После освобождения Киева Андрей Сергеевич некоторое время продолжает руководить Исполкомом Совета, а в конце февраля избирается председателем Киевского губернского военного комитета и членом Киевского губ-кома партии большевиков. В качестве наркома продовольствия он, кроме того, входил в новый состав правительства Украины.
Во всей многообразной деятельности А. С. Бубнова в 1919 году превалировала военно-политическая работа. В этот сложнейший военный период он является членом реввоенсовета Украинского фронта и 14-й армии, входит в Совет Обороны и Президиум Совета Обороны Украины, в состав Всеукрапнского ЦИК. Под его руководством было проведено большое количество заседаний реввоенсоветов фронта и 14-й армии. Доклады и выступления Андрея Сергеевича в высших государственных и военных органах республики отличались глубиной и объективностью оценки военно-политического положения, он всегда подчеркивал неразрывное единство целей трудящихся Украины и России.
А. С. Бубнов никогда не был кабинетным работником. Он часто выезжал на места боев, участвовал в разработке операций, руководил мобилизацией рабочих и коммунистов. Особую заботу проявлял он о пополнении коммунистами и политработниками так называемых ненадежных соединений. К их числу прежде всего относились 6-я дивизия под командованием Григорьева и бригада, возглавляемая Махно.
Бывший штабс-капитан Григорьев после свержения царизма служил буржуазной Центральной раде, затем переметнулся к гетману Скоропадскому, потом перешел на сторону Советской власти, но, по сути, всегда оставался буржуазным националистом. Не меньшие опасения вызывал анархизм Нестора Махно, также в тот период провозглашавшего себя сторонником Советской власти. Только исключительно трудное положение Красной Армии заставляло терпеть Григорьева и Махно в качестве союзников. «С войсками Махно, — требовал В. И. Ленин, — временно, пока не взят Ростов, надо быть дипломатичным…»
Усилившееся наступление деникинских войск создало очень тяжелую обстановку на Украине. По предложению А. С. Бубнова Политбюро ЦК КП(б) У принимает решение: «…мобилизовать и снять во всех партийных и советских учреждениях до 50 процентов коммунистов и… нужное количество некоммунистов, пригодных для армии как специалисты». Во исполнение этого решения А. С. Бубнов проводит мобилизацию коммунистов аппарата Наркомвоенмора Украины. Он лично отбирает для 14-й армии 70 опытных политработников, распределяет их по соединениям и частям.
Центральный Комитет РКП(б) неослабно следил за происходящими на Украине событиями. 28 мая В. И. Ленин в телеграмме Совнаркому Украины потребовал: «Сосредоточить все силы на Донбассе… послать Пятакова, Бубнова в Харьков, Екатеринослав для поголовнейшей, энергичнейшей мобилизации рабочих для Южфронта…»
29 мая В. И. Ленин напоминает Совету Обороны Украины о необходимости ускорить мобилизацию рабочих. Обращаясь к одному из членов Совета Обороны — A. А. Иоффе, Владимир Ильич пишет: «Прочтите эту телеграмму Раковскому, Межлауку, Ворошилову, Пятакову, Бубнову, Квирингу и другим виднейшим работникам».
B. И. Ленин указывал на личную ответственность каждого работника за положение дел и обязанность всех «работать революционно».
Выполняя ленинские указания, А. С. Бубнов с 1 по 4 июня проводит мобилизацию рабочих в Харькове, а с 4-го по 17-е — в Екатеринославе. О ходе мобилизации он регулярно докладывает В. И. Ленину. 5 июня В. И. Ленин телеграфировал А. С. Бубнову: «Благодарю за подробные вести и за энергию, но надо довести дело до конца. Не полагайтесь ни на кого и оставайтесь лично, пока не будут подвезены до места назначения вполне готовые части или пока не будут влиты в фронтовые части.
А. С. Бубнов последовательно и настойчиво проводил в жизнь ленинские установки. Мобилизация, проведенная под его руководством в Екатеринославе в июне 1919 года, дала Красной Армии более 9 тысяч бойцов и командиров.
В конце 1919 года Андрея Сергеевича отзывают в Москву. Закончилась его деятельность на Украине, где он внес существенный вклад в победу и упрочение Советской власти.
В 1920-м — начале 1921 года А. С. Бубнов возглавляет текстильную промышленность, входит в состав руководящих партийных органов Москвы, работает в комиссии по истории Октябрьской революции и Коммунистической партии (Истпарт).
В марте 1921 года А. С. Бубнов вновь в рядах вооруженных защитников Советской власти. По тающему льду Финского залива в передовых цепях наступающих войск он в числе трехсот делегатов X съезда РКП(б) штурмует мощные кронштадтские форты. Отмечая этот подвиг А. С. Бубнова высшей наградой — орденом Красного Знамени, Реввоенсовет Республики писал в своем приказе: «…участвуя в штурме фортов и Кронштадтской крепости, личной храбростью и примером вдохновлял красных бойцов, чем способствовал окончательному очищению Кронштадта от контрреволюционных банд».