С докладом по вопросу «Об уроках вредительства, диверсии и шпионажа японо-немецко-троцкистских агентов» по народному комиссариату тяжелой промышленности СССР на пленуме выступил председатель СНК СССР В.М. Молотов (докладчиком намечался Г.К. Орджоникидзе, который за 5 дней до пленума покончил жизнь самоубийством). Молотов обвинил партийных и хозяйственных руководителей в политической близорукости, делячестве, обывательской беспечности и утверждал, что вредители имеются во всех отраслях народного хозяйства, во всех государственных организациях. Сообщив пленуму, что с 1 октября 1936 г. по 1 марта 1937 г. в различных наркоматах и ведомствах, не считая НКВД, НКИД и НКО, осуждены 2049 человек.
Выступивший вслед за Молотовым с докладом о положении дел в Наркомате путей сообщения СССР Каганович заявил, что на транспорте сплошь орудуют шпионы, диверсанты и вредители и что «мы не докопались до конца, мы не докопались до головки шпионско-японо-немецко-троцкистско-вредительской, не докопались до целого ряда их ячеек, которые были на местах».
Каганович сообщил пленуму, что работавшие в прошлом три наркома, семь заместителей наркома и 17 членов коллегии Наркомата путей сообщения оказались контрреволюционерами, что они создали и оставили после себя кадры враждебных элементов, количество исключенных из партии на транспорте составляет 75 тысяч человек, имеются предприятия, где исключено более половины партийной организации. В политотделах разоблачено 299 троцкистов, в аппарате НКПС – 220 человек, на дорогах разоблачены и арестованы в 1934 г. – 136, в 1935 г. – 807, а в 1936 г. – 3800 троцкистов.
В принятой пленумом резолюции по докладам Молотова и Кагановича говорилось о широком размахе вредительства во всех отраслях народного хозяйства, советские и хозяйственные кадры обвинялись в политической близорукости, отсутствии бдительности, самоуспокоенности и обывательском благодушии. В резолюции по докладу Ежова задача разоблачить и разгромить «врагов народа» возлагалась на органы НКВД.
С докладом «О недостатках партийной работы и мерах ликвидации троцкистских и иных двурушников» на пленуме выступил И. Сталин. Чтобы обосновать и оправдать массовые репрессии, Сталин развил выдвинутый им еще в 1933 г. тезис о том, что в период завершения строительства социализма классовая борьба будто бы должна все более и более обостряться.
Масштабные политические репрессии в РККА и РКВМФ в отношении командного и начальствующего состава фактически начались во второй половине 1936 г. Наибольший размах репрессии приобрели после ареста и осуждения маршала Тухачевского и семи других военачальников в мае – июне 1937 г. Наибольшее количество репрессий было в 1937–1938 гг., а в 1939–1941 гг., после резкого спада, они продолжались с существенно меньшей интенсивностью. Репрессии выражались в увольнениях командно-начальствующего состава по политическим мотивам, арестах и вынесении приговоров по сфабрикованным делам.
Жертвами беззакония и фальсифицированных обвинений стали тысячи командиров и политработников РККА и РКВМФ. Основной удар политических репрессий был направлен против командного состава высшего звена: заместителей наркома обороны СССР, командующих войсками военных округов (флотов), их заместителей, командиров корпусов, дивизий, бригад. Значительно пострадали командно-начальствующий состав управлений и штабов в соответствующих звеньях, профессорско-преподавательский состав военно-учебных заведений.
Основную массу жертв политических репрессий в Красной Армии в предвоенные годы составили так называемые участники «военно-фашистского заговора» и «правотроцкистских организаций», дела которых рассматривались Военной коллегией Верховного суда СССР. Для получения необходимых показаний от подследственных они в массовом порядке подвергались издевательствам, избиениям и пыткам.
Применение «мер физического воздействия» в ходе следствия в отношении «врагов» и «шпионов» было санкционировано высшим партийным и государственным руководством СССР. Подавляющее большинство командиров, начальников и политработников, обвиненных в участии в «военно-фашистском заговоре», были приговорены к высшей мере наказания – расстрелу. Лишь некоторым из них этот приговор, не приведённый в исполнение немедленно, был впоследствии заменён исправительно-трудовыми лагерями.
1-4 июня 1937 г. состоялось внеочередное расширенное заседание Военного совета при наркоме обороны с участием Сталина, который не только выступил с речью, но и был самым активным участником прений. Заявив о раскрытии «военно-фашистского заговора» в Красной Армии, в котором якобы участвовали видные советские военачальники, Сталин потребовал развернуть кампанию по разоблачению заговорщиков, вредителей и шпионов, которых, по его словам, было много во всех государственных структурах, в том числе и в вооруженных силах.