Для борьбы с басмачеством намечалась целая система экономических, политических и военных мер. Важное место отводилось политической работе среди населения: разъяснению сущности и реакционных замыслов басмачества, целей и задач Советской власти.
Большое внимание было обращено на исправление ошибок, допущенных местными властями, не всегда учитывавшими особенности хозяйственного уклада и быта народов Средней Азии. Партийные органы усилили контроль за строгим соблюдением ленинских принципов национальной политики, ориентировали местные власти па уважительное отношение к религиозным чувствам населения и т. д.
Активная работа развернулась среди молодежи. Быстро росла численность комсомола. К январю 1920 г. в рядах комсомола состояло 6 тыс. человек, преимущественно юношей. Важно отметить то обстоятельство, что 25 % комсомольцев составляла молодежь коренных национальностей.
Поскольку главари басмачества действовали в основном в сельской местности, был взят курс на создание прочной опоры в среде дехканства. Для защиты населенных пунктов организовывались вооруженные отряды из коммунистов и комсомольцев, бедняков и батраков.
Изменилась тактика военной борьбы с басмачеством. Советские войска, переходя от обороны к наступлению, должны были не ограничиваться нанесением одного удара, а продолжать преследование противника, перекрывать пути его отхода, добиваясь полного разгрома врага. С этой целью в Ферганской долине сосредоточивались более крупные воинские силы. К началу 1920 г. в Фергане находилась 2-я стрелковая дивизия численностью 12 340 человек при 52 пулеметах. Готовясь к активным действиям против басмачей, партийные и советские органы провели большую работу по формированию национальных частей Красной Армии. В результате на Ферганском направлении находилось три национальных кавалерийских полка и несколько других формирований общей численностью 4,5 тыс. человек. В составе Красной Армии на Ферганском фронте участвовала в борьбе с басмачеством и Интернациональная бригада, сформированная из военнопленных на добровольной основе. Бригадой командовал Э. Ф. Кужелло. Она наносила удары по басмачам в районах Коканда, Намангана, Андижана, Оша.
Было решено не распылять силы на всем широком фронте, а сосредоточить войска для нанесения ударов по основным опорным базам басмачей.
Боевые действия против басмачества возглавил М. В. Фрунзе. Для непосредственной организации борьбы с бандами в феврале 1920 г. в Фергану прибыл В. В. Куйбышев.
В течение первых месяцев 1920 г. (с января по март) было успешно проведено несколько операций, завершившихся разгромом ряда крупных банд.
В начале января 1920 г. главные силы Красной Армии и добровольческие отряды были сосредоточены на ликвидации банды Иргаша, которая укрепилась в своей базовой крепости Бачкир в 38 км от Коканда. Но древние стены не спасли басмачей. Части Красной Армии и отряды добровольцев штурмом овладели крепостью.
Одновременно был нанесен удар по шайкам Курширмата, которые разбойничали на гульчинско-иркиштамском направлении. Курширмат понес большие потери, но с остатками банды сумел уйти в высокогорную Алайскую долину, имевшую выходы к границе.
Разгром банд Иргаша и Курширмата внес в ряды басмачей Ферганской долины замешательство. Некоторые банды, зажатые наступающими частями Красной Армии и добровольческими отрядами, предпочитали плен полному разгрому. Вместе с главарями сдались банды Хамдама — 500 басмачей, Махкам-ходжи — 450 басмачей, Акбарали — 600 басмачей.
В бандах, продолжавших сопротивление, началось разложение. Многие обманутые дехкане не хотели убивать своих собратьев. Они покидали шайки и сдавались советским властям. Только за 12 дней, с 20 января по 2 февраля 1920 г., с повинной пришло более 900 человек, многие из них вступили в добровольческие отряды. Мадамин-бек, пытаясь поправить положение, снова перешел к активным действиям, но был разбит татарской бригадой под командованием Ю. И. Ибрагимова. Потеряв 200 всадников, он бежал за Сырдарью.
Главарь ферганского басмачества начал переговоры с Советской властью. Одновременно он пытался, пользуясь затишьем, переправить оставшиеся банды в горы. Реввоенсовет Ферганской области, приступая к переговорам с Мадамин-беком, не прекращал преследования его банды. Мадамин-бек вынужден был капитулировать. 6 марта 1920 г. он подписал соглашение, в котором признал свое полное подчинение Советской власти. 12 марта 1920 г. 1200 всадников Мадамин-бека прекратили борьбу.