышева. К 3 ноября все вокзалы столицы были в подчинении Советской власти. Это позволило своевременно отправить воинские эшелоны на отпор Краснову, на помощь революционной Москве, освободить вокзалы от лишних грузов и сомнительных элементов…
В середине ноября А, С. Бубнова по предложению В. И. Ленина направляют на Украину для оказания помощи украинским коммунистам в становлении и укреплении власти трудящихся. Перед отъездом состоялась беседа с Владимиром Ильичем. Украина, по словам В. И. Ленина, была тогда в числе наименее большевистских районов.
Несколько дней А. С. Бубнов работал в Харькове. Потом ЦК РСДРП(б) срочно посылает его на Дон. Положение там оказалось еще сложнее, чем на Украине. В Новочеркасске — ставке атамана Каледина — готовился «крестовый поход» на Москву и Петроград. Вокруг Каледина, как указывал В. И. Ленин, группировались собравшиеся со всех концов России контрреволюционные элементы из помещиков и буржуазии.
ЦК РСДРП(б) и Советское правительство разработали план разгрома Каледина. Прежде всего требовалось отстоять Ростов, чтобы не позволить противнику отрезать Центральную Россию от сырьевых ресурсов Юга. В Ростове А. С. Бубнов сразу же включился в руководство боевыми действиями наших войск. 28 ноября он телеграфировал В. И. Ленину: «Нападение юнкеров на Совет, организованное гетманом Потоцким, в ночь на 26-е явилось началом революционной борьбы в Ростове… В настоящее время идет борьба за станцию Ростов, где засели юнкера… Казаки в массе держатся нейтрально, заявляя, что с солдатами и рабочими драться не будут… Настроение наших частей твердое, бодрое. Бубнов».
Ожесточенные бои красногвардейских отрядов с войсками Каледина продолжались семь дней. Ростовский железнодорожный узел неоднократно переходил из рук в руки. Но революционным силам удалось отбить лишь первый натиск контрреволюции.
В марте 1918 года в составе большой группы партийных, советских и военных работников А. С. Бубнов вновь прибыл на Украину, оккупированную теперь немецкими войсками. Андрей Сергеевич был введен в состав правительства республики, а вскоре, после его преобразования в Повстанческий секретариат («Девятку»), возглавил военное секретарство «Девятки».
Основной задачей Повстанческого секретариата явилась подготовка вооруженного восстания против иностранных захватчиков и их пособников. Подготовку к восстанию начали с широкой пропаганды самой его идеи. При этом А. С. Бубнов подчеркивал, что большевики должны нацеливать трудящихся не на общенациональное восстание против оккупантов, а на классовое выступление рабочих и крестьян против иноземных и «своих» поработителей.
Коммунисты понимали, что успех борьбы во многом зависит от единого и твердого партийного руководства. Многопартийность и разногласия среди руководителей повстанческой борьбы отрицательно сказывались на ее результатах. В апреле 1918 года для подготовки I съезда Коммунистической партии Украины было создано организационное бюро. В него вошли: А. С Бубнов, Я. Б. Гамарник, В. П. Затонский, С. В. Косиор, Н. А. Скрынник и др. Съезд решили проводить в Москве. Перед его началом руководителей повстанческого движения на Украине принял В. И. Ленин. Беседа с вождем пролетарской революции по-новому осветила для А. С. Бубнова многие вопросы, связанные с организацией компартии Украины и подготовкой вооруженного восстания.
Съезд признал первоочередной задачей подготовку восстания рабоче-крестьянских масс Украины для восстановления власти Советов. Вместо Повстанческого секретариата в связи с этим создавался Всеукраинский центральный военно-революционный комитет (ВЦВРК). Председателем ВЦВРК стал член ЦК КП(б) У А. С. Бубнов.
Свою работу новый руководящий орган начал с объединения всех военно-революционных комитетов Украины в единую систему и налаживания повседневного конкретного руководства растущим повстанческим движением.
С помощью В. Н. Боженко, Н. Г. Крапивянского и В. М. Примакова А. С. Бубнов сумел сформировать в «нейтральной зоне» Украины две дивизии и несколько отрядов регулярных войск. Этим формированием было заложено ядро будущей советской украинской армии.