Сводный отряд Э. Ф. Кужелло, действуя на самом трудном и ответственном направлении, 25 мая 1920 г. вышел из города Ош и углубился в горы. Первый бой с басмачами произошел на перевале Тагралык. Здесь бандиты заранее заняли позиции и укрепили их. Но они не выдержали натиска красных бойцов и отступили по ущелью, ведущему к Алайской долине, в район Суфи-Кургана. Однако, когда утром 29 мая авангард красноармейского отряда показался у Суфи-Кургана, басмачи не приняли боя и поспешно отошли к самой Алайской долине. Этот район руководители басмачества считали недоступным для частей Красной Армии. Разреженный воздух требовал специальной тренировки для адаптации. Быстро наступала утомляемость. Однако упорство, настойчивость, выносливость и вера в победу придавали бойцам и командирам силы. Две недели красные конники непрерывно преследовали басмачей. Не спасли врага ни привычные для него условия, ни трудные перевалы и ущелья. Часть главных сил басмачей в Алайской долине была разгромлена, а часть ушла через снежные перевалы в другие районы.
30 мая сводный отряд М. П. Парамонова выступил из Коканда, проведя несколько успешных операций против банд Сали-Максума, Аман-Палвана, Атакузы.
Эти успехи оказывали большое воздействие на настроение местного населения. Дехкане постепенно освобождались от страха, вызванного басмаческим террором, все более активно выступали против банд. Даже в самом отдаленном высокогорном районе на Памире басмачи не могли чувствовать себя спокойно. Недовольные постоянными поборами и насилием, трудящиеся сами готовились К ликвидации их шаек. 26 июня 1920 г. дехкане горных кишлаков провели нелегальное собрание в кишлаке Поршнев. На следующий день сформированный из местных жителей добровольческий отряд напал на крепость, где располагалась база бандитов, захватил склад с оружием п боеприпасами. Басмачи попытались ликвидировать отряд и учинить расправу над его организаторами. 29 июня 1920 г. произошел бой между басмачами и добровольцами. При активной поддержке населения банда была разгромлена, многие басмачи попали в плен.
В этих условиях Курширмат в июле 1920 г. совершил отчаянную вылазку. Он спустился из Алайской долины и попытался перерезать железную дорогу Коканд — Фергана и Андижан — Наманган. Но его банда была разгромлена. Остатки басмачей бежали в направлении Балыкча — Чинабад.
Одновременно, в июле 1920 г., полк особого назначения разгромил крупную группировку басмачей в районе Горбуа.
Итак, за короткое время Туркестанская комиссия по борьбе с басмачеством, ЦК Коммунистической партии Туркестана, Революционный военный совет Ферганского фронта при непосредственном участии партийных, государственных и военных руководителей (В. В. Куйбышева, М. В. Фрунзе, Д. А. Фурманова, Ф. И. Голощекина и др.) сумели мобилизовать широкие массы трудящихся, объединить их усилия с действиями Красной Армии и нанести басмачеству Ферганской долины серьезные удары.
Тогда басмачи изменили свою тактику. От фронтальных атак они перешли к позиционным действиям, сочетавшимся с диверсионными и террористическими вылазками, прежде всего экономическими диверсиями, особенно связанными с уничтожением ценнейшего сырья — хлопка. Только в Андижанском уезде в августе 1920 г. басмачи сожгли 12 тыс. пудов хлопковых семян, 83 тыс. пудов хлопкового волокна, 10 тыс. пудов хлопка-сырца.
В начале осени отдельные разгромленные банды вновь объединились, частично пополнились за счет контрреволюционных элементов и бывших басмачей. Их общая численность опять достигла внушительной цифры — 5600 человек.
В конце 1920 г. ожесточенные бои с басмачеством происходили в районах Намангана, Андижана и Оша. На Андижанско-Ошском направлении в басмаческих бандах насчитывалось около 1,5 тыс. человек. Против этой группировки действовал 15-й кавалерийский полк. В бою 30 ноября 1920 г. банда потеряла 150 басмачей убитыми и бежала в районы Булак-Баши и Горбуа.
Боевые действия против басмаческих банд велись и в районе Коканда. Там находилось свыше тысячи басмачей. В двух боях банды потеряли около 120 человек. Остальные, не выдержав натиска красных бойцов и добровольцев, рассредоточились на мелкие группы.
В течение четырех суток продолжался тяжелый и упорный бой на железнодорожной станции Джалал-Абад. Располагая значительным превосходством, басмачи окружили станцию, где занял оборону небольшой красноармейский гарнизон. Горстка бойцов оказалась в исключительно трудном положении. Иссякли запасы воды и продовольствия. С каждым выстрелом таяли боеприпасы. На четвертые сутки атаки противника стали непрерывными. В момент, когда небольшому отряду бойцов уже нечем было обороняться, а басмачи наступали со всех сторон, на горизонте появился бронепоезд. Мощным огнем артиллерии и пулеметов он рассеял банду.