28 июня 1941 года солдаты 8-й роты, переодетые в форму РККА, захватили мост на Двине под Даугавпилсом, помешали его взорвать и удерживали вплоть до подхода войск группы «Север». В яростном бою погиб командир роты лейтенант Кнак. 29 и 30 июня 1941 г. 1-й батальон «Бранденбург» и диверсионное соединение «Нахтигаль» заняли Львов. Украинцы из батальона «Нахтигаль» убили несколько тысяч поляков, украинцев и евреев, вылавливавшихся по спискам резидентуры абвера в Кракове.
Летом 1941 г. в ходе операции «Ксенофон» диверсанты 1-го батальона «Бранденбург» под командованием лейтенанта Каттвица, переодетые в советскую военную форму, уничтожили позиции батареи прожекторов на мысе Пеклы, дав возможность немецким и румынским дивизиям переправиться из Крыма на Таманский полуостров через Керченский пролив.
Одновременно 1-я и 3-я роты 3-го батальона полка «Бранденбург 800» были реорганизованы в спецподразделение за номером 287 и подчинены специальному штабу во главе с генералом Фелми. Это подразделение должно было действовать на территориях Африки и Ближнего Востока, 21-го сентября 1941 г. в Греции организовали еще одно соединение, предназначенное для шпионажа и диверсий за номером 288. Оно состояло из трех рот. На восточном фронте 1би17 июля 1941 г. солдаты диверсионного подразделения «Нахтигаль» и 1-го батальона «Бранденбург», переодетые в советскую форму, напали на штаб одной из советских армий. Атака была отбита, немцы понесли большие потери. После этой неудачной операции остатки батальона «Нахтигаль» расформировали.
В начале июля того же года на территорию Афганистана проникла рота «Бранденбург» под командой лейтенанта Обердорффера, выдавая себя за научную экспедицию, обследующую прокаженных. В действительности она выполняла шпионскую миссию. Через 32 дня эта рота организовала там постоянную базу с радиостанцией, опирающуюся на афганских и индийских агентов и подготовила площадки для посадки самолетов.
Одновременно зарубежная служба абвера разработала план, по которому после завоевания Кавказа немецкими войсками в Индию на самолетах перебросят «Индийский легион» для организации восстания против Англии.
В августе 1941 г. солдаты 1-го батальона провели 7 акций диверсионного типа на важнейших железнодорожных линиях СССР. В октябре 1941 г. 9-я роту 3-го батальона в советских мундирах забросили в тыл Красной армии под Москвой с задачей овладеть заграждениями и укреплениями на одной из въездных дорог в столицу СССР. Эта операция закончилась провалом. Парашютисты понесли огромные потери. В конце 1941 г., когда стало ясно, что молниеносная победа над СССР не удалась, абвер еще более расширил действия диверсионных групп в тылу Красной Армии, особенно на Кавказе, в приволжских степях и в Средней Азии. В январе 1942 г. состоявшая из прибалтийских националистов рота под командованием барона фон Фелкерзама, переодевшись в советскую военную форму, провела ряд диверсий в тылу Красной Армии. В частности, был ликвидирован штаб дивизии и захвачен мост под Пятигорском, который рота удерживала до подхода передовых танковых частей вермахта.
На территории Финляндии, под Рованиеми в специально созданном учебном лагере солдаты из 15-й роты «Бранденбуржцев» интенсивно готовились к диверсиям в России. Их интересовала стратегически важная железнодорожная линия между Мурманском и Ленинградом, служившая главным путем снабжения Красной Армии и гражданского населения осажденного Ленинграда. При подготовке к операции использовался финский опыт проведения партизанской войны.
Предполагалось сбрасывать на парашютах отдельные группы летом 1942 г. вблизи железной дороги. Диверсанты, выдавая себя за охотников, должны были после выполнения задания добираться до установленных мест, где могли садиться самолеты, и возвращаться на них в Финляндию. Успехом закончилась только одна акция — в ночь с 28 на 29 августа 1942 г. две группы в советской военной форме достигли мурманской дороги и в двух местах заложили мины с вибрационными взрывателями, а также взрывчатку с часовым механизмом. Остальным диверсантам не повезло — их обнаружили и уничтожили.
В конце июня 1942 г. рота охраны побережья из 3-го батальона «Бранденбурга» провела диверсионную акцию, уничтожив колонны снабжения советских войск вблизи Керчи на Таманском полуострове. В ночь с 24 по 25 июля 1942 г. в ходе тяжелых боев на Дону группа из 1-го батальона во главе с капитаном Грабертом захватила и уничтожила 6-километровую плотину в дельте Дона между Ростовом и Батайском. В том же месяце группа из 30 человек 2-го батальона была переброшена по воздуху на северный Кавказ и взорвала мост вблизи Минеральных вод. На той же территории рота "Бергманн " безуспешно пыталась поднять на восстание против СССР кавказских горцев. Это подразделение полностью уничтожили за три месяца.