Стремясь дискредитировать стоявшие перед трибуналом задачи, защита на протяжении всего процесса ставила под сомнение юрисдикцию трибунала. Так, в речи японского адвоката К.Такаянаги была сделана попытка оспорить компетенцию трибунала судить японских военных преступников на том основании, что трибунал состоит из представителей держав-победительниц. Трибунал отклонил эту часть речи. Тот же Такаянаги цинично заявил, объясняя мотивы преступлений, совершённых немецкими и японскими военнослужащими: «Такой вид действий может являться лишь отражением национальных или расовых особенностей. Преступления не меньше, чем величайшие произведения искусства, могут выражать характерные черты, отражающие нравы расы…» (стр. 422). По мнению адвоката, подсудимые воплотили в себе характерные черты «расы Ямато» и «нордической расы», ставивших их «по ту сторону добра и зла».
Пытаясь сыграть на антикоммунистических настроениях, многие адвокаты утверждали, что Япония вела войну не в агрессивных целях, а ради защиты от коммунизма и «японцы совершенно справедливо опасались распространения коммунизма, проникновение которого в Азию привело к нарушению мира и порядка». Даже пакт, заключённый Германией, Японией и Италией назывался не агрессивным, а оборонительным, направленным против распространения коммунизма в Европе и Азии.
Защитник О. Каннингхэм, у которого не были приняты документы ввиду их недостоверности, обвинил трибунал в том, что тот «не желает придерживаться… современной политической линии США» (стр. 423). Некоторые защитники отрицали антисоветскую направленность внешней политики Японии, детально разработанные планы нападения на СССР называли оборонительными.
Свидетели защиты неоднократно уличались во лжи, что даже было зафиксировано в приговоре трибунала. Адвокаты японских военных преступников умышленно затягивали Токийский процесс обсуждением не относящихся к делу вопросов, оглашением длиннейших документов и неоднократными ходатайствами о перерывах. Фаза защиты продолжалась свыше десяти с половиной месяцев.
В заключительной речи обвинение подвело итоги двухгодичного разбирательства и подвергло критике позицию защиты. Главный обвинитель Кинан сказал: «Мы согласны с тем, что право на самооборону согласно международному праву сохраняется за каждым государством в равной степени… Однако в данном случае мы считаем, что было ясно доказано, что японское вторжение в Китай… политическое господство, экономическая эксплуатация и массовые случаи зверств – всё это представляет собой агрессию самого зловещего характера… Эти подсудимые не могут больше успешно оправдывать свои действия в военных операциях, начатых 8 декабря 1941 г. на Тихом океане против западных держав. Точно также доказательства показывают, что правящая клика Японии проводила агрессивную политику против СССР, совершала акты агрессии и в течение ряда лет подготовляла агрессивную войну больших масштабов против Советского Союза» (там же).
В ответной речи защита вновь дискутировала по общеправовым вопросам, стремясь доказать ненаказуемость ведения агрессивной войны, недопустимость ответственности ex post facto (лат.: «после совершившегося»), неправомочность трибунала. Адвокаты подсудимых вновь прибегали к недостойным методам, зачитывая ранее отвергнутые документы, позволяя себе оскорбительные выпады против государств, представленных в трибунале, пропагандируя преступные взгляды подсудимых.
4 ноября 1948 г. трибунал приступил к оглашению приговора, чтение которого продолжалось до 12 ноября.
Приговор признал, что на протяжении всего рассмотренного периода внешняя и внутренняя политика Японии была направлена на подготовку и развязывание агрессивных войн. Из года в год во всех сферах жизни общества усиливалась роль военщины, насаждался культ жестокости. Страна интенсивно готовилась к войне. Заключив военно-политический союз с фашистскими странами, Япония вынашивала планы захвата Восточной и Юго-Восточной Азии, стран Тихоокеанского бассейна, а также территорий Советского Союза – Сибири и Приморья.
Действия Японии в Китае являются агрессивной войной, начавшейся 18 сентября 1931 г. и окончившейся вместе с капитуляцией Японии. Первый этап войны начался вторжением Японии в Маньчжурию и провинцию Жэхэ. Маньчжоу-го было создано Квантунской армией, и его экономика находилась под контролем Японии. Маньчжурии была отведена роль мастерской по производству военных материалов. «Япония брала у Маньчжурии всё, что можно было взять» (стр. 424).
Приговор признал доказанным факт ведения агрессивной войны против США, Британского содружества наций, Нидерландов и Франции.
Особое место в военных планах Японии занимала агрессия против Советского Союза с целью захвата его территории на Дальнем Востоке. В этом свете захват Маньчжурии расценивался не просто как этап в завоевании Китая, а и как плацдарм для обеспечения наступательных операций против Советского Союза, для захвата ряда дальневосточных городов и северной части Сахалина.