Во II периоде появляются симптомы поражения черепно-мозговых нервов. Наиболее часто поражаются глазодвигательный и отводящий нервы (III и VI пары), что ведет к птозу, анизокории, косоглазию. При поражении зрительных нервов (II пары) отмечаются изменения на глазном дне в виде застойных сосков, неврита зрительных нервов, что ведет к снижению зрения из-за двоения в глазах, ощущений «тумана» перед глазами. При прогрессировании процесса возможна атрофия зрительных нервов, ведущая к слепоте. Нередко поражается лицевой нерв (VII пара), слуховой (VIII пара) с нарушением слуха и вестибулярными изменениями. При прогрессировании туберкулезного менингита и распространении процесса на область мозжечка и продолговатого мозга (конец II периода или в III периоде) в процесс вовлекаются бульбарные нервы (IV, X и XII пары) с такими характерными симптомами, как затруднение глотания, поперхивание при еде, глоссоплегия.
Третий период (заключительный, или терминальный) характеризуется переходом процесса с оболочек на вещество мозга, т. е. развитием менингоэнцефалита. Он также продолжается около недели (15 – 21-й (24-й) день болезни), появляется очаговая симптоматика. Сознание утрачивается, характерны судороги, парезы, параличи, развивающиеся по центральному типу, носящие названия спастических. Может развиваться гипертермия или падение температуры до субнормальных цифр, нарушение ритма дыхания, истощение, пролежни. Смерть наступает при явлениях паралича дыхательного и сосудодвигательного центров.