Следует отметить также, что непонимание рядовым составом Красной Армии и флота сущности единоначалия, его пассивность и безразличие стали одним из серьезных недостатков в практической реализации института единоначалия. Реформа воспринималась рядовым составом как очередной виток противостояния различных групп начальствующего состава. Они совершенно не чувствовали себя объектом практического осуществления единоначалия, – и в этом была большая ошибка организаторов реформы.
Значительное увеличение численности войск и сил флота в середине – конце 1930-х гг., резкое уменьшение партийной прослойки среди командного и рядового состава создали угрозу ослабления партийного влияния на вооруженные силы. Кроме того, в связи с быстрым развертыванием вооруженных сил к руководству подразделениями, частями и соединениями пришло большое число молодых командиров, не имевших достаточного опыта руководства войсками. Значительная часть из них была беспартийной. Постановлением ЦИК и СНК СССР от 15 августа 1937 г. было утверждено Положение о военных комиссарах Рабоче-крестьянской Красной Армии. В нем отмечалось, что военные комиссары призваны усилить партийно-политическое руководство войсками и силами флота, взять на себя полностью ведение партийно-политической работы, помочь командирам, разделить с ними ответственность за руководство подразделениями, частями и соединениями.
По существу, в частях, на кораблях и в соединениях временно вводилась неполная форма единоначалия – с разделением руководства и ответственности на военное и политическое: за командиром оставались военно-административные функции, комиссар отвечал за политическую сторону руководства. Эта форма руководства распространялась на все вооруженные силы. Какой-либо контроль со стороны комиссара за деятельностью командира исключался полностью, так как с подготовкой новых военных советских командных кадров этого уже не требовалось. Функция контроля военных комиссаров за деятельностью военспецов теперь полностью изжила себя. Однако следует признать: учреждение института военных комиссаров все же вело к двойственности руководства войсками, что сказывалось в том числе и на его оперативности в чрезвычайных ситуациях.
С учетом качественных изменений, произошедших в вооруженных силах, а также с ростом и укреплением военных партийных организаций летом 1940 г. было принято решение о введении полного единоначалия в армии и на флоте. Указом Президиума Верховного Совета СССР «Об укреплении единоначалия в Красной Армии и Военно-морском флоте» от 12 августа 1940 г. институт военных комиссаров был в очередной раз отменен. Должность комиссара снова была заменена должностью помощника командира по политической работе. Политические управления РККА и РККФ были преобразованы в Главные управления политической пропаганды, соответственно все политорганы армии и флота преобразовывались в управления и отделы политпропаганды. Военное и политическое руководство снова сосредоточивалось в руках командиров соединений и частей.
Такая реорганизация была направлена на усиление идеологической работы, являлась поиском новой формы руководства партийно-политической работой в условиях единоначалия. Однако органы политпропаганды просуществовали только год.
Отношение к введению в Красной Армии в июле 1941 г. института военных комиссаров и в то время, и сейчас не было однозначным, и современники, и нынешние историки по-разному оценивают такое решение советского руководства. Некоторые из них считают, что это была попытка установления военного контроля комиссаров над командирами. Однако анализ документов и событий того времени показывает, что военные комиссары вводились не в качестве кнута над командирами, а прежде всего для оказания им помощи в руководстве войсками.
Введение военных комиссаров было хотя и вынужденной, но своевременной мерой, направленной на укрепление морального духа войск, наведение порядка и дисциплины, повышение стойкости и упорства войск в ходе тяжелейших оборонительных боев начального периода войны. Политработники теперь не могли ограничиваться только пропагандой, агитацией и организацией политико-воспитательной работы. Они вместе с командирами несли полную ответственность за все стороны жизни и боевой деятельности войск, прежде всего за политико-моральное состояние и боевую выучку личного состава, результаты боевых действий, организованность и порядок в части, подразделении.
Военному комиссару принадлежала особая роль в укреплении воинской дисциплины. Он, как и командир, являлся представителем партии и правительства в Красной Армии. От военных комиссаров требовалось «…железной рукой насаждать революционный порядок, дисциплину и беспощадно карать паникеров, трусов, пораженцев, дезертиров и всех, самовольно оставляющих позиции без приказов высшего командования».