Первым Инкой стал Манко Капак. Мы не знаем точно, когда жил и властвовал этот правитель, так же как почти ничего не знаем о семи последовавших за ним Инках; считается, что их правление покрывало период с 1250-го по 1438 год и что они происходили из Куско на Центральном плоскогорье, хотя существует местное поверье, будто бы они пришли с островов озера Титикака. Теория Бингэма о том, что они пришли из Мачу-Пикчу, сейчас, по всей видимости, опровергнута, поскольку этот горный город отнесен к позднеинкскому периоду. На протяжении всего периода существования империи инков их столицей оставался Куско. Сапа Инка являлся божественным символом бога Солнца, которому они поклонялись; тесный бюрократический кружок его чиновников принадлежал к одиннадцати королевским ayllus (айлью, родам), а частью, через институт наложниц, был продуктом его собственных чресел; наследование велось через кровосмесительный брак с одной из его сестер – Койей, или законной королевой. Нет никаких доказательств, что империя инков создавалась по причине нарастающего демографического давления. Как и у нордических рас, экспансионистский рывок инков, скорее всего, явился результатом воздействия климатических условий. Инки были горцами, а значит, в избытке обладали живостью и энергией, а местная фауна ограничивалась ламой, альпака и викуньей. Если прибрежные жители, в естественном страхе перед Солнцем среди мертвящей сухости своей пустынной полосы, создали культ Луны, то инки на своих горных лугах рассматривали Солнце как источник тепла и света, а также воды от тающих снегов, поддерживающей зелень лугов и жизнь животных. Логично предположить, что первоначальная побудительная причина заключалась в экономической выгоде, подкрепленной военным могуществом, началом которого инки обязаны великому строителю империи Пачакути. Действенность складывающейся системы, как политической, так и военной, реально проявилась во времена правления именно этого Инки, который объединил и развил в своих собственных целях уже существовавшие в доинкской культуре институты, главным образом принадлежавшие империи Чиму.
В 1445 году, менее чем за сто лет до прибытия испанцев, Пачакути Инка Юпанки (девятый Инка) начал завоевание районов вокруг озера Титикака. Далее расширение территории продолжалось безостановочно. Инки умело использовали пропагандистские приемы, а снабжению армии помогала развитая сеть военных дорог. Всеобщая воинская повинность помогала формировать армию на основе суровой дисциплины. Вся военная элита принадлежала к роду самого Инки, они смотрели на него как на главу семьи, их положение в таком жестко организованном обществе полностью зависело от него, а значит, он мог рассчитывать на их абсолютную лояльность. Рядовые солдаты были вооружены бронзовыми боевыми топорами или булавами, каменными или бронзовыми, на деревянных рукоятях, а также пращами, копьями и дротиками. Солдаты с восточных равнин были вооружены также луками и стрелами; для защиты у них были деревянные щиты, покрытые кожей или тканью, хлопковые или тростниковые шлемы и стеганые доспехи.
Каждая вновь завоеванная провинция сразу же реорганизовывалась по инкскому образцу. Инкские чиновники становились во главе существующей местной системы управления, а верность местных чиновников обеспечивалась содержанием их сыновей в Куско в качестве заложников. Официальным языком становился язык кечуа, а официальной религией – солнцепоклонство, причем сам Инка выступал в роли земного воплощения божества. Если местное население перед лицом столь резких перемен упорствовало в неподчинении, людей целыми группами переселяли в те районы, которые были умиротворены уже давно и где население путем обработки общественного сознания приведено было в полную покорность; их место занимали поселенцы с коренных инкских земель, абсолютно лояльные режиму, известные как mitimaes. Система эта являлась практически безотказной, особенно с учетом того факта, что в первую очередь инки покорили горные племена, долину за долиной, и лишь потом завоевали более густонаселенную прибрежную полосу, где каждая речная долина породила собственный город-государство или какую-либо иную форму централизованного управления, контролирующего ирригационные системы и водоснабжение. За завоеванием следовало налогообложение, а поскольку десятая часть населения призывалась в армию инков, а бюрократическая система требовала, по подсчетам, 1331 чиновника на каждые 10 000 населения, огромное значение приобретало наращивание производства.