Чувство ответственности и решительный характер пересилили соблазн будущей профессуры. Кони отказался от предложения Баршева. Не желая упустить способного молодого человека, ректор пообещал включить его в список рекомендуемых для посылки на учебу за границу, в Лейпциг, к Пирогову. Кони ликовал. Министерство рекомендацию приняло, но из-за отсутствия кредитов на текущий год перенесло поездку на осень 1866 года. Реакция, наступившая после выстрела Каракозова, перечеркнула все мечты Кони о научной карьере. Был уволен министр народного просвещения А. В. Головнин — Каракозов ведь был студентом! Из Лейпцига без всяких объяснений отозвали Пирогова, и посылка за границу молодых людей была временно прекращена.
Но все это произошло в 1866 году, а в 1865-м, сдав 14 июня последний государственный экзамен, полный радужных надежд на будущую поездку, Кони поступает 30 сентября на временную службу счетным чиновником в Государственный контроль, но почти сразу же по рекомендации университета на запрос военного министра Д. А. Милютина переходит на работу по юридической части в Военное министерство, в распоряжение дежурного генерала, будущего начальника Генерального штаба Ф. Л. Гейдена. В его «Послужном списке» причисление к Государственному контролю и перевод в Главный штаб помечены одним числом — 30 сентября.
Кони присваивают чин коллежского секретаря со старшинством. Гейден разрешил Анатолию «не носить форменного платья и представлять… работы ему непосредственно, минуя разные канцелярские инстанции». Работы эти носили историко-юридический характер и предназначались для подготовки преобразований, сторонником которых был министр. По поручению Гейдена Кони дважды докладывал разные справки по военно-судебным уставам самому министру. Как показало будущее, молодой кандидат и министр произвели друг на друга хорошее впечатление. Но служба в Военном министерстве продолжалась чуть больше полугода.
На 17 апреля 1866 года в Петербурге было назначено открытие новых судебных учреждений. «Меня тянуло в них неудержимо», — вспоминал Кони. Старший председатель Петербургской судебной палаты, к которому обратился Анатолий, предложил ему должность помощника секретаря, которая была гораздо ниже занимаемого Кони в Военном министерстве положения. Это не смущает молодого человека. На запрос судебного ведомства Дмитрий Алексеевич Милютин отвечает: «Желал бы удержать, но не считаю себя в праве».
Кони назначают помощником секретаря судебной палаты по уголовному департаменту с зарплатой почти вдвое меньшей, чем в Главном штабе.
Петербургские новые судебные учреждения после долгих поисков решено было поместить в здании старого арсенала на Литейной, мрачном доме с толстыми стенами, глубокими амбразурами окон, неуютными комнатами и залами со сводчатыми потолками. Под руководством архитектора Шмидта внутренние помещения перестроили, взяв за основу устройство судебных мест в Европе. Министерство почт учредило в здании станцию городского телеграфа, только-только вводимого в России, а в одном из окон «устроило» изохронические часы с пулковским регулятором.
14 апреля 1866 года Александр II вместе с министром юстиции Дмитрием Николаевичем Замятниным осмотрел здание судебных учреждений. Были приняты особые меры предосторожности — усиленная охрана императора, масса переодетых агентов. Царь приехал в закрытой блиндированной карете, окруженный эскортом казаков. Он выглядел расстроенным, хоть и пытался не показать вида… Десять дней назад, 4 апреля, Дмитрий Каракозов стрелял в Александра, когда тот выходил вместе с герцогом Лсйхтенбергским и его сестрой Марией Максимилиановной Баденской из ворот Летнего сада.
Через день помещения Петербургского окружного суда и Судебной палаты были освящены. Воспитанники Училища правоведения пожертвовали образ с лампадою.
В день рождения императора, 17 апреля, около часа дня с горельефа над воротами старого арсенала сняли покрывало. Золотыми буквами горели слова: «Правда и милость да царствует в судах».
Принц Ольденбургский, митрополит, английский и французский послы, русские вельможи, министры въехали в ворота. Замятнин произнес взволнованную торжественную речь.
«Завязывая свои глаза, — сказал он судьям, — пред всякими посторонними и внешними влияниями, вы тем полнее раскрываете внутренний очи совести и тем беспристрастнее будете взвешивать правоту или неправоту подлежащих вашему обсуждению требований и деяний…»
Будущее покажет, кто из вершителей суда последует этому красивому и благородному призыву. А пока столица праздновала. Вечером в городе зажгли иллюминацию — по краям тротуаров, распространяя чад, пылали плошки. Каждый домовладелец был обязан снять обычные фонари и вставить вместо них фигурные, в виде звезд. На зданиях, принадлежащих городу или казне, светились императорские вензеля под короной: Георгий Победоносец на коне, поражающий своим метким копьем змея.
«…в различных собраниях были устроены многолюдные банкеты, на которых тосты в честь и за процветание нового суда и его державного насадителя вызывали бурные восторги…»