Первым признаком надвигающегося возмездия стало появление на севере страны Педро де Альварадо. Это был все тот же рыжебородый отчаянный вояка, наломавший дров в Мехико, автор знаменитого прыжка Альварадо. Теперь, в марте 1534 года, он прибыл к побережью Эквадора с большой флотилией, снаряженной для очередной попытки достичь островов пряностей. Но перуанское золото оказалось более лакомой приманкой, нежели перец, а из Испании после недавней женитьбы на знатной наследнице ему ничто не угрожало. С ним было двести пятьдесят конных и столько же пеших солдат, и, преодолев зимой, во время извержения вулкана, Анды, он двинулся на Кито. Пока он пробивался через Анды, Беналькасар, командовавший гарнизоном Сан-Мигеля, двинулся со ста сорока испанцами и большой армией индейцев по Андскому шоссе и, совершив тяжелейший форсированный марш, первым достиг Кито. Неясно, собирался ли Беналькасар присоединиться к Альварадо, но если и собирался, то после появления на сцене Альмагро изменил свое решение. Писарро направил своего партнера для усиления гарнизона Сан-Мигеля сразу же по получении известия о высадке Альварадо. Найдя город почти пустым, Альмагро немедленно пустился вдогонку за Беналькасаром. Два капитана объединили свои силы в Риобамбе, причем Беналькасар не подал виду, что намеревался присоединиться к Альварадо. По прибытии Альварадо обе армии объединились, и в конце концов за 100 000 песо, которые должны были быть ему уплачены якобы за оружие, снаряжение и корабли флотилии, Альварадо согласился добровольно удалиться.
В результате этого соглашения Писарро стал абсолютным властителем Перу. Однако «огненные письмена на стене» уже проявились. Вслед за Альварадо должны были прийти и другие. Жажда золота влекла искателей приключений на юг, а золото, плывущее с Эрнандо Писарро в Испанию, должно было манить их еще сильнее, так же как и толпу правительственных чиновников, жаждущих претворить в жизнь законы, которые постепенно лишат конкистадоров большей части богатств, ради которых они сражались.
И все же Писарро восемь лет оставался властителем самой большой из всех американских провинций Испании. Обладай он хоть в какой-то мере административными способностями, он мог бы добиться единодушной поддержки индейцев – терпеливой расы, склонной скорее к пассивному подчинению, нежели к осмысленной верности центральному правительству. Приложив небольшие усилия, он мог бы, не опасаясь сопротивления, заменить их чиновников собственной администрацией; находясь при этом на границе досягаемости правительства метрополии, он мог сделать свое положение неуязвимым. Однако опасность таилась в его собственной природе и в природе следовавших за ним людей. Его солдаты принимали покорность индейцев за трусость, и так же, как страх жертвы придает храбрости агрессору, так и пассивность индейцев выявила наихудшие качества испанцев.
Не предпринималось никаких мер для поддержания развитой ирригационной системы, от которой зависело продовольственное положение страны. Стада лам забивались, празднества следовали одно за другим без всякой заботы о будущем. Куда бы ни приходили испанцы, там начинались грабежи, насилие, убийства, не говоря уже о расточительном использовании тщательно собиравшихся запасов с индейских складов. Хуже того, разногласия между Альмагро и Писарро сдерживались только острой необходимостью вместе противостоять многократно превосходящим силам противника.
На следующий год, на фоне более или менее спокойной обстановки в стране, эти разногласия обострились. Пока Писарро на побережье основывал свою новую столицу, Лиму, Альмагро правил в Куско. Его агенты, сопровождавшие Эрнандо Писарро в Испанию, сообщили ему, что император Карл даровал ему губернаторство на громадной части территории, протянувшейся на двести лиг к югу от владений Писарро. Таким образом, королевский приказ сделал его независимым от бывшего компаньона. Карл и его советники имели весьма слабое представление о реалиях отдаленных владений Испании. В то время, скорее всего, в метрополии не имели даже карт, а потому сферы влияния – а все расстояния отсчитывались от острова Пуна – очерчивались в высшей степени произвольно. Альмагро утверждал, что Куско находится в его ведении. Писарро же приказал своим братьям, Гонсало и Хуану, принять командование. Город раскололся на два лагеря. Даже индейцы вынуждены были принимать сторону одного из противников. Вопрос не был разрешен вплоть до 12 июня 1535 года, когда противоречия были сглажены, а двое партнеров вновь договорились вместе преследовать свои цели и делить затраты и доходы от всех будущих завоеваний. Альмагро затем отправился в Чили и примерно на два года исчез со сцены. Он пытался добиться реальной власти в том регионе, который выделил ему император, и в то же время удовлетворить требования собственных людей.