В 1099 г. Иерусалим захватили крестоносцы, основав там Иерусалимское королевство и латинский Патриархат. Преемство Иерусалимских православных Патриархов на долгое время прервалось. Все латинские патриархи враждовали с политической властью Иерусалима, с клиром, Братством святого Гроба Господня и с Антиохийским Патриархатом. Латиняне вскоре создали свое братство и изгнали православных монахов, захватив храмы и монастыри. Иерусалимские православные Патриархи по большей части проживали в Константинополе и оттуда управляли Церковью.
В 1187 г. крестоносцы потерпели поражение от правителя Египта Салах-эд-Дина, захватившего Иерусалим. Латинский патриарх покинул город, в храмы и обители вновь вернулся православный клир.
Крестоносцы еще не раз пытались завладеть Святыми Местами. Так, в 1229 г. германский король Фридрих II захватил Иерусалим, но в 1239 г. Насир Дауд отвоевал город, разрушив его стены.
4.1.3. Иерусалимская Церковь в XIII–XX в.в
Покинувшие Палестину крестоносцы оставили после себя страшные разрушения. На эти руины пришли новые завоеватели — египетские султаны мамлюки, которые ненавидели христиан. К Святым Местам стали проникать монахи разных конфессий — не только католики, но и яковиты, копты, абиссинцы, армяне. Ради поддержания хороших отношений с Византией в 1303 г. египетский султан Мансур Лазин издал указ об опекунской власти Византии над Иерусалимской Православной Церковью. С этого времени избрание каждого нового Иерусалимского Патриарха санкционировалось византийским императором.
Христиане в течение XIV–XV в.в. не раз претерпевали жестокие гонения от мамлюков, хотя в 1410 г. Иерусалимскому Патриарху Дорофею была вручена хартия, закреплявшая за православными Святые Места. В 1443 г. в Иерусалиме был созван Поместный собор, на котором Иерусалимский, Антиохийский и Александрийский Патриархи осудили Ферраро-Флорентийскую унию с Римом.
С падением Византии (1453) положение православных в Палестине резко ухудшилось. В Иерусалиме вспыхнуло невиданное до сих пор кровавое гонение, в считанные дни были опустошены множество храмов, монастырей, осквернены христианские кладбища, причем восстанавливать их запрещалось. В период этих тяжких испытаний на Святые Места стала притязать Католическая Церковь. К концу XV в. католики разделили храм Воскресения с православными.
В 1517 г. Палестина оказалась в руках турок-османов и пребывала в составе Турецкой империи вплоть до конца Первой мировой войны, когда она попала под английский протекторат. Иерусалимский Патриархат в эти годы видел свою миссию в сохранении христианских святынь в Святой Земле и прежде всего храма Гроба Господня.
Состояние Иерусалимской Церкви к началу XVI в. было удручающим. Покорение в 1517 г. султаном Селимом I (1512–1520) царства мамлюков стало началом нового исторического периода для Иерусалимской Церкви. Селим признал за Иерусалимской Православной Церковью полное право на владение Святыми Местами. Более того, новый завоеватель даровал полную свободу совершения религиозных обрядов.
Патриарх Герман II (1548–1579) добился от турецких властей того, что все святыни Палестины отныне будут находиться в руках православных. Для охраны Святых Мест было воссоздано в XVI в. монашеское братство Святого Гроба Господня. Возглавил братство сам Патриарх, который и по сегодняшний день является его игуменом и священным архимандритом. Греки всего мира оказали неоценимую помощь в восстановлении оскверненных и пришедших в запустение святынь. Султан не только не препятствовал православным в восстановлении святынь, но и запретил фирманом 1534 г. изымать у греческих монахов имущество и причинять какой бы то ни было вред.
В это же время начинается новая многовековая борьба различных конфессий за бесценные святыни Востока. Этой борьбой и ознаменовался весь третий период истории Иерусалимской Православной Церкви. На Святых Местах пытались обосноваться католики, армяне, абиссинцы и копты. Католики начали вести миссию среди населения Палестины. До 1550 г. в Вифлееме не было ни одного католика. Стараниями францисканцев в 1550 г. в Вифлееме три человека приняли католичество и составили первую католическую общину Вифлеема, которой впоследствии было суждено стать центром и основой католицизма в Палестине.
В 1558 г. францисканцам удалось захватить часть Голгофы, в 1561 г. — Иверский монастырь, в 1565 г. католики завладели пещерой Рождества Христова в Вифлееме. С 1574 г. католики стали служить в храме Святого Гроба Господня.