Новые режиссеры хотели чего-то менее фантастического и более близкого к мифологии научной фантастики. Чтобы претворить свои мысли в жизнь, они наняли Паркера Беннетта и Терри Рунте, которые были известны главным образом по сценарию бредового фильма «Таинственное свидание» — о мальчике-подростке, чье свидание с соседкой оборачивается кошмаром, когда он находит труп в багажнике, после чего начинаются прочие ужасы. И вновь Уайт с Nintendo скептически отнеслись к направлению, в котором двигался творческий процесс, но они чувствовали, что Мортон и Джэнкель заслужили шанс следовать своим инстинктам; кроме того, у них был карт-бланш на творческие решения. К удивлению Nintendo, фантастический сценарий оказался не так уж плох. В нем был футуристический налет космической оперы, но оставались многочисленные элементы сказки: например, Марио и Луиджи сталкивались с древним пророчеством и волшебной говорящей книгой, которая помогает водопроводчикам в их путешествии по миру, населенному злыми грибами. К середине 1991 года создалось впечатление, что проект движется в направлении, которое устраивает и Nintendo, и продюсеров, и режиссеров. Несмотря на несколько фальстартов, многочисленные участники проекта не могли сдержать вздох облегчения и признать, что работа худо-бедно началась. Но никто из них еще не догадывался, что все происходящее вскоре будет саботировано режиссерами.
В конце концов Мортон и Джэнкель посчитали последний вариант сценария абсолютной чепухой и решили, что сценаристы должны сделать очередной вариант «Охотников за привидениями» — то есть что-то неправдоподобное, смешное и построенное вокруг язвительного персонажа, похожего на Билла Мюррея. Поняв, что от них требуется, Беннетт и Рунте ввели в сценарий концепцию Динохэттена — города в параллельной вселенной, в которой динозавры не вымерли и где железной рукой правил король Купа со своими злыми приспешниками. Пока сценаристы пытались как можно скорее закончить работу над черновиком, на роль Марио был предложен Боб Хоскинс (а не похожий на Билла Мюррея актер вроде Тома Хэнкса), что потребовало внести в сценарий серьезные правки. А поскольку финансисты уже начали давить на режиссеров, чтобы те наконец-то запустили фильм в производство, режиссеры уволили сценаристов и на их место взяли Дика Клемента и Иэна Ла Френе, у которых получился сценарий, больше смахивающий на «Крепкий орешек» (тут даже была сцена, в которой появлялся Брюс Уиллис, карабкающийся по вентиляционной шахте в замке короля Купы). Nintendo и продюсеры прочли сценарий и пожелали видеть что-то более приземленное, что вынудило Клемента и Ла Френе написать другой сценарий. В нем было больше реализма, на котором настаивала Nintendo, больше наглости, о которой просили продюсеры, и экстравагантности, которой хотели режиссеры. Все это было сделано, и в марте 1992 года черновик сценария был выслал потенциальным актерам и оказался достаточно впечатляющим, чтобы заинтересовать Боба Хоскинса (Марио), Джона Легуизамо (Луиджи) и Денниса Хоппера (Король Купа).
Съемки картины планировалось начать через два месяца в Северной Каролине, и все, казалось, наконец-то встало на свои места, но продюсеры Джейк Эберт и Роланд Жоффе вдруг решили, что получившийся сценарий слишком далеко отошел от видеоигры и ему следует быть более легким и веселым. Nintendo согласилась, что тон сценария рассчитан на взрослых, но поскольку Sega начала работать со взрослыми геймерами, то, наверное, эта взрослая интонация не помешает. Эберт с Жоффе понимали, к чему клонит Nintendo, да и сами они не хотели делать откровенно детское кино, но они хотели, чтобы этот фильм был более понятным и не таким гротескным. Этот гротеск, конечно же, был делом рук Мортона и Джэнкель, которые и были наняты для того, чтобы добиться нужной эмоциональности. Однако тут продюсеры поняли, что допустили гигантскую ошибку в выборе режиссеров, и теперь — с разрешения Nintendo — хотели воспользоваться любым шансом, чтобы спасти сценарий. Nintendo согласилась на это, вынудив Эбертса и Жоффе нанять Эда Соломона («Невероятные приключения Билла и Теда») и Райана Роу («Кустари»), чтобы те попытались все исправить до начала съемок в мае месяце. Так как Эберте и Жоффе считали, что Мортон и Джэнкель ответственны за все проблемы, то продюсеры просто-напросто запретили режиссерам разговаривать со сценаристами, в результате чего возникло взаимное отчуждение, которое не удавалось преодолеть на протяжении всего процесса работы.