Введение институтов военных комиссаров и политруков вызвало большие перемещения политработников и новые их выдвижения. За 3–4 месяца 1937 г. на вышестоящие должности были назначены более 3000 политработников, причем военкомами и начальниками политотделов корпусов и им равных – 40, военкомами и начальниками политотделов училищ, курсов и морских соединений – 121 человек. Всего за это же время получили перемещение по этой категории 614 политработников.
Однако была еще одна важная особенность этого периода строительства вооруженных сил. В конце 1936 г. и с начала 1937 г. в стране начинаются массированные репрессии против так называемых «врагов народа», которые с середины 1937 г. обрушились на армию и флот.
Репрессии и фальсификация обвинительных материалов против бывших оппозиционеров и инакомыслящих начались задолго до февральско-мартовского пленума ЦК ВКП(б). Массовый характер они приняли уже со второй половины 1936 г. Начались аресты никогда не примыкавших к так называемым антипартийным течениям коммунистов и беспартийных из числа руководящих работников, инженеров, техников, рабочих и служащих почти во всех отраслях народного хозяйства. Арестованных искусственно связывали с оппозиционерами, а имевшиеся в их работе недостатки и упущения объявлялись саботажем, вредительством и представлялись как результат вражеской деятельности оппозиции.
Начало массовым репрессиям в стране и вооруженных силах положили два пленума ЦК ВКП(б). Первой вехой в развязывании этих репрессий стал декабрьский пленум ЦК партии 1936 г., одной из главных задач которого было создание «дела Бухарина – Рыкова». Этот закрытый пленум, о работе которого не сообщалось в печати, проходил 4 и 7 декабря 1936 г. В промежутке между этими днями состоялось последнее заседание VIII чрезвычайного съезда Советов, на котором 5 декабря была принята Конституция СССР.
Пленум обсудил доклад наркома НКВД Н.И. Ежова об антисоветских троцкистских и правых организациях. Ежов назвал цифры, характеризующие число арестованных «троцкистов» в некоторых регионах: свыше 200 чел. – в Азово-Черноморском крае, свыше 300 чел. – в Грузии, свыше 400 чел. – в Ленинграде и других местах. Во всех этих регионах, как следовало из доклада Ежова, были раскрыты заговорщические группы, возглавляемые крупными партийными работниками.
Докладчик назвал фамилии главных фигурантов дела и указал, что Сокольников, Пятаков, Радек и Серебряков входили в состав «запасного центра», являясь одновременно «замещающими членами» основного центра, «на тот случай, если основной центр будет арестован и уничтожен». Заполняя «пробелы» предыдущего процесса, Ежов утверждал, что «троцкистско-зиновьевскому блоку» не удалось развернуть вредительскую деятельность, тогда как «запасной центр» провел с 1931 г. «большую работу по вредительству, которая многое испортила в нашем хозяйстве». Пленум принял решение более полно расследовать «преступную деятельность» «запасного центра».
Решения февральско-мартовского пленума ЦК партии обосновали дальнейшее разворачивание массовых репрессий в стране. Собравшийся в конце февраля и начале марта 1937 г. пленум ЦК ВКП(б) обсудил следующие вопросы: «Дело тт. Н.И. Бухарина и А.И. Рыкова» (докладчик Н.И. Ежов); «Об уроках вредительства, диверсии и шпионажа японо-немецко-троцкистских агентов» (докладчики В.М. Молотов, Л.М. Каганович и Н.И. Ежов); «О недостатках партийной работы и мерах ликвидации троцкистских и иных двурушников» (докладчик И.В. Сталин).
Оперируя сфальсифицированными органами НКВД показаниями ряда арестованных, Ежов обвинил Бухарина и Рыкова в том, что они создали контрреволюционную организацию правых и «встали на путь прямой измены Родине, на путь террора против руководителей партии и советского правительства, на путь вредительства и диверсий в народном хозяйстве».
Часть сфальсифицированных материалов в виде двух томов копий протоколов допросов 26 арестованных, содержавших всевозможные измышления об антисоветской деятельности Бухарина и Рыкова, раздали участникам пленума. Необходимо также иметь в виду, что оба бывших члена Политбюро ЦК ВКП(б) в течение нескольких месяцев перед пленумом подвергались в печати усиленному шельмованию как союзники троцкистов и зиновьевцев.
Пленум принял решение исключить Бухарина и Рыкова из состава кандидатов в члены ЦК ВКП(б) и из рядов ВКП(б), передать дело Бухарина и Рыкова в НКВД. В тот же день Бухарин и Рыков были арестованы.
Дальнейшая работа пленума проходила под знаком разоблачения скрытых троцкистов, зиновьевцев, правых и иных двурушников, выявления шпионов, диверсантов, вредителей и террористов, которыми якобы сильно засорен партийный, советский и хозяйственный аппарат.